Những quy định tại Điều 257 của Bộ luật Hình sự năm 1999 về Tội chống người thi hành công vụ còn rất nhiều bât cấp, chưa thực sự phù hợp với tình hình tội phạm trên thực tế chính vì vậy quá trình áp dụng, đưa luật đi vào cuộc sống còn gặp rất nhiều khó khăn. Từ thực tế đó, đòi hỏi các nhà làm luật phải có sự nghiên cứu, nhìn nhận lại tội phạm này một cách toàn diện và khoa học hơn.
Thứ nhất, việc mô tả mặt khách quan của Tội chống người thi hành công vụ không rõ ràng tạo nên sự mâu thuẫn trong cách hiểu dẫn đến việc áp dụng pháp luật không thống nhất. Ranh giới giữa Tội chống người thi hành công vụ và một số tội phạm khác như: Tội cố ý gây thương tích, Tội gây rối trật tự công cộng… trong một số trường hợp lại rất mập mờ, bởi những tội phạm này có dấu hiệu hành vi khách quan tương tự nhau nên việc phân biệt tội này hay tội kia còn gặp nhiều khó khăn, nhất là trong những trường hợp cần phân biệt giữa hành vi phạm tội của tội này với hành vi phạm tội của tội khác nhưng thuộc trường hợp có tình tiết định khung hình phạt khiến cho chính các cơ quan thực thi pháp luật còn bị nhầm lẫn, cùng một vụ án nhưng các cơ quan chức năng lại có cách định tội danh khác nhau.
Vì vậy cần có những quy định rõ ràng, hướng dẫn cụ thể và giải thích đồng bộ về mặt khách quan của Tội chống người thi hành công vụ để việc áp dụng pháp luật được thống nhất, việc định tội danh trở nên dễ dàng hơn.
Thứ hai: Mức hình phạt đối với Tội chống người thi hành công vụ là
quá nhẹ vì vậy tính răn đe và trừng trị không cao, dẫn đến việc nhờn luật và thái độ xem nhẹ pháp luật. Phần lớn người phạm tội chống người thi hành
công vụ đã hiểu rằng đó là người thi hành công vụ và biết rằng mình đã có hành vi vi phạm pháp luật thế nhưng không những không ăn năn hối cải mà họ còn cố tình vi phạm pháp luật một lần nữa với những hành vi chống đối lại người thi hành công vụ, và vì vậy rõ ràng họ có chủ đích chống lại người thi hành công vụ.
Hiện nay chỉ những vụ gây hậu quả nghiêm trọng đến sức khỏe, tính mạng của người thi hành công vụ thì mới bị xử lý hình sự, còn các vụ gây hậu quả ít nghiêm trọng thường chỉ giải quyết bằng biện pháp hành chính. Ngoài ra, theo Điều 257 Bộ luật Hình sự năm 1999 quy định về Tội chống người thi hành công vụ thì khởi điểm của khung hình phạt chỉ là cải tạo không giam giữ đến 3 năm hoặc phạt tù từ 6 tháng, ngay cả trong các trường hợp phạm tội có tổ chức; phạm tội nhiều lần; xúi giục lôi kéo, kích động người khác phạm tội gây hậu quả nghiêm trọng; tái phạm nguy hiểm thì khung hình phạt tù thấp nhất cũng chỉ 2 năm và cao nhất là 7 năm là quá nhẹ. Theo ý kiến của một số nhà luật học nên bỏ hình phạt cải tạo không giam giữ đến 3 năm, áp dụng ngay hình phạt tù giam, với mức án khởi điểm từ 1 đến 3 năm tù giam, bởi ta có thể dễ dàng nhận thấy, với khung hình phạt khởi điểm là cải tạo không giam giữ so với hậu quả mà hành vi chống người thi hành công vụ gây ra trên thực tế hiện nay là không tương xứng. Thẩm phán Nguyễn Quốc Hội_Phó chánh Tòa Hình sự Tòa án nhân dân Thành Phố Hà Nội và Đại tá_TS. Trần Thế Quân _ Phó vụ trưởng Vụ Pháp chế _ Bộ Công an cho rằng cần phải bãi bỏ hình phạt "cải tạo không giam giữ" đối với loại tội phạm này và phải tăng mức cao nhất của khung hình phạt lên đến 10 năm tù. Đồng quan điểm đó PGS_TS. Phạm Hồng Hải cũng đưa ra ý kiến ngoài hình phạt cần có hình phạt bổ sung là phạt tiền với mức phạt thật cao bên cạnh hình phạt chính [69].