Trên thế giới hiếm thấy cơ quan quản lý TTCK nào nằm trong một bộ chủ quản, mà là họ thường đứng như một tổ chức độc lập như Mỹ, Nhật Bản. Sau gần 8 năm hoạt động, TTCK đã đủ rộng và vì vậy, cần nhanh chóng tách UBCKNN ra khỏi Bộ Tài chính để tạo quyền chủ động trong điều hành thị trường.
UBCKNN hiện chưa có quyền lực đủ mạnh để điều hành thị trường. Khi TTCKCNY giảm mạnh, UBCKNN chỉ biết kiến nghị và chờ đợi sự chỉ đạo từ cơ quan chủ quản, điều này khiến UBCKNN rơi vào tình thế bị động, không đáp ứng được sự biến động nhanh nhạy của thị trường [21].
Mặc dù theo kế hoạch thị trường CKCNY phải được điều chỉnh bằng văn bản pháp luật nhưng vẫn còn một số khó khăn:
Một là, trong thời điểm hiện nay, cơ chế chính sách vĩ mô hiện chưa
có chính sách quản lý toàn diện và thống nhất các thị trường tiền tệ, vốn và bất động sản. Trong một số giai đoạn các ngân hàng huy động tiền gửi với mức lãi suất cao khiến người dân chọn hình thức gửi tiền vào ngân hàng mà
không đầu tư vào thị trường chứng khoán. Việc nâng mức lãi suất như trên chủ yếu là do sự cạnh tranh về huy động vốn của các ngân hàng chứ không xuất phát từ chủ trương, đường lối điều chỉnh lãi suất của Ngân hàng Nhà nước.
Thị trường bất động sản hiện nay chưa được quản lý tốt, các hoạt động đầu cơ vào thị trường này gây khó khăn cho hoạt động của thị trường chứng khoán nói chung và việc thành lập thị trường OTC nói riêng.
Hai là, đối với việc xây dựng thị trường OTC, đặc biệt là đối với một
nước có cơ sở hạ tầng kém phát triển như ở Việt Nam hiện nay thì khó khăn chính là đảm bảo tính hiện đại của thị trường. Thị trường giao dịch OTC đòi hỏi phải có một mạng lưới viễn thông tương xứng, một cơ sở hạ tầng kỹ thuật cao, do đó chi phí xây dựng và chi phí vận hành thị trường ban đầu lớn thì mới đảm bảo phát huy những đặc điểm ưu việt của thị trường. Nếu chỉ xây dựng một thị trường OTC bán thủ công, phù hợp với khả năng vận hành và qui mô thị trường hiện tại thì không những không khai thác, phát huy những điểm ưu việt của thị trường mà còn gặp phải những khó khăn trong việc quản lý giám sát hoạt động thị trường, khó đảm bảo thị trường phát triển ổn định, lành mạnh công khai, công bằng và bảo vệ người đầu tư.
Ba là, thị trường OTC là một hình thức hoạt động mới mẻ và phức
tạp, đòi hỏi các đối tượng tham gia thị trường phải có sự chuẩn bị chu đáo. Đặc biệt với mô hình có sử dụng nhà tạo lập thị trường đòi hỏi các công ty chứng khoán phải có năng lực tài chính cao và trình độ kỹ năng nghiệp vụ chuyên môn tốt thì mới đảm bảo được hiện quả hoạt động cho thị trường.
Bốn là, với những khó khăn về mặt pháp lý như các quy định pháp
lý khác nhau đối với các loại doanh nghiệp khác nhau, các chuẩn mực kế toán, kiểm toán, quản trị công ty, thuế đối với các doanh nghiệp và cá nhân… dù đã được bổ sung nhưng vẫn chưa thể đáp ứng được yêu cầu của thị trường.
Năm là, những khó khăn từ phía công ty như một số doanh nghiệp Việt Nam không có sự hiểu biết đầy đủ về thị trường chứng khoán, chưa nhận biết đầy đủ lợi ích của việc niêm yết hoặc không muốn công khai báo cáo tài chính ra công chúng nên không muốn tham gia thị trường.
Mặt khác, bộ máy lãnh đạo công ty còn quen nếp điều hành cũ, họ e ngại khi tham gia thị trường chứng khoán sẽ chịu nhiều sức ép hơn từ phía cổ đông, thậm chí mất quyền kiểm soát công ty. Trong khi đó, cổ đông hiện tại ở nhiều công ty cổ phần chưa niêm yết thì chưa nhận thức rõ quyền của mình đối với công ty nên không tạo sức ép buộc công ty phải niêm yết.
Sáu là, khó khăn về mặt xã hội hóa, hiện nay nhiều công ty vẫn có
thói quen truyền thống là huy động vốn qua tín dụng ngân hàng hoặc vay gia đình, bạn bè hơn là huy động vốn qua thị trường chứng khoán
Trong điều kiện kinh tế phát triển cao, nhu cầu vốn cho đầu tư phát triển lớn đòi hỏi phải phát triển thị trường CKCNY trở thành kênh huy động vốn quan trọng cho nền kinh tế. Để đạt được mục tiêu theo lộ trình đã đặt ra thì đồng thời tạo ra khuôn khổ pháp luật nhằm quản lý thị trường hoạt động có hiệu quả và lành mạnh, đáp ứng điều kiện hội nhập đòi hỏi cần phải hoàn chỉnh thể chế về chứng khoán và TTCK trong đó hoàn thiện khuôn khổ pháp lý cho thị trường CKCNY là một yêu cầu hết sức quan trọng. Hệ thống pháp luật từng bước được hoàn thiện sẽ tạo ra một môi trường pháp lý hết sức thuận lợi cho nền kinh tế nói chung trong đó có sự phát triển của thị trường chứng khoán nói riêng.