Sau khi phân tích trình tự CO1 mtDNA của 25 cá thể cá ngựa đen
Hippocampus kuda, thu được 7 haplotype. Trong đó, các haplotype thu tại Nha Trang,
Khánh Hòa được ký hiệu từ “H. kuda1” đến “H. kuda5” và haplotype thu tại Sông
Cầu, Phú Yên ký hiệu “H. kuda6”, “H. kuda7” (Hình 3.10).
Chúng tôi sử dụng trình tự gen CO1 mtDNA của 29 haplotype của loài cá ngựa đen H. kuda (trong đó có 7 haplotype từ nghiên cứu hiện tại và 22 haplotype từ
Genbank) với 2 loài H. algiricus và H. fisheri (làm nhóm ngoại). Khi so sánh và gióng hàng các trình tự gen này, chỉ có 648 bp được sử dụng cho phân tích di truyền. Mô hình tối ưu và các thông số cơ bản của phân tích tiến hóa dựa trên trình tự gen CO1
mtDNA của cá ngựa đen được trình bày ở bảng 2.3.
Kết quả phân tích đối với dữ liệu trình tự gen CO1 mtDNA dựa trên 3 phương
pháp MP, ML và BI cho kết quả tương tự về cây đa dạng di truyền loài cá ngựa đen H. kuda. Kết quả được trình bày ở hình 3.10 với cây đa dạng di truyền thu được từ phân
tích MP, ML và BI, giá trị bootstrap (BT) và giá trị tin cậy (PP) của thuật toán MP, ML và BI được biểu hiện trên các nhánh.
48
Hình 3.10. Cây đa dạng loài dựa trên gen CO1 mtDNA của cá ngựa đen
Hippocampus kuda thu tại vùng biển Nam Trung Bộ;
H. algiricus và H. fisheries là nhóm ngoại. Các giá trị bootstrap (MP, ML) và giá trị tin cậy (BI) được biểu hiện tại các nhánh.
Lineage HK Lineage GU Lineage FJ Lineage GQ (Khánh Hòa) (Khánh Hòa) (Khánh Hòa) (Khánh Hòa) (Khánh Hòa) (Phú Yên) (Việt Nam) (Việt Nam) (Việt Nam)
(Papua New Guinea)
(Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Ấn Độ) (Indonesia) (Indonesia) (Ấn Độ) (Nam Phi) (Nam Phi) (Nam Phi) (Nam Phi) (Đài Loan) (Phú Yên)
(Papua New Guinea)
FJ 3 FJ 2 FJ 1
49
Cây đa dạng loài từ phân tích trình tự CO1 mtDNA (Hình 3.10) được chia
thành 4 lineage rõ rệt là lineage HK, FJ, GQ và GU. Bốn lineage đó bao gồm chủ yếu
các quần thể cá ngựa đen phân bố ở vùng biển Ấn Độ - Thái Bình Dương (cụ thể,
lineage HK thu tại Việt Nam, lineage FJ chủ yếu thu tại Ấn Độ, lineage GQ thu tại các nước khác nhau như Indonesia, Papua New Guinea và Ấn Độ, riêng lineage GU thu tại
Nam Phi). Trong lineage HK có 10 haplotype thì 6 haplotype (trong nghiên cứu hiện
tại) từ cá ngựa đen ở vùng biển Việt Nam (5 haplotype ở Khánh Hòa và 1 ở Phú Yên). Bên cạnh đó còn có sự hiện diện của các haplotype với mã số gen FJ583551,
FJ583552 và FJ583553 trong lineage HK. Tuy nhiên, toàn bộ những haplotype này
đều có nguồn gốc từ Việt Nam (Steinke, 2008). Như vậy, tất cả các haplotype có cùng nguồn gốc từ cá ngựa Việt Nam được sắp xếp trên cùng một nhánh (lineage HK) thể
hiện mối quan hệ gần gũi với nhau. Trong lineage này cũng quan sát thấy haplotype
GQ502156 có nguồn gốc từ cá ngựa ở Papua New Guinea.
Trong lineage FJ, đa số các haplotype thuộc về cá ngựa đen ở vùng biển Ấn Độ, (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
bao gồm các nhánh FJ1, FJ2 và FJ3. Lineage FJ có số lượng haplotype nhiều nhất (11 haplotype). Trong đó, xuất hiện 2 haplotype không có nguồn gốc từ Ấn Độ (1 cá thể từ
Phú Yên, Việt Nam) và 1 cá thể từ Đài Loan (Lourie và ctv, 2009). Các nhánh nhỏ
trong lineage FJ có mối quan hệ di truyền tương đối khác nhau so với các nhánh của
lineage HK. Gần gũi nhất với lineage HK là FJ 1 (bao gồm các haplotype với mã số
gen FJ176584, FJ176585 (thu ở Ấn Độ) (Singh và ctv, 2008) và GQ502153 (thu ở Đài
Loan) (Lourie và ctv, 2009). Sau đó là nhánh FJ 2 (4 cá thể từ Ấn Độ bao gồm
FJ176582, FJ176583, FJ176590, FJ541042 (Singh và ctv, 2008) và 1 cá thể H. kuda7 (từ Phú Yên, Việt Nam). Nhánh FJ 3 cũng thể hiện mối quan hệ với lineage HK nhưng
mức độ gần gũi thấp hơn so với FJ 1 và FJ2.
Lineage GQ là sự tập hợp của các haplotype được thu từ 3 nước (GQ502154 và GQ502155 thu tại Indonesia (Lourie và ctv, 2009); GQ502152 thu tại Papua New Guinea (Lourie và ctv, 2009); FJ541047 thu ở Ấn Độ (Singh và ctv, 2008). Còn lineage GU gồm 4 cá thể được thu tại Nam Phi (GU805014, GU805015, GU805016,
GU805017 (Steinke, 2010). Hai lineage GQ và GU tạo thành 2 nhánh rõ ràng, độc lập
50