- Đăng ký theo thủ tục tư pháp
2.3. Cơ quan cấp giấy chứng nhận đầu tư
Theo tinh thần của Luật đầu tư và Nghị định 108/2006/NĐ-CP,việc phân quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư xuống các cơ quan địa phương đã được ưu tiên hàng đầu. Theo đó việc cấp giấy chứng nhận đầu tư, sẽ không còn được thực hiện bởi Bộ kế hoạch và đầu tư (ngoại trừ các dự án BOT, BTO và BT) như trước đây mà thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư về cơ bản được tập trung thống nhất giao cho hai cơ quan quản lí đầu tư tại địa phương là: Uỷ ban Nhân dân cấp tỉnh và Ban quản lí khu công nghiệp. Tuy nhiên, trong quá trình thẩm tra các dự án đầu tư, Uỷ ban Nhân dân cấp tỉnh và Ban quản lí khu công nghiệp sẽ phải xin ý kiến của cơ quan Nhà nước khác như Thủ tướng Chính phủ, Bộ kế hoạch và đầu tư; các bộ, sở, ban ngành có liên quan theo quy định pháp luật để cấp giấy chứng nhận đầu tư.
Việc phân cấp nằm trong tổng thể cải cách hành chính nói chung. Thực tiễn trong những năm qua cho thấy Uỷ ban nhân dân các tỉnh thành là nơi gần gũi nhất với hoạt động đầu tư. Đây là nơi sát với doanh nghiệp, nắm các nguồn lực liên quan đến đầu tư bao gồm: đất đai, lao động, các hoạt động kiểm tra giám sát và bảo vệ lợi ích của nhà đầu tư và người lao động cũng như giải quyết các vướng mắc của nhà đầu tư. Vì vậy, việc phân cấp cho các địa phương là một nhu cầu cần thiết, tăng cường cơ chế một cửa, một đầu mối
và tại chỗ với công tác đầu tư. Bên cạnh đó, việc phân cấp cho địa phương cấp phép là một bước chuyển hoạt động quản lý nhà nước từ tiền kiểm sang hậu kiểm. Công tác quản lý kiểm tra sau cấp phép mới là quan trọng hơn chứ không phải kiểm tra thẩm định. Việc phân cấp này cũng có ý nghĩa quan trọng giúp các Bộ nghành có thời gian đi vào xây dựng chính sách pháp luật quản lý về vĩ mô; đưa ra những chính sách tiêu chí về mặt kỹ thuật để điều hành. Ví dụ, nếu trước đây có những vấn đề phải đi thẩm tra cụ thể để cấp phép thì nay chỉ cần ban hành các tiêu chuẩn để doanh nghiệp đáp ứng và cơ quan quản lý Nhà nước theo đó để quản lý. Ngoài ra, việc phân cấp cho các địa phương dần dần sẽ giúp giải quyết xoá bỏ vấn đề “ Bộ chủ quản”. Đảm bảo doanh nghiệp là một thực thể độc lập, khi đã được ký thành lập và thừa nhận về mặt luật pháp thì không phụ thuộc vào bộ ngành nào.[15]
Tuy nhiên, việc phân cấp cũng đi kèm với việc phân trách nhiệm của người ký quyết định, đòi hỏi người có thẩm quyền trong lĩnh vực về quản lý đầu tư không phải chỉ có trình độ chuyên môn, thái độ phục vụ mà còn phải năng động và xử lý linh hoạt trong từng dự án cụ thể. Rất tiếc, hiện nay trong Luật đầu tư không có một qui định nào qui định về vấn đề này.
Việc cấp giấy chứng nhận đầu tư đã được phân cấp nhưng các Bộ ngành không phân cấp việc thẩm tra dẫn đến có nhiều dự án nhỏ phải gửi lên các Bộ ngành để thẩm tra làm kéo dài thời gian cấp giấy chứng nhận dầu tư.
Khi triển khai thực hiện, các địa phương lúng túng trong việc xác định nghành nào có trách nhiệm thẩm tra đối với những lĩnh vực trường hợp cụ thể.
Quá trình thủ tục cấp giấy chứng nhận đầu tư chưa thống nhất giữa các địa phương. Một số địa phương đã hợp lý hoá các qui định có liên quan thành qui chế thực hiện các thủ tục hành chính trong đầu tư áp dụng trong địa phương. Thậm chí không nhất quán với Luật đầu tư và Nghị định
108/2006/NĐ-CP về đầu mối thẩm tra, hồ sơ phải nộp…Khoản 3 Điều 79 Nghị định 108/2006/NĐ- CP qui định các Bộ, cơ quan ngang bộ có trách nhiệm trình Chính Phủ ban hành các điều kiện đầu tư đối với lĩnh vực đầu tư có điều kiện thuộc ngành kinh tế kỹ thuật. Nhưng đến nay vẫn chưa thực hiện gây khó khăn cho việc xác định khi cấp giấy chứng nhận đầu tư cũng như khó khăn cho nhà đầu tư trong việc giải trình các điều kiện đầu tư phải cung cấp.