Để tăng cường hiệu quả công tác kiểm tra và giám sát tài chính đối với các DN FDI, bên cạnh việc thực hiện các phương pháp chống chuyển giá, cơ quan tài chính và thuế cần ban hành những chế độ phạt cụ thể trong những trường hợp phát hiện có hiện tượng chuyển giá. Việc cụ thể hóa hình thức phạt và mức phạt sẽ tạo nên sư công bằng và hiệu quả trong công tác kiểm tra và xử lý các trường hợp vi phạm đồng thời giảm các tiêu cực có thể xảy ra trong công tác kiểm tra.
Theo kinh nghiệm của OECD và đặc biệt là Mỹ, các hình phạt có thể đóng vai trò chính đáng trong việc cải thiện chế độ chấp hành chính sách thuế trong lĩnh vực định giá chuyển giao.
Đối với Việt Nam, việc thực hiện các quy tắc phạt có thể áp dụng phân biệt hai trường hợp sau:
Tương tự như mức phạt tại Mỹ, khi cơ quan thuế xem xét các nghiệp vụ chuyển giao tại MNC trên cơ sở áp dụng các phương pháp xác định giá thị trường theo hướng dẫn Thông tư 66/2010, nếu phát hiện có sai biệt giữa giá doanh nghiệp kê khai với giá thị trường, đồng thời doanh nghiệp không chứng minh được lý do hợp lý của sự sai biệt này thì cơ quan thuế có thể áp dụng mức phạt từ 20% đến 40% tùy theo mức độ sai lệch lớn hay nhỏ.
Trường hợp cơ quan thuế xem xét sự khác biệt này dựa vào lợi nhuận sau khi áp dụng các phương pháp căn bản so sánh lợi nhuận của doanh nghiệp với lợi nhuận bình quân ngành thì có thể đưa ra một tỷ lệ phạt sao cho phù hợp, đồng thời phải đảm bảo tính răn đe cho các doanh nghiệp khác.
Tuy nhiên DN có thể tránh được những hình phạt nói trên nếu xuất trình đầy đủ chứng từ hợp pháp để chứng minh sự khác biệt về giá cả là hợp lý.