Năm 2012, Bộ Tài chính phấn đấu tăng thu từ 5% đến 8%. Để thực hiện mục tiêu đó, toàn Ngành kiên quyết thực hiện nhiều biện pháp chống thất thu ngân sách. Một trong những biện pháp cần được làm triệt để, quyết liệt đó là tăng cường thanh tra, kiểm tra chống chuyển giá tại các DN có vốn đầu tư nước ngoài. Các doanh nghiệp nên thường được chọn là đối tượng điều tra là:
Các doanh nghiệp khai lỗ trong 2 năm hoặc nhiều hơn 2 năm từ khi kết thúc giai đoạn được hưởng những ưu đãi về thuế.
Các doanh nghiệp mà có tỷ suất lợi nhuận thấp hơn so với các doanh nghiệp cùng ngành.
Các DN có nghiệp vụ chuyển giao thường xuyên với các DN liên kết ở nước ngoài, ví dụ: thiết bị sản xuất được mua từ công ty mẹ ở nước ngoài, nguyên liệu hoặc các bộ phận của sản phẩm do công ty mẹ hoặc công ty con khác trực thuộc công ty mẹ cung cấp, sản phẩm của DN sẽ được bán trong tập đoàn.
Nếu bị xác định là có hành vi chuyển giá tại công ty, thì các điều chỉnh về định giá chuyển giao sẽ do cơ quan thuế đưa ra sẽ được áp đặt cho tất cả các loại thuế có liên quan như: thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế GTGT, thuế xuất nhập khẩu.
Tuy nhiên, thanh tra chống chuyển giá được tiến hành theo các thủ tục kiểm toán thuế chung. Do đó có một nhu cầu để phân biệt thanh tra chống chuyển giá và kiểm toán thuế chung để có một sự tập trung nhiều hơn với chuyên môn cần thiết để xử lý các vấn đề về chuyển giá.