Nhận thức rõ những tồn tại, khó khăn từ hoạt động du lịch cũng như những điểm yếu mà du lịch địa phương cần quan tâm giải quyết, huyện Kim Sơn đã xây dựng Đề án "Khai thác, phát triển tiềm năng du lịch huyện Kim Sơn đến năm 2020, định hướng phát triển đến năm 2030" nhằm đưa du lịch trở thành ngành kinh tế mũi nhọn của huyện, phát triển vùng bãi bồi ven biển và Cồn Nổi trở thành một trong 7 khu du lịch hấp dẫn của tỉnh với nhiều loại hình du lịch và các sản phẩm du lịch độc đáo, hấp dẫn.
Để Đề án triển khai đạt kết quả như mong muốn, huyện Kim Sơn đã và đang tập trung thực hiện tốt các nội dung công việc: Quy hoạch chi tiết khu du lịch Nhà thờ đá Phát Diệm và vùng ven biển Cồn Nổi, các làng du lịch và một số làng nghề truyền thống trên cơ sở quy hoạch phát triển KT- XH của huyện đến năm 2015, định hướng đến năm 2020; tăng cường công tác thông tin, tuyên truyền nhằm nâng cao nhận thức cho cán bộ, đảng viên và nhân dân tăng cường xây dựng nếp sống văn minh trong du lịch; tranh thủ sự đầu tư của Trung ương, của tỉnh, có cơ chế khuyến khích đầu tư phát triển du lịch để thu hút các tổ chức, cá nhân và doanh nghiệp trong và ngoài nước đầu tư phát triển, mở rộng, đa dạng hóa các sản phẩm du lịch; chú trọng tổ chức đào tạo, bồi dưỡng du lịch cộng đồng thông qua công tác tuyên truyền, vận động mọi người dân cùng tham gia vào các hoạt động du lịch một cách chuyên nghiệp ở dịch vụ lưu trú, ăn uống, hướng dẫn, thuyết minh...