Mục tiêu mà ASEAN đề ra là tới năm 2015 trở thành một Cộng đồng ASEAN. Tuy nhiên, con đường đi đến nhất thể hoá mà tổ chức này hướng tới
đang vấp phải nhiều thách thức không dễ giải quyết. Thứ nhất, khác biệt về
văn hoá và thể chế chính trị. Đông Nam Á là nơi giao lưu của nhiều luồng văn hoá và văn minh trong quá khứ, tồn tại nhiều nền văn hoá khác nhau, do đó sự không đồng nhất về văn hoá sẽ là trở ngại lớn trong quá trình xây dựng một cộng đồng ASEAN. Ở Đông Nam Á có cả những người Cơ đốc giáo, Hồi giáo, Phật giáo,… điều này là hoàn toàn khác so với Liên minh châu Âu (EU) – đa số dân chúng châu Âu theo Cơ đốc giáo. Gần đây, xung đột giữa các cộng đồng tôn giáo ở miền Nam Thái Lan (Hồi giáo với Phật giáo), Philippines (Hồi giáo với Thiên Chúa giáo)… đang cho thấy sự va chạm giữa
các nền văn hoá – văn minh đang lan ra Đông Nam Á.3 Sự khác biệt về thể
chế chính trị cũng là yếu tố quan trọng, bởi tồn tại các quốc gia theo đường
3 Xung đột giữa các nền văn hoá - văn minh là quan điểm của nhà hiện thực chính trị mới người Mỹ Samuel Huntington, trong bài viết “The Clash of Civilizations?” (1993) đăng trên tạp chí Foreign Affairs, sau đó được viết trong cuốn sách The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order, xuất bản năm 1996.
Samuel Huntington cho rằng, Đông Á là nơi có nhiều nền văn hoá – văn minh lớn như Thiên Chúa giáo (Philippines...), Khổng giáo (Trung Quốc), Nhật Bản, Hồi giáo (Indonesia...), Phật giáo (Thái Lan ,
hướng XHCN và TBCN, độc tài và dân chủ, do đó, tương tác với bên ngoài cũng khác nhau, một quốc gia thân Mỹ như Philippines chắc chắn sẽ khác
một quốc gia thân Trung Quốc như Campuchia. Thứ hai, các thành viên của
ASEAN cũng là các bên trong tranh chấp ở Biển Đông và chưa thể tự giải quyết được với nhau, khiến cho ASEAN gặp nhiều khó khăn trong việc dung hoà lợi ích giữa các bên và đòi hỏi tổ chức này phải xem xét lại thiết chế an
ninh và hợp tác của mình. Thứ ba, các quốc gia thành viên ASEAN đều là
những nước vừa và nhỏ, tức là có sức mạnh tương đương nhau, không một quốc gia nào đủ sức chi phối toàn khối nên ảnh hưởng của ASEAN đối với hành vi của mỗi quốc gia là rất hạn chế. Điều này khác với Liên minh châu Âu và Tổ chức Hiệp ước Bắc Đại Tây Dương (NATO), EU là một tập hợp của nhiều cường quốc thế giới, nơi các quốc gia “chiếu trên” có khả năng quyết định các vấn đề của EU và ảnh hưởng tới các nước “chiếu dưới”, mà cuộc khủng hoảng nợ công châu Âu vừa qua là một biểu hiện; còn trong NATO, Hoa Kỳ là ông chủ có đủ sức mạnh chi phối các quốc gia khác trong tổ chức này.
ASEAN đang thiếu một cơ thế thống nhất trong hợp tác an ninh, quản lý và giải quyết các vấn đề xung đột, tranh chấp trong khu vực. Chẳng hạn, trong xung đột ở Biển Đông, lập trường của các quốc gia luôn có những khác biệt, nhất là khi phải đối mặt với một đối thủ lớn như Trung Quốc. Vì lợi ích quốc gia nên trong quan hệ với Trung Quốc, các nước ASEAN vẫn chưa tìm được tiếng nói chung. Sự đồng thuận trong ASEAN chưa được đặt lên hàng đầu, những cố gắng đơn lẻ của Philippines và Việt Nam không thể giúp tạo dựng nên một sự liên kết chặt chẽ đủ sức đương đầu với Bắc Kinh trên bàn ngoại giao. Bởi vậy, dễ hiểu vì sao Trung Quốc đang chơi bài ngửa ở Biển Đông, còn ASEAN vẫn đang luẩn quẩn trong các phương án dựa vào thể chế và luật pháp quốc tế - vốn tốn rất nhiều thời gian và công sức nhưng không
Song, chúng ta hoàn toàn có thể tin tưởng rằng vị thế của ASEAN sẽ được củng cố nhờ vào sự phụ thuộc lẫn nhau và tính thể chế hoá ngày càng tăng đang là xu hướng chính của nền chính trị toàn cầu. Đó là tiền đề của chủ nghĩa đa phương khu vực mới mà ASEAN là trung tâm. Đồng thời, trong cục diện chính trị khu vực Đông Á hiện tại, có thể thấy Trung Quốc hay Nhật Bản vẫn chưa thể bắt tay nhau hay có một nước nào trong hai nước này nhỉnh hơn để lãnh đạo cục diện chính trị khu vực khi những mâu thuẫn về lịch sử, lãnh thổ… giữa hai nước lớn này vẫn còn quá lớn. Một ASEAN giữ vai trò cầu nối, trung gian, thậm chí là trung tâm chèo lái bố cục, diện mạo chính trị khu vực dễ có thể sẽ xảy ra trong thời gian tới, bởi ASEAN là tổ chức được tập hợp từ các nước vừa và nhỏ, sức mạnh và cách thể hiện sẽ của nó sẽ tránh rơi vào tình trạng lạm quyền hơn hẳn so với hai quốc gia “bá quyền” khu vực như Trung Quốc, Nhật Bản. Hơn nữa, với sức mạnh hiện tại của ASEAN, các cường quốc khu vực như Trung Quốc, Nhật Bản, các cường quốc ngoài khu vực như Hoa Kỳ, Nga nếu phải chọn ra một chủ thể lãnh đạo khu vực Đông Á thì ASEAN quả thực là sự lựa chọn sáng giá vì chắc chắn rằng ASEAN sẽ ít gây tổn hại lợi ích cho họ hơn các cường quốc còn lại trong mỗi vấn đề an ninh chính trị khu vực nói riêng, thế giới nói chung.