Sau những thắng lợi vẻ vang liên tiếp trong giai đoạn chủ động tấn công thì đến năm 1874 nghĩa quân bắt đầu gặp những khó khăn rất lớn. Triều đình Huế quyết định dốc toàn bộ những lực lợng mạnh nhất quyết đàn áp cho bằng đợc khởi nghĩa. Ngoài số quân hơn 500 ngời đợc điều ra Hà Tĩnh tăng cờng, Tự Đức đồng thời cử Phạm Tiến Lâm đa hơn 1000 quân ra Quảng Bình chốt giữ ở sông Gianh để ngăn chặn, ngoài ra còn có Trần Văn Chuẩn thống lĩnh đội binh thuyền ra sông Gianh phòng tiễu. Tỉnh thần Quảng Bình là Đỗ Đệ cũng đa 1000 quân đóng giữ Hoành Sơn, khoá chặt con đờng từ Hơng Khê tiến vào Nam. ít lâu sau, cha yên tâm Tự Đức cử thêm khâm sai Nguyễn Văn Tờng phối hợp với Lê Bá Thận dồn toàn lực để đè bẹp khởi nghĩa. ở phía bắc Tự Đức hạ lệnh cho Tôn Thất Thuyết gấp rút điều binh từ Sơn Tây về cùng phối hợp với lực lợng quân triều đình ở phía Nam để đè bẹp cuộc khởi nghĩa. Tôn Thất Thuyết theo lệnh triều đình kéo quân về Nghệ An, trớc đó ông dừng lại Thanh Hoá để lấy thêm quân và đã có một trận xung đột
với quân khởi nghĩa ở Tĩnh Gia. Quân lính của Tôn Thất Thuyết đợc trang bị tốt, quân số đông và nhiều kinh nghiệm trong việc đàn áp các cuộc khởi nghĩa nông dân trớc đó nên rất có u thế (64;49). Cánh quân của Đặng Nh Mai chốt giữ Quỳnh Lu không chống nổi lực lợng của Tôn Thất Thuyết đã bị đánh bật ra và phải rút về Tam Lễ (Quỳnh Lu). Tại đây, Đặng Nh Mai vẫn không ngã lòng, ông gấp rút củng cố lại lực lợng của mình để chuẩn bị phản công. Song trận tấn công vào Phủ Quỳ của cánh quân Đặng Nh Mai cũng không giành thắng lợi, thế cùng ông phải cho quân lính rút về Thanh Chơng. Trong khi đó Tôn Thất Thuyết không hề chậm bớc đã huy động quân lính từ thành Diễn Châu, Nghệ An phối hợp với quân từ Sơn Tây của ông tiếp tục càn quét. Trần Tấn buộc phải rút lui về căn cứ Thanh Thuỷ để củng cố lại lực lợng.
Sau khi đẩy lùi đợc quân của Trần Tấn, phá đợc thế bao vây cho thành Nghệ An, Tôn Thất Thuyết dồn toàn lực đánh thẳng lên Nam Đàn, với lực l- ợng mạnh hơn hẳn, lại đợc yểm trợ bằng voi chiến, quân triều đình đã phá vỡ đợc căn cứ Thanh Thuỷ sau khi triệt hạ toàn bộ hệ thống chiến luỹ ở Nam Lĩnh, Xuân Hồ, Xuân Liễu, các trận đánh đã diễn ra hết sức quyết liệt, đẫm máu. Các thủ lĩnh nghĩa quân đã chiến đấu quên mình để làm gơng cho binh sĩ nhng cũng không thể đẩy lùi đợc địch. Các thủ lĩnh Bùi Danh Mậu, Bùi Danh Thiểm, Hồ Duy Cơng đều lần lợt hy sinh. Trần Tấn và Đặng Nh Mai phải rút lên Thanh Chơng. Quân triều đình thừa thắng tràn lên, mặc sức đốt phá, chém giết. Nhiều làng mạc, thôn xóm ở Xuân Liễu, Xuân Hồ (Nam Đàn) bị đốt trụi, toàn bộ hệ thống hào luỹ, công sự bị san phẳng:
" Cầu Phù Đổng lửa táp, Đức Nghĩa cũng ra tro, Cả Xuân Liễu, Xuân Hồ
Nghe một mùi khét lẹt..." [65,226]
Về phía quân khởi nghĩa, vừa rút lên Võ Liệt, Thanh Chơng cha kịp củng cố lực lợng thì địch đã truy kích tới. ở đây, cả một vùng rộng lớn Dùng, Mỵ Sơn, Nguyệt Bồng cũng chịu sự đốt phá nh Nam Đàn, những gia đình
tham gia khởi nghĩa đều bị tịch thu hết ruộng đất gia sản. Phần lớn số tài sản tịch thu đó dùng vào việc gán nợ 1000 lạng bạc của triều đình cho Pháp. Tình hình quá khó khăn đã khiến các thủ lĩnh Trần Tấn, Đặng Nh Mai phải bỏ Thanh Chơng chạy lên vùng miền núi Khăm Muộn ( Lào). Tại đây các ông vẫn nuôi hy vọng khôi phục lại phong trào, ngày đêm chịu đựng gian khổ, tìm mọi cách cứu vãn cuộc khởi nghĩa tránh đợc nguy cơ tan rã. Các ông dùng toàn lực sót lại tổ chức tấn công vào Quỳ Châu, Tơng Dơng nhng cuối cùng đều thất bại. Trấn Tấn lúc này tuổi đã cao, lại sống trong rừng quá vất vả, gian khổ nên ông lâm bệnh rồi mất. Còn lại Đặng Nh Mai và Trần Hớng vẫn tiếp tục hoạt động trong rừng nhng cuối cùng cả hai bị bọn phản động vào rừng lùng bắt giao nạp cho triều đình và chịu án tử hình.
Cuộc khởi nghĩa tan rã và đến cuối năm 1874 thì hoàn toàn bị dập tắt. Phong trào ở Nghệ An bị đàn áp và tan rã cùng lúc với sự tan rã của phong trào ở Hà Tĩnh, Quảng Bình. ở đèo Ngang Nguyễn Văn Tờng đã đợc tàu đồng của Pháp chở quân đổ bộ phối với với quân của Lê Bá Thận đã hạ đ- ợc đồn tiền tiêu quan trọng của quân khởi nghĩa. Sau đó hàng loạt các đồn ở Thạch Hà, Cẩm Xuyên cũng bị đánh chiếm. ở thị xã Hà Tĩnh, Nguyễn Huy Điển thế không chống nổi với lực lợng quân của triều đình có giáo dân hỗ trợ nên bỏ chạy về Hơng Sơn. Trong khi đó, ở đại bản doanh Sông Con, Trần Quang Cán cũng rất khó khăn đối phó với quân triều đình do tuần vũ Hà Tĩnh Vũ Trọng Bình chỉ huy. Cuối cùng không chống nổi, Trần Quang Cán rút chạy lên Khăm Muộn (Lào). ít lâu sau, cả Trần Quang Cán, Nguyễn Huy Điển đều bị bắt và bị hành hình, ở Quảng Bình, Trơng Quang Thủ sau khi tập trung đợc lực lợng còn lại, ông quyết định mở một cuộc tấn công vào quân của Lê Bá Thận nhng kế hoạch đó không thành công. Quân triều đình đã tấn công trớc buộc Trơng Quang Thủ phải rút chạy, ông bị chúng bắt và đ- a về hành hình ở ngay quê hơng Thanh Lạng. Những toán quân còn lại dần dần tan rã do thủ lĩnh của họ ngời bị bắt, ngời bị giết. Những vùng có hoạt động khởi nghĩa trong tỉnh đều bị triều đình khủng bố, đàn áp rất nặng nề.
Cuối năm 1874 cuộc khởi nghĩa Giáp Tuất đã hoàn toàn bị tan rã. Nó không những chỉ phải chống lại với quân đội triều đình mà là chống lại một lúc ba thế lực: Quân đội triều đình, tàu đồng, đại bác của thực dân Pháp và lực l- ợng giáo dân phản động dới sự chỉ huy của các cha cố ngời Pháp. Cuộc khởi nghĩa Giáp Tuất đã bị dìm trong biển máu. Sự thất bại của nó trong hoàn cảnh lịch sử đất nớc lúc bấy giờ có rất nhiều nguyên nhân. Song điều đó không ngăn cản đợc ý nghĩa lịch sử mà cuộc khởi nghĩa Giáp Tuất đã đem lại, điều này sẽ đợc tiếp tục đề cập ở chơng sau.