Với tình hình ý thức kê khai nộp thuế TNCN cá nhân của dân cư còn thấp, công tác thanh tra, kiểm tra đóng vai trò quan trọng trong hoạt động quản lý thu thuế TNCN khi quản lý thuế theo mô hình chức năng.
Phòng Quản lý thuế TNCN và các Phòng kiểm tra thuế, thanh tra thuế sẽ thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra thuế trong phạm vi quản lý, như: kiểm tra các lượt hồ sơ khai thuế TNCN phát hiện các trường hợp khai thuế chưa đúng, chưa đủ, yêu cầu NNT giải trình, khai bổ sung. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế tại Cục Thuế Quảng Ngãi (do các phòng, đội kiểm tra thuế thực hiện) chỉ kiểm tra toàn diện các sắc thuế mà ĐTNT phải nộp trong đó có thuế TNCN khấu trừ của người sử dụng lao động.
Trong điều kiện nền kinh tế nước ta đang trong thời kỳ hội nhập các DN trong nước và nước ngoài đầu tư các dự án lớn vào tỉnh ta ngày càng nhiều, tăng lao động có việc làm và thu nhập trên địa bàn, nhất là tại khu kinh tế Dung Quất đã phát sinh nhiều phương thức kinh doanh, nghiệp vụ kinh tế phức tạp, nảy sinh tình trạng cố tình gian lận thuế dưới nhiều hình thức. Xác định được vấn đề này, năm 2010 ngành Thuế Quảng Ngãi đã chú trọng tăng cường và nâng cao chất lượng công tác thanh tra, kiểm tra thuế. Theo đó, Cục Thuế Quảng Ngãi đã thành lập thêm 1
phòng kiểm tra tại Cục Thuế và 1 đội kiểm tra tại đơn vị Chi cục Thuế thành phố Quảng Ngãi; đồng thời kiện toàn, củng cố nhân lực Phòng Thanh tra.
Bảng 2.6. Kết quả kiểm tra về thuế TNCN giai đoạn 2010 – 2013
TT Chỉ tiêu 2010 2011 2012 2013
1 Số lượt kiểm tra, thanh tra 243 303 470 547
2 Số tiền thuế truy thu và phạt (tỷ đồng) 27,5 28,1 34,7 52,7
Nguồn: Cục Thuế Quảng Ngãi
So với số lượt kiểm tra, thanh tra của Cục Thuế Đà Nẵng theo báo cáo năm 2010 là 89 hồ sơ thanh tra và 230 hồ sơ kiểm tra, thì địa bàn tỉnh Quảng Ngãi dù có số lượng hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân ít hơn nhiều vẫn duy trì mức độ thanh tra, kiểm tra cao qua các năm. Số thuế truy thu tăng dần qua các năm, từ 27,5 tỷ đồng năm 2010 đến 52,7 tỷ đồng năm 2013. Đồng thời từ bảng trên, ta cũng thấy được số lượng cuộc kiểm tra, thanh tra các đơn vị chi trả thu nhập cũng gia tăng nhằm ngăn ngừa các hành vi vi phạm và tăng cường tính tuân thủ Pháp luật thuế của NNT đặc biệt trong quá trình kê khai thuế TNCN. Theo thống kê trong giai đoạn trên, số lượng kê khai giảm 50% thuế thu nhập cá nhân của các các nhân không trực tiếp làm việc trên địa bàn khu kinh tế Dung Quất; bên cạnh đó vẫn tồn tại trường hợp kê khai giảm trừ gia cảnh không có đầy đủ hồ sơ chứng minh, một số lượng người lao động là người nước ngoài trên địa bàn tỉnh chưa kê khai đầy đủ thuế TNCN.
Tại Cục Thuế đã triển khai thực hiện kiểm tra nội bộ theo chuyên đề: Công tác kê khai, kế toán thuế; thanh tra, kiểm tra thuế; công tác quản lý đối tượng, qua đó đã chấn chỉnh những tồn tại trong việc thực hiện các quy trình quản lý thu thuế trong toàn ngành.
Quá trình thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp về thuế TNCN chủ yếu cán bộ thanh tra, kiểm tra chỉ sử dụng quyền yêu cầu ĐTNT báo cáo về thu nhập toàn cầu của họ. Các thanh tra viên, kiểm soát viên thuế có quyền đề nghị các ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác có trách nhiệm cung cấp nội dung giao dịch qua tài khoản của NNT được quy định tại tiết a, điểm 2, điều 72 Luật Quản lý thuế, tuy nhiên đối với thuế TNCN có thực hiện việc này
nhưng có phần chưa hiệu quả vì các tổ chức chi trả thu nhập thực hiện trả thu nhập qua tài khoản của cá nhân số lượng còn hạn chế, thu nhập được xác định tại ngân hàng thường không đầy đủ, ít cá nhân có tài khoản riêng. Bên thứ ba, ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác vì quyền lợi của khách hàng, đối tác mà cung cấp thông tin chậm, không đầy đủ, bản thân bên thứ 3 nhiều đơn vị hệ thống thông tin còn hạn chế. Nhưng qua các năm, Cục Thuế Quảng Ngãi phối hợp với các bên thứ 3 ngày càng hiệu quả hơn, đạt được số thuế truy thu cao. Các cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra không ngừng tự nâng cao trình độ hiểu biết về lĩnh vực kế toán và các chính sách pháp luật có liên quan.
Để đạt được kết quả trên là nhờ công tác lãnh đạo, chỉ đạo của Lãnh đạo Cục Thuế về việc lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế có trọng tâm, trọng điểm; công tác phối hợp với các ngành có liên quan, nhất là cới cơ quan công an và các tổ chức tín dụng trên địa bàn, đã được triển khai kịp thời, đặc biệt là giữa Chi cục Thuế thành phố Quảng Ngãi và Phòng PC46 Công an tỉnh nhằm xác định các trường hợp trốn, lậu thuế nhưng liên quan đến thuế TNCN ít xảy ra (chủ yếu là thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp), chưa phối hợp hiệu quả với cơ quan bảo hiểm xã hội.