- Tổ chức bộ máy quản lý có ảnh hưởng quan trọng đến quản lý chi NSNN, nhất là thực hiện nội dung quản lý chi NSNN, và các quy trình nghiệp vụ quản lý. Tổ chức bộ máy quản lý phù hợp sẽ nâng cao chất lượng quản lý, hạn chế tình trạng vi phạm trong quy trình thực hiện. Quy trình quản lý được bố trí càng khoa học, rõ ràng thì càng góp phần quan trọng làm nâng cao chất lượng của thông tin tới cấp ra quyết định quản lý chi NSNN, giảm các yếu tố sai lệch thông tin. Từ đó nâng cao được hiệu quả quản lý chi NSNN trên địa bàn địa phương.
- Năng lực quản lý của lãnh đạo bộ máy chi NSNN thể hiện trên các mặt sau: đề ra chiến lược quản lý chi ngân sách; kế hoạch triển khai các công việc cụ thể hợp lý, rõ ràng; xây dựng cơ cấu tổ chức hợp lý, có hiệu quả, phân định rõ ràng trách nhiệm và quyền hạn giữa các khâu, các bộ phận trong bộ máy quản lý chi và đội ngũ nhân viên.
Năng lực quản lý của người lãnh đạo có tầm quan trọng đặc biệt đối với công tác quản lý chi ngân sách ở cấp trung ương cũng như cấp ngân sách địa phương, ảnh hưởng đến tính hiệu quả, minh bạch, thúc đẩy được sự phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo an ninh quốc phòng và trật tự an toàn xã hội của Quốc gia cũng như từng địa phương.
- Năng lực chuyên môn của các bộ phận quản lý các khoản chi NSNN các cấp là nhân tố ảnh hưởng đến tính minh bạch và hiệu quả chi NSNN. Nếu cán bộ quản lý có năng lực chuyên môn cao sẽ giảm thiểu được sai lệch trong cung cấp thông tin của đối tượng sử dụng nguồn lực tài chính công, kiểm soát được toàn bộ nội dung chi, nguyên tắc chi và tuân thủ theo các quy định về quản lý nguồn tài chính công đảm bảo theo dự toán đã đề ra.