Phương thức này còn được gọi là quản lý NSNN theo khoản mục, là sự phân bổ ngân sách cho từng đầu vào cụ thể nhằm duy trì hoạt động của các cơ quan, tổ chức trong khu vực công, điển hình là chi lương, chi nguyên vật liệu đầu vào, chi quản lý khác... hàng năm.
Đặc trưng cơ bản nhất của phương thức quản lý chi NSNN theo khoản mục là quy định cụ thể định mức cho từng khoản mục chi tiêu trong quy trình phân phối ngân sách nhằm bắt buộc các cơ quan, đơn vị, cá nhân phải chi tiêu theo đúng khoản mục quy định và cơ chế trách nhiệm giải trình chú trọng vào quản lý các yếu tốđầu vào. Trong phương thức quản lý ngân sách này, cơ quan tài chính các cấp đóng vai trò là người kiểm soát thông qua việc tạo lập các quy trình cụ thểđược thiết lập để ngăn chặn việc chi tiêu quá mức.
- Ưu điểm của phương thức quản lý chi ngân sách theo khoản mục: Đơn giản và dễ kiểm soát chi tiêu thông qua việc so sánh với các năm trước.
- Khuyết điểm của phương thức này: Không gắn kết giữa chi ngân sách và mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội do Chính phủ, chính quyền địa phương các cấp đề ra; mối liên kết giữa ngân sách và các hàng hoá, dịch vụ công thường là yếu kém; không có động lực để khuyến khích các đơn vị chi tiêu sử dụng kinh phí một cách có hiệu quả; các đơn vị sử dụng ngân sách chỉ quan tâm đến việc có bao nhiêu tiền mà không quan tâm nhiều đến hiệu quả kinh tế; ngân sách được lập trong ngắn hạn thường là một năm.