Cơ sở pháp lý quan trọng nhất ựiều chỉnh hoạt ựộng Hải quan trên lãnh thổ Việt Nam ựó là Luật Hải quan số 29/2001/QH10 ngày 29/06/2001; Luật số 42/2005/QH11 ngày 14/06/2005 sửa ựổi, bổ sung một số ựiều của Luật Hải quan. Tại điều 8 Luật Hải quan sửa ựổi bổ sung ựã xác ựịnh:
ỘNhà nước ưu tiên ựầu tư, khuyến khắch tổ chức, cá nhân tham gia phát triển công nghệ và phương tiện kỹ thuật tiên tiến ựể ựảm bảo áp dụng phương pháp quản lý hải quan hiện ựại; khuyến khắch tổ chức, cá nhân có hoạt ựộng xuất khẩu, nhập khẩu tham gia xây dựng, thực hiện giao dịch ựiện tử và thủ tục hải quan ựiện tử.
Chắnh phủ quy ựịnh cụ thể về hệ thống tiêu chuẩn kỹ thuật trao ựổi số liệu ựiện tử, giá trị pháp lý của những chứng từ ựiện tử phù hợp với quy ựịnh của pháp luật về giao dịch ựiện tử; trách nhiệm, quyền hạn của cơ quan hải quan các cấp, cơ quan nhà nước hữu quan, tổ chức, cá nhân hoạt ựộng xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh trong việc thực hiện thủ tục hải quan ựiện tử.Ợ
Dựa trên quy ựịnh này, Chắnh phủ ựã ban hành Quyết ựịnh 149/2005/Qđ- TTg ngày 20/06/2005 về thực hiện thắ ựiểm thủ tục hải quan ựiện tử; Quyết ựịnh 103/2009/Qđ-TTg ngày 12/08/2009 của Thủ tướng Chắnh phủ sửa ựổi, bổ sung một số ựiều Quyết ựịnh 149/2005/Qđ-TTg;
- Quyết ựịnh 50/2005/Qđ-BTC ngày 19/07/2005 của Bộ trưởng Bộ Tài chắnh về Quy trình thực hiện thắ ựiểm TTHQđT ựối với hàng hoá XK, NK;
- Thông tư số 222/2009/TT-BTC ngày 25/11/2009 của Bộ trưởng Bộ Tài chắnh về việc ban hành Quy ựịnh về thắ ựiểm thủ tục hải quan ựiện tử;
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 46 quan về việc ban hành quy trình thủ tục hải quan ựối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện thủ tục hải quan ựiện tử;
- Nghị ựịnh số 57/2006/Nđ-CP ngày 09/06/2006 của Chắnh phủ về TM ựiện tử.