Ngân hàng Nhà nƣớc là một định chế tài chính hỗn hợp vừa mang tính chất là cơ quan quản lý nhà nƣớc, vừa mang tính chất doanh nghiệp nên sự quản lý của ngân hàng Nhà nƣớc với hoạt động của Ngân hàng thƣơng mại là hết sức quan trọng. Sự quản lý đó đƣợc thực hiện nhƣ sau:
- Ngân hàng Nhà nƣớc cần thực hiện việc thanh tra thƣờng xuyên hoạt động của Ngân hàng thƣơng mại thông qua việc thực hiện các cuộc kiểm tra, trong việc chấp hành luật lệ về tiền tệ và hoạt động ngân hàng, tăng cƣờng hiệu quả thanh tra kiểm soát hoạt động tín dụng tại các Ngân hàng thƣơng mại nhằm hạn chế, phòng ngừa rủi ro tín dụng. Hoàn thiện mô hình tổ chức bộ máy thanh tra ngân hàng theo ngành dọc từ trung ƣơng đến địa phƣơng và có sự độc lập tƣơng đối về điều hành và hoạt động nghiệp vụ trong tổ chức bộ máy của Ngân hàng Nhà nƣớc; ứng dụng những nguyên tắc cơ bản về giám sát hiệu quả hoạt động Ngân hàng của Ủy ban Basel, tuân thủ những quy tắc thận trọng trong công tác thanh tra.
- Phối hợp với các đơn vị liên quan thƣờng xuyên tổ chức các khóa đào tạo và bồi dƣỡng kiến thức cập nhật để nâng cao năng lực đánh giá, đo lƣờng, phân tích, kiểm soát rủi ro tín dụng cho các cán bộ tín dụng.
- Xây dựng hệ thống và các biện pháp kiểm soát luồng vốn quốc tế và nợ nƣớc ngoài, trong đó tập trung vào cơ chế giám sát cho vay và vay bằng ngoại tệ của các Ngân hàng thƣơng mại để tránh rủi ro về tỷ giá, ngoại hối thời hạn, qua đó có những cảnh báo sớm cho các Ngân hàng thƣơng mại xử lý kịp thời.