- Thứ nhất, nâng cao chất lượng văn bản quy phạm pháp luật hải quan.
Tình trạng văn bản quá dài, nhiều quy định, nhiều từ ngữ không rõ ràng, dễ dẫn đến cách hiểu, cách giải thích, cách áp dụng khác nhau, không thống nhất giữa Hải quan và doanh nghiệp, giữa các đơn vị, công chức hải quan. Cũng từ tình trạng chất lượng văn bản như vậy, khiến việc áp dụng thủ tục Hải quan chưa thống nhất giữa các đơn vị và giữa các công chức Hải quan.
- Thứ hai, tiếp tục đơn giản hóa một số thủ tục hải quan.
Một số quy định về thủ tục hải quan chưa rõ ràng và hợp lý như thủ tục hủy tờ khai, sửa tờ khai, thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ; việc phân tích, phân loại hàng hóa có thời gian phân tích mẫu quá dài, lấy quá nhiều mẫu; quy định về thời gian tạm nhập tái xuất phương tiện quay vòng; thời hạn nộp kết quả kiểm tra chất lượng chưa phù hợp với mặt hàng máy móc thiết bị nặng, lô hàng lớn; quy định không được sửa mã địa điểm.
Vấn đề kiểm tra thực tế hàng hóa và giám sát Hải quan, hiện quy trình thực hiện việc kiểm tra thực tế hàng hóa và giám sát hải quan tại nhiều đơn vị hải quan địa phương còn chưa rõ ràng. Các doanh nghiệp cho rằng cần phải được cải tiến hơn nữa để tránh phiền hà cho doanh nghiệp.
- Thứ ba, cải thiện quy trình và các thủ tục liên quan đến thuế.
Việc luân chuyển chứng từ nộp thuế giữa ngân hàng, kho bạc và cơ quan hải quan không tốt, gây phiền hà cho doanh nghiệp trong việc chứng minh đã nộp thuế cho tờ khai đã mở. Sự phối hợp về thời gian làm việc giữa cơ quan hải quan và ngân hàng chưa kịp thời, hàng đã làm thủ tục nhưng không thể nộp thuế để thông quan do ngân hàng hết giờ làm việc hoặc nghỉ cuối tuần, nghỉ lễ, nghỉ tết.Vấn đề xác định mã
HS và biểu thuế. Vẫn còn tình trạng một mặt hàng về các cửa khẩu khác nhau, cơ quan hải quan các chi cục áp mã HS khác nhau gây bức xúc cho doanh nghiệp.
- Thứ tư, nâng cao hiệu quả phương thức, phương tiện quản lý hải quan, trình độ chuyên môn, thái độ công chức hải quan.
Cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin của hải quan còn một số hạn chế: Cơ sở hạ tầng về công nghệ chưa đồng bộ, đường truyền chậm; mạng thường bị kẹt, bị lỗi; chậm cập nhật tình hình nộp thuế của doanh nghiệp, có trường hợp đến 2 - 3 ngày; ở các cửa khẩu vùng xa mạng Internet 3G dùng không được, rất khó khăn cho doanh nghiệp trong việc mở, sửa chữa tờ khai. Về việc tra cứu nợ thuế trên Cổng thông tin của Tổng cục Hải quan gây rủi ro về lộ thông tin của doanh nghiệp