Bên cạnh những kết quả đạt được vẫn còn tồn tại những hạn chế như:
Thứ nhất, khả năng tự chủ về mặt tài chính cũng như năng lực tài
chính của công ty thấp. Năm 2011 tỷ trọng VCSH trong tổng nguồn vốn của công ty giảm còn 28.49%, chiếm tỷ trọng còn lại là các khoản nợ, công ty đang duy trì hệ số nợ rất cao. Trong điều kiện khó khăn sẽ ảnh hưởng đến các hoạt động của công ty và làm giảm tỷ suất sinh lời VCSH khi công ty làm ăn thua lỗ.
Thứ hai, Công ty đang duy trì một cơ cấu vốn mạo hiểm, dùng nguồn tín dụng ngắn hạn để tài trợ cho dài hạn, nguồn tín dụng ngắn hạn sẽ đáo hạn trong thời gian ngắn trong khi đó đầu tư vào tài sản dài hạn thời gian thu hồi vốn rất lâu. Nếu công ty không có nguồn lực để trả các khoản lãi vay hay các khoản nợ đến hạn thì sẽ rất nguy hiểm, có thể dẫn đến phá sản. Mặt khác, dư nợ ngắn hạn cao, cơ cấu nợ ngắn hạn và dài hạn bị mất cân đối, tỷ lệ nợ vay ngắn hạn/dài hạn quá cao sẽ tăng áp lực thanh khoản lên Sơn Hà trong ngắn hạn. Một cơ cấu vốn không an toàn và mất cân đối như trên sẽ có ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của công ty và gây nguy hiểm khi điều kiện kinh tế gặp khó khăn.
Thứ ba, khả năng thanh toán ngắn hạn thấp, thấp hơn rất nhiều so với bình quân ngành.
Tất vả các chỉ tiêu về khả năng thanh toán ngắn hạn của Sơn Hà đều rất thấp, đặc biệt là khả năng thanh toán tức thời luôn ở dưới ngưỡng an toàn. Điều đó có ảnh hưởng làm giảm năng lực tài chính của Sơn hà, giảm uy tín đối với các bạn hàng và nhà cấp tín dụng.
Thứ tư, thành phẩm sản xuất ra không đủ cung cấp. Hiện nay thì nhu
cầu của thị trường đối với những sản phẩm của công ty ngày càng tăng và yêu cầu ngày một cao hơn, tuy nhiên Sơn Hà chưa thật trú trọng đến vấn đề này. Cho thấy Sơn Hà đã bỏ lỡ cơ hội gia tăng thị phần và một nguồn thu nhập lớn.
Thứ năm, chất lượng nguồn nhân lực chưa cao
Bộ máy quản lý của Sơn Hà vẫn còn thiếu và chưa đáp ứng được nhu cầu phát triển của lĩnh vực kinh doanh chủ đạo là công nghiệp. Công ty chưa có môt bộ phận hoạch định các kế hoạch sản suất và nghiên cứu thị trường một cách chuyên nghiệp. Việc hoạch định các kế hoạch sản suất vẫn dựa vào các dự đoán dựa trên những số liệu thống kê, rất ít tính đến sự tác động và xu hướng thay đổi của thị trường cũng như sự thay đổi nhu cầu của người tiêu dùng. Hiện tại, Sơn Hà đã và đang áp dụng những hệ thống quản trị mới tiên
tiến vào sản xuất, tuy việc áp dụng những công nghệ mới đã phần nào đem lại một kết quả cao hơn cho công ty, nhưng hiệu quả hoạt động thì chưa tương xứng với khả năng của các công nghệ mới.
Thứ sáu, các lĩnh vực đầu tư vào BĐS và đầu tư tài chính chưa đem lại hiệu quả cao cho công ty tuy nhiên lại chiếm tỷ trọng vốn đầu tư khá lớn, làm giảm hiệu quả sử dụng tổng tài sản của công ty.
Thứ bảy, do phần lớn nguyên vật liệu của công ty là thép không gỉ
được nhập khẩu từ nước ngoài nên hoạt động kinh doanh của Sơn Hà chịu tác động lớn của biến động giá nguyên vật liệu và tỷ giá. Do đó khi giá thép không gỉ tăng cao sẽ làm giảm lợi nhuận của công ty. Mặt khác sự bất ổn của nền kinh tế thế giới khiến các nhà cung cấp nguyên vật liệu thép rút ngắn thời hạn hợp đồng từ năm xuống quý. Điều đó làm ảnh hưởng đến kế hoạch sản xuất, tăng chi phí, giảm lợi nhuận.