Ngay sau khi chiếm được Nam Kỳ, ngày 21-9-1861, Đô đốc Sácne đã ký nghị định thành lập trường Bá Đa Lộc để dạy tiếng Pháp cho người Việt và dạy tiếng Việt cho người Pháp. Mục đích của trường này là đào tạo những thông dịch cho đội quân xâm lược và những thư ký làm việc trong các cơ quan hành chính.
Trường Bá Đa Lộc là trường học đầu tiên dạy người Pháp nói tiếng Việt. Trường đào tạo thông dịch viên và thư ký là người Việt nói tiếng Pháp được tổ chức theo quyết định số 5 ngày 1-12-1861. Học sinh muốn vào trường này phải qua một kỳ thi tuyển gồm : một bài chính tả chữ La tinh và
chữ Quốc ngữ, và một bài dịch ngược lại; thí sinh còn phải làm một bài văn về một số vấn đề cai trị; ngoài ra còn phải thi vấn đáp về một chủ đề nào đó.
Về tổ chức của trường Bá Đa Lộc: đây là một cơ sở đào tạo nhân viên phục vụ cho quân đội viễn chinh, và chiếm đóng của thực dân Pháp, giáo dục chưa mang tính chất rộng rãi. Nhưng trường này cũng đã đào tạo ra những thầy giáo cho những trường học sau này.
Việc đưa ra những chính sách giáo dục mới đã làm cho tổ chức và nội dung giáo dục ở Nam Kỳ có nhiều thay đổi.
Bôna là người kế tục sự nghiệp của Sácne, Bôna đã dự kiến tổ chức một nền giáo dục phổ thông mới:
Nâng từ 30 đến 100 suất học bổng cho trường Bá Đa Lộc, để mở rộng hơn việc đào tạo thông dịch viên và thư ký.
Ở ba tỉnh mới chiếm (Biên Hòa, Gia Định, Định Tường), sẽ duy trì nền giáo dục cũ của triều đình Huế. Bôna chủ trương duy trì toàn bộ chế độ học hành thi cử như cũ, trừ việc khuyến khích học thêm chữ Pháp. Tuy nhiên chủ trương này đã bị nhiều ý kiến phản đối nên không thể thực hiện được.
Ngày 16 - 7 - 1864, Đô đốc Đô-La-Grăngđie ra nghị định tổ chức một số trường tiểu học ở các tỉnh để dạy chữ Quốc ngữ và dạy Toán. Họ cho xuất bản cấp tốc ba cuốn sách giáo khoa; một về các mẫu chữ Quốc ngữ, hai cuốn về số học và hình học sơ giản để thay thế cho các tập sách đọc mà họ chưa kịp biên soạn. Đồng thời để tuyên tuyền cho chế độ thuộc địa, chúng đã phát cho học sinh những tờ “Nguyệt san thuộc địa” hoặc “tờ Gia Định báo”. Đầu năm 1867, họ bắt đầu gửi 12 học sinh sang Pháp, sau đó gửi thêm 15 người nữa.
Tuy nhiên kết quả đạt được là không cao. Chỉ có một vài làng theo đạo Thiên Chúa thì trẻ con đã đọc được sách Kinh thánh hoặc những mảnh Gia Định báo, còn lại trên 200 làng ở Nam Kỳ vẫn chưa thể tổ chức giáo dục rộng rãi được. Chương trình học vẫn là để cho các làng dạy chữ Hán, còn chữ Quốc ngữ và chữ Pháp thì chỉ mở ở mức độ cho phép. Tính đến năm 1868, họ
mới tổ chức được ở Nam Kỳ 58 trường học (trong đó có 2 trường của Giáo hội với 1368 học sinh).
Năm 1867, nhà cầm quyền tổ chức một kỳ thi chung cho các thuộc địa và phát phần thưởng tại trường Bá Đa Lộc là trung tâm giáo dục ở Nam Kỳ lúc bấy giờ. Đồng thời cũng tổ chức bồi dưỡng giáo viên tập sự và giáo viên chính thức. Giáo viên được chia thành hai bậc: bậc một là những người có thể dịch tiếng Pháp ra tiếng Việt, mỗi năm được 66 frăng; bậc hai là những người có thể dịch tiếng Việt ra tiếng Pháp và làm bốn phép tính, mỗi năm được 300 frăng.
Ngày 22 - 6 - 1868, nhà cầm quyền Pháp đã ký quyết định cho phép trường Bá Đa Lộc nhận những học sinh mới theo học dở dang ở trường trung học Pháp về vì thiếu ngân sách. Đô-La-Grăngđie tổ chức một trường tiểu học cho con em Pháp kiều (công chức và nhà buôn). Trường ngoài hai bậc sơ đẳng tiểu học và cao đẳng tiểu học còn có một lớp đào tạo thông dịch người Pháp và người Việt, dạy theo chương trình trung học.
Năm 1871, Đupre lại cho thành lập ở Sài Gòn một trường sư phạm với 60 giáo sinh, tất cả đều được học bổng.
Đầu năm 1873, nhà cầm quyền Pháp tổ chức một hội nghị giáo dục toàn Nam Kỳ, mong tìm một giải pháp cụ thể cho một đường lối giáo dục để đưa công tác này lên những bước mới hơn. Tại hội nghị, mọi người cũng nhất trí rằng việc tổ chức giáo dục suốt thời gian qua đã thất bại, vì nhân ta vẫn học chữ Hán mà không mấy ai đến trường học chữ Quốc ngữ và chữ Pháp.
Khi nói về thất bại đó, các nhà cầm quyền Pháp đã phải công nhận rằng, nguyên nhân là do họ thiếu am hiểu tình hình của một dân tộc có nền văn minh nghìn năm. Do vội vã, thiếu chuẩn bị, chủ quan đã thay thế toàn bộ nền giáo dục bản xứ bằng việc học chữ La tinh. Hơn nữa việc biên soạn sách giáo khoa cũng chưa được chú ý đúng mức đã dẫn đến thất bại đó.
Năm 1874, nhà cầm quyền Pháp tổ chức cơ quan học chính Nam Kỳ để nghiên cứu và chỉ đạo giáo dục trong toàn xứ. Ý kiến làm nền tảng cho đường lối giáo dục từ sau khi cơ quan này thành lập là của Lurô.
Khi Lurô so sánh kết quả của nền giáo dục phong kiến và nền giáo dục mới của Pháp, Lurô cho rằng: đối với nền giáo dục bằng chữ Hán, biết đọc biết viết là thấm nhuần những điều cơ bản về đạo đức, luân lý trong sách vở kinh truyện, tức là đã tiếp thu sự giáo huấn và học tập. Còn đối với nền giáo dục của Pháp, đứa bé chỉ học đọc học viết trong một vài cuốn sách mà thầy giáo rất ít rút ra kết luận về luân lý, cho nên đứa bé không được giáo dục một chút gì về đạo đức, chỉ học được một số kiến thức thô sơ, nên Lurô đã đánh giá rằng “sự thực kết quả các trường học của chúng ta gần như không có gì” [3, tr.44].
Tháng 3 - 1879, Laphông ký một quyết định tổ chức giáo dục ở Nam Kỳ theo hệ thống ba cấp, bãi bỏ tất cả các trường đã tổ chức theo quyết định ngày 17 - 11 - 1874 của Phó đốc Crăng. Theo quyết định mới này mỗi huyện đều có một trường cấp 1(có tất cả 20 trường), có 6 trường cấp 2, trường trung học Satxơlu Loba và Bá Đa Lộc sẽ dạy cấp 3. Bước đầu chữ Hán vẫn được duy trì, các trường làng vẫn hoạt động nhưng có sự kiểm soát của nhà chức trách.
Tại nghị định 14 - 6 - 1880, đã quyết định để trường trung học Satxơlu Loba dạy 3 cấp. Tại Mỹ Tho mở thêm 1 trường trung học, Chợ Lớn mở một trường cho Hoa kiều. Ngày 2 - 7 - 1880, ở Sài Gòn lại tổ chức thêm một trường cho cả nam và nữ học sinh từ 6 đến 12 tuổi, có hai giáo viên người Pháp và hai người Việt.
Về giáo viên gặp rất nhiều khó khăn, mặc dù đã có giáo viên người Pháp đưa sang nhưng không đáp ứng đủ yêu cầu. Còn đa số giáo viên người Việt thì không hề được đào tạo về sư phạm. Do đó mọi chế độ của nhà trường ngay cả chương trình, thời khóa biểu cũng rất tùy tiện. Hơn thế họ còn bị bạc
đãi, đồng lương vô cùng ít ỏi chỉ từ 7 đến 15 đồng một tháng, trong khi giáo viên người Pháp được gấp 20 - 30 lần.
Như vậy, tổ chức giáo dục thời kỳ này còn rất sơ sài, manh mún, chắp vá, chưa được tổ chức chặt chẽ, không đáp ứng được yêu cầu của lịch sử.