+ 9/10 làng nghề chưa có hệ thống xử lý nước thải tập trung (chỉ có làng nghề Ngọc Văn, xã Diễn Ngọc, huyện Diễn Châu có hệ thống xử lý nước thải tập trung tuy nhiên hệ thống không hoạt động).
+ Các hộ gia đình và cơ sở sản xuất tại chính làng nghề đang xả nước thải chưa qua xử lý hoặc chưa đạt quy chuẩn ra môi trường;
+ Các hộ sản xuất đang hoạt động với công nghệ lạc hậu, nhỏ lẻ và mánh múi; quan niệm của các hộ sản xuất phát triển sản xuất, tăng thu nhập là chính, chưa đầu tư công tác bảo vệ môi trường;
+ Hiểu biết về pháp luật và ý thức về bảo vệ môi trường chưa cao của hộ quản lý sản xuất (do trên 80% lao động nông thôn không qua đào tạo);
+ Nước rửa nguyên liệu (cá tươi) được xả trực tiếp ra môi trường.
+ Các làng nghề hoạt động chưa đúng theo quy hoạch, chưa được đầu tư kinh phí vào công tác bảo vệ môi trường;
+ Nguồn vốn đầu tư cho xử lý môi trường tại các làng nghề rất hạn chế do đặc thù sản xuất làng nghề nguồn vốn nhỏ.
+ Việc tuyên truyền, nâng cao nhận thức cho các cơ sở quản lý, tổ chức và cộng đồng dân cư về công tác đảm bảo vệ sinh môi trường chưa được tiến hành thường xuyên, liên tục.
+ Công tác quản lý làng nghề của các cơ quan chức năng chưa đúng mức. + Nguyên nhân dẫn đến giá trị thông số Clo dư vượt quy chuẩn cho phép lớn nhất (vượt trên 15 lần): quá trình chế biển hải sản, vệ sinh sân bãi và các dụng cụ, thiết bị sản xuất có sự dụng Clo để khử trùng (hàm lượng Clo dư cao) dẫn đến kết quả phân tích Clo dư vượt quy chuẩn cho phép nhiều lần.