Các phương pháp ựược sử dụng ựể phát hiện sự hiện diện của một hoặc một nhóm chất ở một nồng ựộ quan tâm hay ựể phân biệt giữa các mẫu ựạt và không ựạt yêu cầu vệ sinh.Trong chiến lược phân tắch tồn dư, phương pháp sàng lọc thường ựược tiến hành trước khi ựịnh danh và ựịnh lượng chắnh xác.
Phương pháp sàng lọc hay ựược sử dụng nhất là test vi sinh vật. Nguyên tắc của test này là dựa trên sự ức chế vi sinh vật của kháng sinh tạo vòng vô khuẩn trên ựĩa thạch. Người ta có thể sử dụng mẫu ựặt trực tiếp lên ựĩa thạch hoặc dùng dung dịch chiết tách từ mẫu nhỏ vào khoanh giấy thấm rồi ựặt lên ựĩa thạch. Test vi sinh vật có thể thiết kế theo các hướng:
- Sử dụng 1 chủng vi sinh vật ở cùng một ựiều kiện môi trường: Test 1 ựĩa dùng chủng Bacillus subtilis (Test thận Bỉ).
- Sử dụng một chủng vi sinh vật nhưng ựiều kiện môi trường khác nhau (pH khác nhau) như New Two Plate Test (Dang và cs, 2011).
- Sử dụng các chủng vi sinh vật khác nhau ở cùng ựiều kiện môi trường. - Sử dụng các chủng vi sinh vật khác nhau ở các ựiều kiện môi trường khác
nhau (pH khác nhau). điển hình là test 4 ựĩa Châu Âu (FPT- Four Plate Test), test cải tiến test 4 ựĩa CPMA (Combined Plate Microbial Assay).
- Dựa vào phản ứng lên men, kết hợp với chỉ thị màu (Premiệtest, Delvoệtest, Copanệtest).
Các test vi sinh vật có nhiều ưu ựiểm: đơn giản, dễ thực hiện, trang thiết bị thông thường, phổ phát hiện rộng, tương ựối nhạy (tuỳ vào chủng vi sinh vật và môi trường), tương ựối nhanh, rẻ tiền. Tuy nhiên, phương pháp này vẫn có những nhược ựiểm, cụ thể:
Một số test ựọc kết quả bằng màu, do ựó nếu màu gần giống nhau thì rất khó phân biệt.
Không ựặc hiệu, không ựịnh lượng ựược chất tồn dư.
Một số chất (Chloramphenicol, Nitrofurane, Nitroimidasole) không phát hiện ựược dù có nồng ựộ cao do các chủng vi sinh vật không mẫn cảm với những chất này.
Còn có ảnh hưởng của một số chất có trong mẫu như lysozim - một enzyme có tác dụng diệt khuẩn có trong dịch sinh học của tế bào ựộng vật, một số acid amin, các chất có tắnh bazơ hay các chất sát trùng, những chất này có khả năng ức chế vi sinh vật dẫn tới cho kết quả dương tắnh giả