Sự hiện diện dư lượng kháng sinh trong các sản phẩm có nguồn gốc từ ựộng vật có thể do việc không tuân thủ thời gian chờ sau khi dùng thuốc (Paige và Kent, 1987; Van Dresser và Wilcke, 1989, Paige, 1994), hoặc do sai sót trong việc quản lý của bác sỹ thú y hay người chăn nuôi hoặc do sai sót trong việc nhận diện các ựộng vật ựược ựiều trị (Sundlof, 1989). Việc sử dụng các loại chất thải của các ựộng vật ựang ựiều trị ựể nuôi các loại ựộng vật khác cũng có thể là nguyên nhân gây tồn dư một số nhóm kháng sinh trong thực phẩm (Bevill, 1984; McCaughey và cs., 1990).
Sự ựiều trị lợn bởi Sulfamethazine bằng ựường miệng ựã gây nên hiện diện tồn dư trong nước tiểu, trong thận của lợn khác ựược nuôi cùng chuồng (McCaughey và cs., 1990, Elliottvà cs., 1994).
Tồn dư kháng sinh cũng có thể do việc sai lầm trong sử dụng, sự lạm dụng các thuốc ựược phép sử dụng hoặc sử dụng bất hợp pháp kháng sinh ựã bị cấm. Ngoài ra, việc sử dụng quá liều hoặc sử dụng thuốc không chỉ ựịnh cho ựộng vật cũng có thể là một nguyên nhân gây tồn dư (Kaneene và Miller, 1997).
Một nguyên nhân khác là việc ô nhiễm các sản phẩm dùng chế biến thức ăn gia súc. Quan trọng là việc ô nhiễm này tuỳ thuộc vào dược lực học của hợp chất ô nhiễm và loài ựộng vật (McEvoy, 2002). Cũng có thể nhiễm vào thức ăn do tiếp xúc với môi trường có chứa kháng sinh. Tóm lại tồn dư kháng sinh trong thực phẩm bao gồm:
+ Kháng sinh cho vào thức ăn, nước uống với mục ựắch phòng bệnh và kắch thắch tăng trọng.
+ Kháng sinh dùng ựể chữa bệnh gia súc.
+ Kháng sinh cho thêm vào thức ăn cho gia súc ựể bảo quản súc sản lâu hư.
Có thể cho thẳng vào thực phẩm với mục ựắch ức chế, tiêu diệt vi sinh vật ựể bảo quản thực phẩm. Do vận chuyển sản phẩm ựi xa, cho kháng sinh vào thực phẩm ựể bảo quản. Tất cả những nguyên nhân trên làm cho sản phẩm chăn nuôi, thủy sản tồn dư kháng sinh, có ảnh hưởng không tốt ựối với người tiêu thụ.