SINH HỌC TRONG NUÔI TRỒNG TÔM SÚ
Marker di truyền trong chọn giống đã đƣợc phát triển trên cả tôm he và tôm sú, hiện nay các marker này chủ yếu là các marker microsatellite và AFLP, và một số lƣợng nhỏ các SNP [112]. Dữ liệu về hệ gen đang có sẵn của loài tôm hiện tại còn chƣa lớn và hầu hết các dữ liệu trình tự này có nguồn gốc từ thƣ viện EST, trong khi chúng thƣờng có thể chứa nhiều lỗi trình tự. Do đó, việc xác định các vị trí đa hình mới là một nhiệm vụ khó khăn. Mặc dù vậy, thƣ viện EST hiện đang là nguồn tài nguyên chính của dữ liệu trình tự để hiểu về hệ gen tôm và cần thiết cho ngƣời nuôi, Một ứng dụng quan trọng của thƣ viện EST đó là tạo kho tài nguyên để khai thác các SNP [113]. Một phƣơng pháp nhận diện các SNP khác cũng đã đƣợc ứng dụng đó là giải trình tự một số gen, đó là những gen đƣợc dự đoán có vai trò quan trọng trong kiểu hình, các cặp mồi đƣợc thiết kế để giải trình tự một vùng của gen. Khi thành công, một hoặc nhiều SNP có thể đƣợc nhận diện bên trong trình tự các vùng đó. Phƣơng pháp này này đã nhận biết đƣợc 12 SNP của tôm thẻ chân trắng L. vannamei và ít nhất 3 SNP của loài tôm sú P. monodon [100, 101, 112]. Một trong số các SNP đƣợc tìm ra nhờ phƣơng pháp này đã đƣợc đặt trong bản đồ di truyền liên kết của tôm sú [121].
Với sự phát triển của các hệ thống máy giải trình tự thế hệ mới, nhƣ là Roche Genome Sequencer FLXTM system, Illumina Genome AnalyzerTM và Applied Biosystems SOLiDTM sequencing system, ion torrent PGM, ion proton, phƣơng pháp phát hiện các SNP đã trở nên cực kỳ nhanh và hiệu quả, với giá thành thấp. Hiện nay, chƣa có công nghệ nào trong đó đƣợc ứng dụng trên đối tƣợng là tôm, nhƣng đây là một việc chắc chắn trong tƣơng lai đối với nghiên cứu hệ gen nói chung và do đó nó nên đƣợc định hƣớng cho nghiên cứu hệ gen tôm trong những năm tiếp theo [78].
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Bên cạnh đó, một phƣơng pháp sinh học khác cũng đang đƣợc quan tâm nghiên cứu, đó là phƣơng pháp can thiệp RNA (RNAi), phƣơng pháp này hiện đang đƣợc xem là công cụ đáng tin cậy để trực tiếp giải quyết các vấn đề về chức năng của gen. Các nghiên cứu này có liên quan rất lớn đến công nghệ sinh học trong nuôi trồng thủy sản, nó mở đƣờng để bắt đầu các nghiên cứu về các mối quan hệ giữa các gen đã biết và các đặc điểm thƣơng mại quan trọng. Do kỹ thuật RNAi cho phép ngăn chặn sự biểu hiện của các gen ở một mức đặc hiệu cao với rất ít hoặc không có tác động tới các mục tiêu không mong muốn. Đƣa dsRNA/siRNA vào cơ thể là một công cụ mạnh mẽ và hiệu quả hơn để ngăn chặn sự nhân lên của virus hoặc bảo vệ tôm khỏi nhiễm virus hiệu quả hơn các phƣơng pháp khác. Thực tế, phƣơng pháp này đã đƣợc chứng minh là có hiệu quả trên 3 loại virus [129]. Hơn nữa, tiêm dsRNA đã đƣợc chứng minh là phƣơng pháp khả thi để ngăn chặn bệnh lan truyền trong cơ thể [128], mở cửa cho sự phát triển của phƣơng pháp điều trị dsRNA trên quy mô thƣơng mại [78].
Trong những năm gần đây, các nghiên cứu về hệ gen và di truyền của tôm sú đã có những tiến bộ đáng kể. Sự phong phú về thông tin từ các gen biểu hiện đã đƣợc công bố rộng rãi trên các cơ sở dữ liệu, cung cấp những thông tin mới về các loài tôm. Các nhà chọn giống, các nhà khoa học, các nhà nuôi trồng thủy sản chỉ mới đang bắt đầu khai thác các nguồn tài nguyên, đặc biệt là sử dụng các marker di truyền, các gen kháng bệnh, và các gen liên quan đến sinh sản và các quá trình nuôi trồng thủy sản khác có liên quan. Ngày càng có nhiều các sáng kiến đƣợc khai thác các dữ liệu có sẵn để bổ sung các marker và tạo ra các bản đồ liên kết ngày càng sâu rộng hơn. Ngày nay chúng ta có thể nghiên cứu sự biểu hiện của hàng ngàn gen cùng một lúc nhờ tiến bộ trong phƣơng pháp transcriptomics. Chính vì vậy, sự tăng cƣờng hợp tác chia sẻ các tài nguyên về các cơ sở dữ liệu sinh học trong đó có thƣ viện cDNA/EST chính là tƣơng lai của nghiên cứu di truyền tôm [78].
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
CHƢƠNG II. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP