- Trƣớc năm 1990, bộ máy thu của nƣớc ta gồm 3 cơ quan thu độc lập tƣơng ứng với từng khu vực kinh tế trực thuộc Bộ Tài chính là:
- Cục thu quốc doanh trực thuộc Bộ Tài chính và các chi cục thu quốc doanh các tỉnh thành phố chịu trách nhiệm thu từ khu vực quốc doanh.
- Chi cục Thuế công thƣơng nghiệp và các Chi cục Thuế công thƣơng nghiệp các tỉnh thành phố chịu trách nhiệm thu từ khu vực công thƣơng nghiệp ngoài quốc doanh.
- Vụ thuế nông nghiệp và các phòng thu thuế nông nghiệp các tỉnh thành phố chịu trách nhiệm thu thuế nông nghiệp.
Từ năm 1990, với sự nỗ lực cải cách thuế, trong đó có cải cách bộ máy quản lý thuế, nghị định số 281/HĐBT ngày 7/8/1990 của Hội đồng Bộ trƣởng (nay là chính phủ) đã quy định việc thành lập hệ thống thu thuế nhà nƣớc trực thuộc Bộ Tài chính. Theo tinh thần của Nghị quyết này, bộ máy quản lý thuế đƣợc tổ chức lại theo ngành dọc từ Trung ƣơng đến các địa phƣơng trên cơ sở hợp nhất ba bộ phận Cục Thu quốc doanh, Chi cục Thuế công thƣơng nghiệp ngoài quốc doanh và Vụ Thuế nông nghiệp thành Tổng Chi cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính.
Ở Trung ƣơng có Tổng Chi cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính, bộ máy giúp việc Tổng Chi cục Thuế bao gồm các phòng chức năng, nghiệp vụ. Tổng Chi cục Thuế do Tổng cục trƣởng phụ trách và một số Phó cục trƣởng giúp việc.
Ở các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ƣơng (gọi chung là tỉnh) có các Chi cục Thuế trực thuộc Tổng Chi cục Thuế, đồng thời chịu sự chỉ đạo song trùng của Uỷ ban nhân dân cùng cấp.
Ở các quận, huyện và cấp tƣơng đƣơng có các Chi cục Thuế trực thuộc Chi cục Thuế và chịu sự chỉ đạo song trùng của Uỷ ban nhân dân cùng cấp.
Tổng Chi cục Thuế, Chi cục Thuế, Chi cục Thuế là tổ chức trong bộ máy hành chính nhà nƣớc, có tƣ cách pháp nhân, có con dấu riêng. Bộ trƣởng Bộ Tài chính quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của Tổng Chi cục Thuế và Chi cục Thuế.