Thực trạng của các ĐNCT-XH xảy ra trong những năm qua cho thấy nguyên nhân cơ bản là do vấn đề cán bộ, nguyên nhân chủ yếu là do sự phản ứng quá mức của người dân. Song có một nguyên nhân quan trọng góp phần dẫn đến ĐN đó là thực trạng yếu kém của hệ thống chính trị ở cơ sở nông thôn. Xã là cấp hành chính cuối cùng, là nơi trực tiếp phố biến tuyên truyền, tổ chức người dân thực hiện đường lối chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước. Những yếu kém của hệ thống chính trị cấp xã dễ thấy hơn, dễ gây nên sự bất bình và chống đối của dân chúng hơn.
Thứ nhất, buông lỏng công tác quản lý kỉnh tế xã hội từ tỉnh đến xã trong suốt thời gian dài nhất là trên các lĩnh vực đất đai, tài chỉnh, ngân sách, xây dựng cơ bản.
Trong bất cứ lĩnh vực nào và ở đâu, nếu các hoạt động đuợc tiến hành trong một môi trường không được kiểm tra, giám sát chặt chẽ, thường nảy sinh khuynh hướng tự do và tiêu cực.
ĐNCT-XH diễn ra ở nông thôn ĐBSH cho thấy công tác kiểm tra giám sát bị buông lỏng, cơ sở được hoạt động tự do, coi địa phương của mình như một "mảnh đất riêng" đế có thế làm những điều trái với quy định của pháp luật. Bắt đầu từ chồ làm đúng pháp luật, dần dần len ra ngoài hành lang pháp luật một chút, vượt quá khuôn khổ pháp luật mà không thấy bị trên nhắc nhở, phê phán. Hoặc trên có nhắc nhở phê phán nhưng rồi cũng cho qua vì những lý do tế nhị khác. Từ đó dẫn đến tư tưởng coi thường pháp luật, coi "phép vua thua lệ làng", tùy tiện đặt ra những quy định sai trái, hoặc giải quyết những vấn đề vượt quá thẩm quyền. Cũng vì cơ sở "được" làm sai mà sinh ra mất công bằng, đụng chạm đến lợi ích của dân, mất dân chủ, mâu thuẫn giữa nhân dân và một bộ phận cán bộ trong chính quyền ngày thêm nặng nề. Khách quan để đánh giá thì cơ sở sai một, cấp lãnh đạo chỉ đạo ở trên sai hai vì đã tạo môi trường để cơ sở có thể
vượt ra khỏi những giới hạn cho phép, nếu không nói là đã được cấp trên "bật đèn xanh".
Do buông lỏng quản lý mà cán bộ, đảng viên hay mắc sai phạm. Những sai phạm về chính sách pháp luật ở co sở xảy ra kéo dài, phố biến, có noi nghiêm trọng, đụng chạm đến quyền lợi số đông những người lao động. Cấp tỉnh cấp huyện có tư tưởng thỏa mãn với những thành tích có tính bề nối mà trở nên chủ quan, thiếu nhạy bén chính trị, quan liêu với mọi diễn biến ở co sở, không thấy được những dấu hiệu bất ốn đang tiềm tàng trong nông nghiệp, nông thôn và nông dân. Có một số chủ trương, giải pháp đề ra đúng về mặt quan điểm, nguyên tắc chung nhưng lại thiếu tính cụ thể nên khi áp dụng vào thực tế đế thực hiện thì không đáp ứng được nhu cầu.
Đã có Quy chế dân chủ ở cơ sở nhưng chính quyền xã triển khai thực hiện chưa triệt đế vì ngại đụng chạm, sợ bị sự giám sát của nhân dân. Theo kết quả điều tra xã hội học ở Hải Phòng về vấn đề dân chủ thì đa số nông dân đều nhất trí cho rằng việc huy động sức dân, chủ trương xây dựng và phát triến nông thôn theo hướng CNH, HĐH là đúng nhưng có 81,4% nông dân cho rằng việc đóng góp hiện nay là quá sức. Có 31,7% cho rằng họ được tham gia bàn bạc về việc đóng góp, còn 45,7% thì không được bàn bạc gì cả. 71,4% số người được hỏi cho biết họ có được thông báo về các khoản và mức đóng góp. Qua đây chứng tở rằng việc người dân được biết được bàn về các nội dung thiết thân với họ còn rất hạn chế. Song việc kiểm tra giám sát các hoạt động của chính quyền địa phương lại còn ít hơn nhiều. Có 8,5% số người được tham gia kiểm tra giám sát các hoạt động của chính quyền địa phương còn 85,7% là không được tham gia kiếm tra giám sát. số người biết về các khoản đóng góp qua đi họp chiếm 37,6%, còn 56,5%
Thứ hai, tố chức và hoạt động của hệ thống chính trị cấp xã yếu kém, bất cập trước tình hình mới.
Công tác giải quyết khiếu nại tố cáo của công dân giải quyết mâu thuẫn, tranh chấp trong nhân dân từ cấp cơ sở chua tốt. Việc khiếu nại tố cáo của công dân là một điều bình thường trong xã hội, nhưng cách giải quyết không thỏa đáng dễ dẫn đến tình hình căng thẳng và phức tạp. Thông thường xuất phát điếm của nó là sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng đối với chính quyền ở cấp cơ sở thiếu sâu sát thực tiễn nên không phát hiện và giải quyết mâu thuẫn ở địa bàn nông thôn ngay tù' đầu, mà đế cho những mâu thuẫn đó cứ tích tụ dần thành những mâu thuẫn lớn. Khi đã có khiếu nại tố cáo của công dân một số phòng ban và UBND xã vẫn chưa nhận thức đúng, chưa thấy hết trách nhiệm của mình trong việc giải quyết nên không quan tâm chú trọng đến vấn đề này. Cũng vì xem nhẹ công tác tiếp dân và giải quyết khiếu kiện của dân mà dẫn đến việc phân công trách nhiệm giữa các cơ quan pháp luật chưa rõ ràng, chưa phân biệt sự khác nhau giữa khiếu nại của công dân với cơ quan hành chính nhà nước và khiếu nại về tư pháp, dân sự. Điều này làm cho việc phân định giải quyết mất rất nhiều thời gian, gây nên sự đùn đấy né tránh trách nhiệm, thành ra sự việc đế kéo dài, không được giải quyết dứt điếm. Thêm vào đó là thái độ làm việc cửa quyền, gây sách nhiễu phiền hà cho dân càng làm dân thêm bất bình phải khiếu kiện vượt cấp, khiếu kiện đông người đế tạo thêm áp lực.
Trong suốt một thời gian dài công tác xây dựng Đảng, công tác quản lý, giáo dục, rèn luyện và đào tạo cán bộ đảng viên bị buông lỏng xa rời các nguyên tắc Đảng, làm cho trình độ, năng lực, phấm chất của cán bộ đảng viên không đáp ứng được nhu cầu thực tế. Cán bộ đảng viên khi có khuyết điếm không được nghiêm khắc kiếm điếm phê bình trong chi bộ đảng bộ. Tình trạng ô dù bao che cho nhau để dây dưa các khiếu nại tố cáo của dân đã làm cho niềm tin của dân với Đảng với chính quyền khô nhạt
dần. Chính do buông lỏng nguyên tắc sinh hoạt Đảng nên những sai sót của Đảng viên không được đấu tranh giải quyết kịp thời đế cho vi phạm nhỏ phát triển thành vi phạm lớn, làm nảy sinh mâu thuẫn trong Đảng, dẫn đến mất đoàn kết, vi phạm kỷ luật Đảng, vi phạm pháp luật. Các mâu thuẫn không được giải quyết trong nội bộ Đảng đã được đấy ra ngoài quần chúng.
Các tố chức đoàn thế quần chúng hoạt động mang tính hình thức, thụ động không dám đấu tranh, không tìm ra phuong thức phù họp đế tập hợp quần chúng.
Do nóng vội chủ quan, do chạy theo thành tích chính quyền các xã đã huy động đóng góp của nhân dân quá cao đế triến khai xây dựng cơ sở hạ tầng. Nhiều xã vay thóc của dân, vay tiền của ngân hàng và một sổ quỹ khác rất tràn lan, sử dụng không hợp lý đã mất khả năng thanh toán với số lượng lớn (Thái Bình 10/1999 mất khả năng thanh toán 245 tỷ đồng). Nhiều xã lạm dụng việc phạt hành chính, thu phạt một cách tùy tiện, trái quy định quá sức chịu đựng của dân, gây bất bình trong nhân dân. Mặt khác do cách làm thiếu dân chủ, không công khai tài chính, đế mất mát thất thoát nhiều gây nghi ngờ thắc mắc trong dân.
Hoạt động của hệ thống chính trị còn có một sai lầm rất quan trọng làm cho các điểm phức tạp trở nên ĐN đó là việc tuyên truyền cung cấp những thông tin chính thống cho cán bộ, đảng viên và nhân dân không đủ, không kịp thời. Nhất là các thông tin có tính định hướng không đủ nên cán bộ, đảng viên, quần chúng nhân dân dễ bị mất phương hướng hành động, dễ bị kẻ xấu lôi kéo kích động.