Căn cứ vào trình tự amino acid bảo toàn, cách gấp cuộn protein, chitinase được chia làm 2 họ là họ chitinase 18 và 19 [13]. Họ chitinase 18 có một phổ phân bố rộng ở tất các các giới loài bao gồm cả vi khuẩn, thực vật và động vật. Trong khi đó, họ chitinase 19 lại tìm thấy chủ yếu ở thực vật. Tuy nhiên, cũng có một vài những báo cáo về họ chitinase 19 từ những nguồn được phân loại như từ vi khuẩn [19], [30] [19], [31], ve bét [38][40], một số virus [26][27] và giun tròn [37][39].
Có nhiều cách phân loại chitinase dựa trên nhiều tiêu chí khác nhau. Các lớp chitinase thực vật khác nhau được phân biệt bởi các tiêu chuẩn sinh
hóa, sinh phân tử và các tiêu chuẩn hóa lý. Do đó, các chitinase có thể khác nhau về cơ chất, vị trí trong tế bào và các hoạt động cụ thể. Các nhà nghiên cứu đã đưa ra 3 lớp chitinase thực vật.
Chitinase lớp I là enzyme có tính bảo thủ cao với 1 miền đầu N giàu cysteine được tạo bởi khoảng 40 amino acid. Chitinase lớp II thiếu miền đầu N giàu cysteine nhưng có trình tự amino acid có tính tương đồng cao với chitinase lớp I. Chitinase lớp III không có trình tự tương đồng nào với chitinase lớp I hay II. Chitinase lớp III có một sự tương đồng nhỏ với chitinase vi khuẩn và vùng hoạt động được cho là chứa 4 amino acid aspartic
hoặc glutamic suy ra từ tính kị nước của vùng này. Có ý kiến cho rằng tồn tại
một lớp chitinase khác là chitinase lớp IV bao gồm chitinase củ cải đường, cây cải dầu và đậu. Chúng cũng chứa vùng giàu cystein để duy trì cấu trúc cơ bản giống như chitinase lớp I nhưng mức độ giảm đi 4 lần. Chitinase IV chỉ chứa 241-255 amino acid ở protein trưởng thành trong khi chitinase I là 300 amino acid. So sánh trình tự amino acid đặc trưng giữa lớp IV và lớp I giống nhau 41-47%, trong lớp IV thông thường là 59-63% và trên 69% đối với lớp I. Hơn nữa, chitinase lớp IV và lớp I có thể phân biệt bằng huyết thanh học. Miền đầu N giàu cystein được cho là vùng kết hợp với chitin và được tìm thấy ở rất nhiều loại protein. Những protein chứa vùng giàu cystein có khả năng liên quan tới 1 gen dung hợp vùng chitin-binding và vùng không liên quan
[14], [39]. [41], [14].
Gen mã hóa chitinase lớp I (TcChi1) được phân lập từ cây ca cao gồm
3 exon (có kích thước lần lượt là 417 bp, 153 bp, và 393 bp) và 2 intron (có kích thước 88 bp và 104 bp). Vùng mã hóa của gen có kích thước 963 bp, mã
hóa phân tử protein TcChi1 gồm 320 amino acid. Chúng tích tụ trong không
bào với một nồng độ cao để phản ứng lại với các thương tổn và các tác nhân
gây bệnh.