Đoạn DNA được điện di trên gel agarose 0.8%, sau đó phần gel có băng DNA mong muốn được thu lại và DNA được tinh sạch bằng Kit GenJETTM Gel Extration. Quy trình tinh sạch DNA gồm các bước sau:
Làm tan gel
Bước 1 Sau khi điện di xong, cắt phần gel chứa băng DNA tương ứng được chuyển vào ống eppendorf, xác định lượng gel đã cắt được.
Bước 2 Bổ sung dung dịch gắn màng với tỉ lệ: 10 µl dung dịch/ 10 mg gel.
Bước 3 Voltex và ủ ở 50 - 650C cho đến khi gel tan hoàn toàn.
Gắn DNA
Bước 4 Đưa cột tinh sạch vào ống đựng cột.
Bước 5 Chuyển hỗn hợp gel đã tan vào cột tinh sạch, ủ ở nhiệt độ phòng
trong 1 phút.
Bước 6 Ly tâm 12.000 v/p trong 1 phút, bỏ phần dịch ở ống đựng cột.
Rửa màng
Bước 7 Bổ sung 700 µl dung dịch rửa màng (đã bổ sung ethanol). Ly tâm
12.000 v/p trong 1 phút, loại bỏ phần dịch ở ống phía dưới cột tinh sạch.
Bước 8 Rửa lại 1 lần bằng cách bổ sung tiếp 500 µl dung dịch rửa, ly tâm
12.000 v/p trong 5 phút. Loại bỏ phần dịch ở ống phía dưới cột tinh sạch.
Bước 9 Ly tâm tiếp cột 12.000 v/p trong 1 phút, để ở nhiệt độ phòng trong
5 phút để bay hơi hết lượng ethanol còn lại.
Thu DNA
Bước 10 Nhẹ nhàng chuyển cột tinh sạch sang 1 ống eppendorf 1,5 ml mới.
Bước 11 Bổ sung 50 µl nước khử ion, ủ ở nhiệt độ phòng trong 1 phút, ly tâm 12.000 v/p trong 1 phút.
Bước 12 Loại bỏ cột tinh sạch và giữ DNA ở 40C hoặc -200C.
Bước 13 Kiểm tra nồng độ DNA bằng cách điện di trên gel agarose 0.8 %
[32].