Trong quan trắc chất lượng nước ngầm, tùy theo những yêu cầu cụ thể được đặt ra trong mục tiêu quan trắc mà có thể xem xét việc lấy mẫu thông qua hệ thống giếng có sẵn hoặc thiết lập giếng quan trắc mới. Thiết lập hệ thống giếng quan trắc mới đòi hỏi một lượng thời gian và kinh phí rất lớn do đó chỉ áp dụng cho những nghiên cứu chuyên sâu nhằm xác định phân bố của các chất hoặc xác định quá trình di chuyển của một nhóm đối tượng môi trường. Lấy
mẫu từ hệ thống giếng sẵn có phổ biến hơn trong quan trắc chất lượng nước ngầm, khi đó mọi thông tin liên quan đến đặc điểm của giếng cần được ghi lại.
Khi lấy mẫu nước giếng, phải lấy mẫu nước ở vòi nước gần giếng nhất để đảm bảo tính chính xác khi lấy mẫu. Trước khi lấy mẫu vào bình chứa loại bỏ phần nước lưu trữ ở trong đường ống bằng máy bơm. Thời gian loại bỏ phần nước lưu cữu trong đường ống phụ thuộc vào khả năng của máy bơm. Nếu nước có chứa các chất lơ lửng dạng hạt như cát, phải được lọc qua giấy lọc trước khi tiến hành các phân tích tích chất lý hoá học.
Hình 6.6. Mô phỏng điểm lấy mẫu nước giếng khoan
Mẫu phải được lấy đầy, lượng mẫu yêu cầu thường cho các phân tích thông thường từ 500 ml đến 1000 ml, tuỳ thuộc vào nghiên cứu có thể lấy nhiều hơn. Sau khi lấy mẫu, mẫu phải được đậy kín và gắn nhãn. Khi phân tích các chỉ tiêu vi sinh vật, tất cả các đụng cụ lấy mẫu phải được rửa sạch và làm khô. Sự phát triển của tảo, nấm, vi sinh vật trong các bình không được rửa sạch có thể dẫn đến các sai số phân tích. Các bình chứa mẫu dạng này phải được khử trùng trước khi chứa mẫu. Trong quá trình thu thập mẫu cứ sau 5 phút lại phải khử trùng một lần. Lượng mẫu cần cho các phân tích dạng này khoảng từ 100 ml đến 1000 ml. Lấy mẫu đầy bình và để lại khoảng trống trong bình khoảng 2 ml, điều này cho phép có thể lẵc đều mẫu sau đó.