Ngoài những ưu điểm trên, trong tổ chức kế toán của công ty vẫn còn một số điểm hạn chế và tồn tại nhất định cần phải khắc phục để hoàn thiện hơn nữa tổ chức kế toán.
• Thứ nhất, về các khoản công nợ phải thu khách hàng :
Công ty chưa có chính sách chiết khấu thanh toán để khuyến khích khách hàng thanh toán tiền hàng trước thời hạn cho Công ty. Điều đó dẫn đến tình trạng nợ lâu, không chịu thanh toán của một bộ phận khách hàng.
• Thứ hai, về sổ và hình thức sổ:
Với các bút toán kết chuyển cuối kỳ, công ty không đánh số cho các phiếu kế toán, gây khó khăn cho việc kiểm tra các bút toán kết chuyển.
Hiện nay mẫu sổ cái và mẫu sổ chi tiết đều giống nhau.
• Thứ ba, về việc tổ chức công tác kế toán quản trị:
Hiện nay hạn chế trong bộ máy của công ty TNHH sản xuất và thương mại Tân Á cũng là hạn chế chung của hầu hết các đơn vị kế toán Việt Nam, đó là chưa có bộ phận kế toán quản trị và phân tích tài chính.
• Thứ tư, về bộ máy kế toán và phần mềm kế toán máy:
Công ty tổ chức bộ máy kế toán theo hình thức phân tán nên bộ máy kế toán cồng kềnh, tốn kém, thiếu sự chỉ đạo tập trung về nghiệp vụ kế toán.
Hiện nay, ở Công ty TNHH sản xuất và thương mại Tân Á đã có hệ thống phần mềm kế toán kiểm soát tất cả các chi nhánh của công ty. Nhưng do hệ thống phần mềm kế toán giữa các chi nhánh của công ty và trụ sở chính của công ty chưa có sự đồng nhất nên còn gặp nhiều bất cập, chưa thể cung cấp thông tin kịp thời cho lãnh đạo cấp cao của công ty khi cần thiết.
•Thứ năm, về kế toán bán hàng và xác định kết quả bán hàng
Hiện nay, công ty đang tính trị giá vốn hàng xuất kho theo phương pháp giá thực tế bình quân gia quyền cuối tháng, đây là phương pháp mà căn cứ vào trị giá hàng tồn kho đầu kỳ và nhập kho trong kỳ để tính giá bình quân một đơn
vị TP, HH. Sau đó, tính trị giá HH, TP xuất kho bằng cách lấy số lượng TP, HH xuất kho nhân với đơn giá bình quân. Như vậy, theo phương pháp này việc phản ánh trị giá hàng tồn kho sẽ không được liên tục mà phải đến cuối tháng kế toán mới phản ánh được, trong khi thực tế là TP, HH của công ty luân chuyển nhanh, giá cả biến động theo thị trường nên như thế tính trị giá xuất kho theo phương pháp này sẽ thiếu chính xác.
Về việc trích lập dự phòng. Số lượng khách hàng của công ty tương đối lớn và việc bán hàng trả chậm là thường xuyên. Mặc dù trong báo cáo tuần do kế toán trưởng lập có đề cập tới kế hoạch thu hồi nợ nhưng rủi ro nợ khó đòi vẫn xảy ra trong khi hiện nay công ty vẫn chưa thực hiện trích lập dự phòng phải thu khó đòi.
Hiện nay công ty không thực hiện hạch toán chiết khấu thương mại đối với thành phẩm xuất bán nên làm cho quá trình bán hàng chậm hơn.