Nguyên tắc “tu thân, tề gia, trị quốc, bình thiên hạ” trong tư tưởng Nho giáo được vua Lê Thánh Tông vận dụng một cách triệt để trong đường lối cai trị của mình, nguyên tắc này đòi hỏi quan lại phải là tấm gương sáng về đạo đức cho dân chúng noi theo. Vua Lê Thánh Tông cũng có thái độ nghiêm khắc đối với một số người tuy có công tích, đỗ đạt nhưng xu nịnh, nói bừa hoặc kiêu căng, thiếu nhân cách.
Hơn ai hết, vua Lê Thánh Tông hiểu rằng quan thanh liêm sẽ đảm bảo cho bộ máy nhà nước luôn trong sạch, vì thế Ông yêu cầu quan lại phải liêm khiết, công bằng. Năm 1460, nhà Vua chê Thái bảo Lê Lăng “người nào mình không bằng lòng thì đẩy xuống đất đen, người nào chiều ý mình thì nâng niu trên gối”, khuyên “nên thận trọng từ đầu đến cuối, phải thanh liêm công bằng” [10, tr.393]. Quốc triều hình luật bao gồm những biện pháp trừng trị quan lại có hành vi lợi dụng chức vụ của mình để mưu lợi ích riêng như Điều
224 quy định: “những vị quan coi việc chở đồ vật công mà chở lẫn đồ vật riêng để buôn bán thì xử tội đồ” hoặc theo Điều 138 thì “quan ty làm trái luật
mà ăn hối lộ” thì bị xử tội biếm hay bãi chức, có thể bị xử tội đồ hay lưu thậm chí là xử tội chém tùy theo mức độ nặng nhẹ [11, tr.74, 96]. Có thể dẫn ra một số trường hợp quan lại dưới triều vua Lê Thánh Tông bị trừng phạt vì tham ô, nhũng nhiễu, lãng phí như: Viên Ngoại lang Hoàng Văn Biền bị hạ ngục, đồng thời phạt tiền 50 quan, Hữu thị lang bộ Công là Trịnh Công Đán bị phạt tiền 30 quan vì cớ hai ông này “bỏ phơi mưa nắng những gỗ, lạt của công” và bãi chức quan của Trấn điện phó tướng quân Lê Hán Đình vì “trước đó Hán Đình làm Chuyển vận, khi tại chức tham ô, sợ dân kiện, tâu xin nghỉ dưỡng bệnh” [10, tr.415-416].
Là người tôn sùng hệ tư tưởng Nho giáo với học thuyết “tam cương – ngũ thường”, trong cách trị vì của mình vua Lê Thánh Tông luôn đặt quan hệ “quân – thần” lên hàng đầu theo nguyên tắc “tôn quân quyền”, ngoài ra Ông cũng yêu cầu đội ngũ quan lại phải tu dưỡng đạo đức theo tư tưởng Nho giáo cả ở các mỗi quan hệ như vợ chồng, anh em, bạn hữu. Lịch sử triều Lê Thánh Tông có Thượng thư bộ Binh Nguyên Đình Mỹ bị cách chức xuống làm Binh bộ Tả thị lang năm 1464 do không giữ tròn nghĩa vợ chồng, đến năm 1470 lại bị giáng từ quan tam phẩm xuống tòng tứ phẩm vì chỉ lo “củng cố quyền vị”, “bán chác lời nói” [10, tr.401, 440].
Bản thân Lê Thánh Tông là một tấm gương sáng về đạo đức trong lịch sử phong kiến Việt Nam. Ông sống tình nghĩa, siêng năng lo toan công việc triều đình, đọc sách, sáng tác thơ văn… mà không sa vào hưởng lạc như nhiều vị vua trẻ khác. Chính Lê Thánh Tông đã hủy án, minh oan cho Nguyễn Trãi sau vụ án “Lệ chi viên”, cho sưu tập lại thơ văn và lập bia ca ngợi đạo đức của Nguyễn Trãi: “Ức Trai tâm thượng quang khuê tảo” (Tấm lòng Ức Trai sáng tựa sao Khuê). Đây không chỉ phản ánh đạo đức trong sáng của Lê Thánh Tông mà còn là công lao to lớn đối với nền văn hóa dân tộc.