Cơ chế nguồn vốn chưa có tính ỏn định lâu dài, cơ cấu nguồn vốn chưa hợp lý. Nguồn vốn tín dụng chính sách chủ yếu tập trung để cho vay trung và dài hạn. Tuy nhiên nguồn vốn tín dụng hiện nay chủ yếu là vốn ngắn hạn.
Nguồn vốn cho vay còn hạn chế, chưa đáp ứng nhu cầu vay vốn của HSSV và các chương trình chính sách khác vì nguồn vốn NHCSXH chủ yếu là vốn từ ngân sách, một số các nguồn không phải trả lãi hoặc lãi suất thấp từ NHNN, Kho Bạc Nhà nước và vốn huy động trên thị trường. Ngoài vốn tự huy động, các nguồn vốn còn lại được quản lý tập trung tại NHCSXH Trung ương, hàng năm chuyển về cho NHCSXH dựa trên kế hoạch tăng trưởng dư nợ do phòng giao dịch xây dựng và khả năng cung ứng vốn của Trung ương tại từng thời điểm. Vì vậy việc cho vay của NHCSXH rất bị động do hầu như phụ thuộc hoàn toàn vào việc cung ứng vốn của trung ương, khó đáp ứng đầy đủ nhu cầu thực tế tại địa phương.
Vốn huy động trên thị trường cũng hạn chế vì cơ chế cấp bù lãi suất của trên không cho phép NHCSXH tỉnh đủ sức cạnh tranh về lãi suất huy động trên thị trường cho nên lãi suất huy động của NHCSXH thấp hơn so với các TCTD trên địa bàn.
Mặt khác, do yêu cầu thực hiện chính sách xã hội NHCSXH phải sử dụng vốn ngắn hạn vào việc cho vay trung, dài hạn đã tạo ra nhiều khó khăn cho khâu quản lý và điều hành vốn tín dụng, ảnh hưởng đến việc hoàn trả vốn. Điều này không chỉ ảnh hưởng đối với từng chi nhánh ở các tỉnh mà còn ảnh hưởng đối với vốn nhà nước một khi có các biến động bất lợi trong sản xuất kinh doanh. Nếu không cải thiện được cơ chế tạo lập nguồn vốn theo hướng ổn định nguồn vốn trung và dài hạn thì rất khó có thể phát triển, mở rộng đầu tư và sẽ ảnh hưởng nhiều đến hiệu quả và nâng cao hiệu quả tín dụng của NHCSXH Chi nhánh tỉnh Bến Tre.