Sau khi phân tích, so sánh mô hình các cơ quan công tố của các nước đã chỉ ra, hiện nay trên thế giới đang tồn tại (điển hình) bốn loại mô hình Viện Công tố/ Viện kiểm sát, có mô hình trực thuộc Quốc hội (Trung Quốc, Liên bang Nga), có mô hình trực thuộc cơ quan hành pháp (Nhật Bản, Hàn Quốc), có mô hình trung gian giữa hệ thống tư pháp và hành pháp (Cộng hoà Liên bang Đức, Italia…) và có mô hình thuộc hệ thống tư pháp (Tây Ban Nha…). Thực tế cho thấy không có hệ thống công tố nào hoàn thiện cả. Mỗi hệ thống đều có ưu điểm riêng và hạn chế riêng. Ngay cả ở các nước Châu Âu, nơi được xem là cội nguồn của cơ quan công tố, cũng có rất nhiều thiết chế cơ quan công tố khác nhau. Do đó, sẽ là sai lầm nếu sao chép nguyên bản một mô hình công tố nào đó. Cơ sở chính trị, xã hội, truyền thống pháp luật có vai trò quan trọng khi xây dựng hệ thống cơ quan công tố mỗi nước. Do vậy cần cân nhắc kỹ càng khi xác định vị trí của cơ quan Viện kiểm sát trong bộ máy nhà nước. Viện Công tố là một thiết chế đặc thù trong tổ chức bộ máy nhà nước, luôn luôn hướng đến sự độc lập cao độ. Tính độc lập của cơ quan công tố luôn luôn là ý tưởng hàng đầu của các nhà tư tưởng dân chủ. Yêu cầu đặt ra đối với các Công tố viên là phải hành động một cách vô tư, khách quan, không thiên vị, căn cứ vào các tiêu chí pháp luật. Công ước của Liên Hợp quốc về vai trò của Công tố viên được thông qua năm 1990 cũng như các Hội nghị quốc tế về Luật hình sự luôn nhấn mạnh hai yêu cầu đối với Công tố viên là khách quan và không thiên vị khi thực thi công vụ là người bảo vệ
pháp luật và trực tiếp tiến hành tố tụng. Theo dõi quá trình cải cách tư pháp của các nước trên thế giới cho thấy, hầu như các nước đều nỗ lực để nâng cao và khẳng định tính độc lập của cơ quan công tố trong bộ máy nhà nước.
Trong quá trình sửa đổi, bổ sung Hiến pháp năm 1992 vừa qua thì đã có rất nhiều tranh cãi, bàn luận về vị trí, vai trò của Viện kiểm sát nhân dân trong hệ thống bộ máy nhà nước.
- Loại ý kiến thứ nhất cho rằng, công tố thuộc chức năng của hành pháp
và nên đặt Viện kiểm sát trực thuộc hành pháp, làm chức năng thực hành quyền công tố và chỉ đạo hoạt động điều tra.
- Loại ý kiến thứ hai cho rằng, để hoạt động khách quan, hiệu quả và
bảo vệ công lý, Viện Công tố phải được tổ chức và hoạt động độc lập, không thể lệ thuộc vào các cơ quan hành pháp.
Ý kiến chuyển Viện kiểm sát thành Viện Công tố thuộc nhóm hành pháp với chức năng duy nhất là truy tố tội phạm và buộc tội trước Tòa. Ý kiến này là không phù hợp với điều kiện kinh tế - xã hội của nước ta hiện nay, cụ thể:
Thứ nhất, vấn đề kiểm sát quyền lực nhà nước là một yêu cầu tất yếu
khách quan đối với bất kỳ quốc gia nào. Trong suốt gần 60 năm qua, dù phạm vi chức năng kiểm sát việc tuân theo pháp luật có sự thay đổi nhưng Viện kiểm sát nhân dân luôn có vị trí, vai trò như một công cụ của Quốc hội trong việc đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật, tính hợp hiến, hợp pháp của hoạt động tố tụng tư pháp. Nếu bỏ chức năng này thì Quốc hội sẽ mất đi một công cụ giám sát, bảo đảm pháp chế thống nhất hoặc Quốc hội sẽ phải thành lập thêm một cơ quan khác được giao nhiệm vụ thực hiện chức năng kiểm sát các hoạt động tư pháp. Cách làm này không phù hợp với chủ trương cải cách bộ máy Nhà nước, cải cách hành chính ở nước ta hiện nay, thiếu khả thi.
Thứ hai, việc chuyển Viện kiểm sát thành Viện công tố thuộc nhánh
hành pháp chỉ có chức năng truy tố tội phạm và buộc tội trước Tòa án sẽ dẫn tới nguy cơ làm giảm sút tính độc lập của cơ quan này trong thực thi chức năng, nhiệm vụ; sẽ gây khó khăn cho việc tổ chức thực hiện chủ trương chống tham nhũng của Đảng và Nhà nước ta; đồng thời, chưa phù hợp với xu hướng cải cách cơ quan kiểm sát của nhiều nước trên thế giới
Thứ ba, hiện nay, Cơ quan điều tra không được tổ chức thành hệ thống
độc lập mà nằm trong cơ cấu tổ chức của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng. Trong hoạt động điều tra, cơ quan điều tra không chỉ chịu sự điều chỉnh của các quy định pháp luật mà còn chịu sự chỉ huy theo mệnh lệnh hành chính của các chủ thể quản lý hành chính. Do đó, việc tổ chức Viện công tố và Cơ quan điều tra cùng đặt trong hệ thống hành pháp không những có nguy cơ sẽ làm giảm tính “chế ước” của công tố với điều tra, làm hạn chế việc phát hiện và xử lý vi phạm trong hoạt động điều tra, mà còn có nguy cơ không đảm bảo sự phân định rành mạch giữa quan hệ hành chính và quan hệ tố tụng tư pháp.
Hiện nay, Hiến pháp năm 2013 quy định Tòa án nhân dân là cơ quan xét xử của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, thực hiện quyền tư pháp [39, Điều 102]. Như vậy, Hiến pháp mới đã khẳng định chỉ có Tòa án là cơ quan tư pháp và thực hiện quyền tư pháp nhưng vẫn quy định Tòa án nhân dân và Viện kiểm sát nhân dân vào cùng một Chương VIII theo tôi như vậy là không hợp lý, không thể hiện được tính độc lập của Viện kiểm sát nhân dân, chưa làm rõ được vị trí của Viện kiểm sát nhân dân trong bộ máy nhà nước.
Căn cứ vào đặc điểm của hệ thống chính trị, nguyên tắc tổ chức và hoạt động của bộ máy nhà nước ta cũng như thực trạng hoạt động bảo vệ công lý cho người dân của các cơ quan tư pháp nước ta và qua tổng kết quá trình xây dựng, phát triển của ngành kiểm sát và tham khảo kinh nghiệm của các nước trên thế giới, cho thấy, cần tiếp tục khẳng định hệ thống tổ chức Viện kiểm sát là một hệ thống cơ quan độc lập trong bộ máy nhà nước, thống nhất từ Trung ương đến địa phương, do Quốc hội lập ra. Vị trí đó đảm bảo cho Viện kiểm sát thực hiện có hiệu quả chức năng thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp.
Mặt khác các quy định về Viện kiểm sát nhân dân trong Hiến pháp nên được quy định thành một chương riêng, tách rời với Tòa án nhân dân. Có như
vậy mới đảm bảo vị trí hiến định độc lập của Viện kiểm sát nhân dân, làm cơ sở nhằm đảm bảo cho Viện kiểm sát thực hiện tốt nhất vai trò, chức năng nhiệm vụ của mình.