Phương pháp này được áp dụng trong các doanh nghiệp mà trong cùng một quá trình sản xuất, bên cạnh các sản phẩm chính thu được còn có thể thu được các sản phẩm phụ như các doanh nghiệp mía đường, bia; hoặc cùng quy trình sản xuất kết quả thu được sản phẩm đủ chất lượng quy định còn có sản phẩm hỏng không sửa chữa được nên các khoản thiệt hại này không được tính vào giá thành sản phẩm; hoặc đối với các phân xưởng có cung cấp sản phẩm hoặc lao vụ lẫn nhau cần loại trừ ra ngoài giá thành sản phẩm, lao vụ phục vụ cho sản xuất chính hoặc bán ra ngoài.
Đối với phương pháp này đối tượng tập hợp chi phí là toàn bộ quy trình sản xuất, còn đối tượng tính giá thành là sản phẩm chính, sản phẩm hoàn thành và sản phẩm lao vụ phục vụ cho các bộ phận không phải là sản xuất phụ.
Muốn tính giá thành sản phẩm theo phương pháp loại trừ sản phẩm phụ ta lấy tổng chi phí sản đã được tập hợp loại trừ chi phí của sản phẩm phụ, chi phí thiệt hại, sản phẩm hỏng không được tính vào giá thành sản phẩm, chi phí
phụ vụ lẫn nhau trong nội bộ phân xưởng sản xuất phụ. Từ đó ta tính được tổng giá thành sản phẩm và giá thành đơn vị sản phẩm.
Công thức tính: Z = Dđk + C – Dck – CKGT Trong đó:
Z : Tổng giá thành thực tế sản phẩm hoàn thành Dđk, Dck : Giá trị SPDD đầu kỳ và SPDD cuối kỳ C : Chi phí phát sinh trong kỳ
CKGT : Các khoản giảm trừ làm giảm giá thành sản phẩm