Xuất phát từ những phân tích cơ bản phản ánh thực trạng áp dụng các quy định pháp luật hình sự Việt Nam về các tội xâm phạm chế độ hôn nhân và gia đình cho thấy những tồn tại, hạn chế như sau:
Thứ nhất, trong thực tiễn có rất nhiều trường hợp mà hành vi vi phạm có đầy đủ các dấu hiệu của cấu thành tội phạm, duy chỉ vì người thực hiện hành vi đó chưa bị xử lý về hành chính về hành vi đó lần nào, mặc dù được diễn ra trong một thời gian dài mà không bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện và xử phạt theo quy định.
Thứ hai, cùng một loại chủ thể phạm tội, cùng hình thức thực hiện hành vi phạm tội và cùng xâm hại đến một loại đối tượng là mối quan hệ hôn nhân và gia đình mà lại bị xử lý theo quy định tại các Chương khác trong Bộ luật hình sự ví như hành vi ngược đãi giữa anh chị em đối với nhau. Những hành vi như thế này sẽ bị truy cứu trách nhiệm hình sự về Tội hành hạ người khác được quy định tại Điều 110 Bộ luật hình sự năm 1999.
Thứ ba, một trong những dấu hiệu bắt buộc thuộc mặt khách quan của các tội xâm phạm chế độ hôn nhan và gia đình là “đã bị xử phạt hành chính về hành vi này mà còn vi phạm”. Do vậy, việc xử lý hành chính đối với những hành vi vi phạm chế độ hôn nhân và gia đình có ý nghĩa lớn, tạo tiền đề cho việc xử lý hình sự. Trong thời gian qua, Nghị định 87/2001/NĐ-CP ngày 21/11/2001 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hôn nhân và gia đình nhưng hiệu quả của công tác này còn yếu, chưa phát huy được vai trò trong tình hình mới.
Thứ tư, trong quá trình giải quyết các vụ việc hôn nhân – gia đình, Tòa án là nơi năm bắt được nhiều tình huống pháp lý cần phải xử phạt hành chính, tạo sức răn đe, ngăn ngừa tội phạm xảy ra. Theo quy định của Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính và Nghị định 87/2001/ NĐ-CP, thẩm quyền xử lý trong lĩnh vực hôn nhân và gia đình thuộc về Chủ tịch Ủy ban nhân dân các cấp. Do đó, Tòa án cần kiến nghị và cung cấp chứng cứ đã thu thập được cho Chủ tịch Ủy ban nhân dân các cấp xem xét và ra quyết định xử phạt hành chính. Tuy nhiên, hầu như các Tòa thường bỏ qua vì tâm lý ngại “ôm rơm nặng bụng”.
Thứ năm, thực trạng xét xử các tội xâm phạm chế độ hôn nhân và gia đình những năm qua không phù hợp với diễn biến của loại tội phạm này trên thực tế. Những con số thống kê chỉ thể hiện được một phần của tình hình tội phạm, còn phần lớn do nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan nên cơ quan nhà nước chưa phát hiện, chưa xử lý hình sự những hành vi vi phạm. Đó là tội phạm ẩn của nhóm tội phạm này.