KBNN Hà Nội cũng như các KBNN khác trong toàn hệ thống KBNN hoạt động theo Quyết định số 108/2009/QĐ-TTg ngày 26/8/2009 của Thủ tướng Chính phủ (trước đó là Quyết định số 235/2003/QĐ-TTg ngày 13/11/2003 của Thủ tướng Chính phủ) quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của KBNN trực thuộc Bộ Tài chính. Tuy nhiên, với ưu thế là Kho bạc thực hiện nhiệm vụ kinh tế, chính trị của thủ đô kiểm soát nguồn thu, nhiệm vụ chi rất lớn cùng với các đối tượng phục vụ của Kho bạc rất đa dạng và phong phú nên KBNN Hà Nội có nhiều kinh nghiệm hoạt động đáng được các KBNN khác học tập.
Về cơ cấu tổ chức và công chức kiểm soát chi đầu tư XDCB
Sau khi thủ đô Hà Nội mở rộng địa giới hành chính, KBNN Hà Nội đã nhanh chóng kiện toàn, đến nay gồm 12 phòng chuyên môn nghiệp vụ và 29 KBNN quận, huyện.
Để thực hiện nhiệm vụ kiểm soát chi đầu tư XDCB, KBNN Hà Nội hiện có 4 phòng nghiệp vụ là phòng kiểm soát chi NSNN trung ương 1, phòng kiểm soát chi NSNN trung ương 2, phòng kiểm soát chi NSNN trung ương 3, phòng kiểm soát chi NSNN địa phương.
Tại các KBNN quận, huyện thuộc KBNN Hà Nội công tác kiểm soát chi đàu tư XDCB được thực hiện tại tổ TH-HC hoặc phòng Tổng hợp.
Số công chức trực tiếp đảm nhận kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB của KBNN Hà Nội, đến hết năm 2014, là 236 công chức (100% công chức có trình độ đại học và trên đại học), trong đó văn phòng KBNN Hà Nội có 61 công chức; KBNN quận, huyện có 175 công chức.
Về kiểm soát chi đầu tư XDCB
KBNN Hà Nội thực hiện quy trình kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB theo quy trình giao dịch một cửa và các văn bản hướng dẫn của KBNN, Bộ Tài chính về kiểm soát thanh toán vốn đầu tư và sự nghiệp có tính chất đầu tư.
Việc kiểm soát chi đầu tư XDCB ở KBNN Hà Nội trong những năm gần đây khá nặng nề do số vốn và dự án đầu tư tăng nhanh qua các năm (năm 2012: 16.447.520 triệu đồng; năm 2013: 21.902.881 triệu đồng, năm 2014: 22.906.762
triệu đồng), tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư năm sau cao hơn năm trước. Qua kiểm soát thanh toán hàng ngàn hồ sơ, KBNN Hà Nội đã tiết kiệm chi cho NSNN hàng tỷ đồng (năm 2012: 1.576 triệu đồng; năm 2013: 1.352 triệu đồng; năm 2014: 1.346 triệu đồng ).
Có được những thành tích đó là do KBNN Hà Nội đã rất chú trọng đào tạo công chức làm nhiệm vụ kiểm soát chi đầu tư XDCB từ NSNN, coi đây là khâu trọng tâm trong đảm bảo chất lượng kiểm soát. Ngoài ra, KBNN Hà Nội cũng chú trọng bố trí công chức có trình độ chuyên môn tốt đảm nhiệm công việc kiểm soát. Bộ phận kiểm soát luôn được coi trọng trong cơ cấu tổ chức của KBNN Hà Nội.
Về áp dụng công nghệ thông tin trong kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB
KBNN Hà Nội là một trong số ít Kho bạc trong cả nước áp dụng chương trình quản lý, kiểm soát chi đầu tư trên mạng diện rộng từ rất sớm (năm 2000). Chương trình này cho phép theo dõi chi tiết từng dự án đầu tư về tổng mức đầu tư, kế hoạch vốn đầu tư hàng năm, từng lần tạm ứng, thanh toán vốn đầu tư của dự án. Đặc biệt, năm 2011 KBNN Hà Nội đã xây dựng và đưa vào hoạt động chương trình quản lý vốn đầu tư XDCB liên ngành Kế hoạch và đầu tư - Tài chính - KBNN. Chương trình này cho phép theo dõi chi tiết kế hoạch, tình hình thực hiện và thanh toán đến từng dự án, từng hợp đồng, đồng thời thực hiện kết nối thông tin và truyền dữ liệu về tình hình triển khai các dự án đầu tư XDCB từ ngân sách thành phố giữa các cơ quan Sở Kế hoạch và đầu tư - Sở Tài chính - KBNN Hà Nội, đáp ứng yêu cầu cung cấp số liệu kịp thời, đầy đủ, thống nhất giữa các cơ quan tham mưu, phục vụ cho công tác chỉ đạo điều hành thực hiện kế hoạch đầu tư XDCB hàng năm của UBND thành phố Hà Nội đạt kết quả cao.