Phương pháp này được thực hiện từ một cặp lai trong một mô hình ưu thế lai, dựa trên thành tích đã được chứng minh trong thương mại để lựa chọn các dòng bố mẹ. Một quần thể F2 được hình thành, sau đó tự phối một vài thế hệ bằng cách sử dụng bắp trên hàng với mỗi gia đình để tìm lại các cây F2. Trong quá trình giao phối cận huyết, những kiểu gen khiếm khuyết được loại bỏ. Lai thử sớm thực hiện ở thế hệ S2 bằng các lai đỉnh giữa các dòng S2 với một dòng tự phối từ mỗi nhóm ưu thế lai chính. Các tổ hợp lai từ thí nghiệm lai đỉnh trên được đánh giá đặc tính sinh trưởng và phát triển trong điều kiện giới hạn, những dòng S2 được chọn sẽ được sử dụng tiếp theo trong chương trình chọn giống. Các gia đình S2 được lựa chọn tiếp tục được tự phối đến S5,
34
sau đó lại tiến hành các thí nghiệm lai đỉnh một lần nữa, các tổ hợp lai lại được đánh giá tương tự như lần đầu. Các quần thể F2 được sử dụng rộng rãi để phát triển dòng thuần (37%); các quần thể có nền di truyền rộng (15%), quần thể có nền di truyền hẹp (16%); các quần thể cải thiện các đặc tính đặc biệt và quần thể từ các dòng ưu tú có quan hệ họ hàng (14%)[27].
Các nhà khoa học trên thế giới như Duvick [35], Mikel và Dudley [62], Lee và Tollenaar [77] cho rằng: Hầu hết các hoạt động phát triển dòng tự phối sử dụng phương pháp chọn tạo phả hệ.
Chọn tạo phả hệ phụ thuộc vào kỹ năng của các nhà chọn giống, mục tiêu chọn tạo và nguồn lực. Mỗi nhà chọn giống lại có những lựa chọn riêng cho những đặc điểm ở từng giai đoạn của quá trình giao phối cận huyết. Cường độ chọn lọc sẽ khác nhau tùy thuộc vào mức độ chọn lọc, điều kiện và dạng vật liệu lựa chọn.
Bauman [28], Duvick [36], Hallauer [42] cho rằng, chọn lọc phả hệ là một thành phần quan trọng trong chương trình chọn tạo giống hiện đại, nó sẽ là điểm nhấn trong quần thể với sự hạn chế của cơ sở di truyền các giống lai và các dòng tốt là cơ sở để cải tiến các dòng thông qua chọn lọc phả hệ. Gần đây, chọn lọc phả hệ trong các quần thể phân ly của các cặp lai từ những dòng ưu tú đã trở thành phương pháp tạo dòng ngày càng phổ biến [13]. Hiện nay, các nhà chọn giống ngô Việt Nam vẫn chủ yếu sử dụng phương pháp này để tạo dòng thuần.