Sự phát cơ quan có thể được thực hiện từ chồi hiện diện sẵn hay từ sự tạo mới. Các chồi tận cùng và các chồi nách hiện diện sẵn, ở trạng thái hoạt động hay nghĩ, có thể phát triển in vitro (không phải sự tạo mới cơ quan). Một mô cấy chứa một chồi duy nhất có thể phát triển thành một chồi duy nhất hay cụm chồi, tùy thuộc vào loài, trạng thái sinh lý của mô cấy và môi trường nuôi cấy (Bùi Trang Việt 2000, George et al. 2008).
Sự nuôi cấy mô phân sinh ngọn là một phương pháp hiệu quả trong vi nhân giống, sản xuất cây sạch bệnh bảo tồn và lưu trữ nguồn gen. Sự phát sinh cơ quan chịu ảnh hưởng bởi tuổi, trạng thái sinh lý của mô cấy của chính những cơ quan bên dẫn xuất từ mô phân sinh ngọn và sự thay đổi của các điều kiện môi trường, đặc biệt là vai trò của của các chất điều hòa tăng trưởng thực vật. (Bùi Trang Việt 2000).
Kích thích sự phát triển của chồi hiện diện sẵn là phương pháp vi nhân giống chậm nhất, nhưng là cách thông dụng, dễ áp dụng nhất trong hầu hết các loài thực vật, đặc biệt là cây gỗ (vì sự sinh phôi thể hệ và tăng sinh chồi/rễ bất định khó thực hiện hơn ở loài cây này). Trước sự phân hóa để tạo tầng phát sinh của chồi được tạo mới, tiền mô phân sinh hay tế bào phân hóa đều phải trải qua sự tái hoạt động. Sự tái hoạt động này có thể được cảm ứng trên cây nguyên bằng sự đàn áp các hiệu ứng cản tương quan (thí dụ: cắt bỏ vùng ngọn để gỡ ưu thế ngọn) hay trên mô cấy nhờ các môi trường thích hợp. Sự tái hoạt động gồm hai giai đoạn: khử phân hóa và tái phân hóa (Bùi Trang Việt 2000, Taiz and Zeiger 2005).
Trong sự tạo mới chồi từ các tế bào lá đã phân hóa, người ta cho rằng có sự hiện diện của các nhóm tế bào đặc biệt, gọi là mô đích. Các tế bào này là nơi nhận các thông tin hóa học, đặc biệt là chất điều hòa tăng trưởng thực vật: nếu auxin có tác dụng tạo rễ đối với các mô quanh mạch (nguồn gốc nội sinh của rễ) thì cytokinin có tác dụng tạo chồi đối với các mô ngoại vi (nguồn gốc ngoại sinh của chồi). Tỉ lệ auxin/cytokinin xác định một chương trình phát sinh hình thái (rễ hay chồi) (George
et al. 2008).