Ở phôi hợp tử, sự phân chia không cân xứng đầu tiên cho ra tế bào gốc với không bào lớn, và tế bào ngọn có không bào nhỏ hơn nhưng có nhân to và tế bào chất đậm đặc. Sự phân chia của tế bào gốc được thực hiện theo hướng ngang để hình thành một chuỗi tế bào nhỏ dạng sợi. Hầu hết các tế bào nhỏ này sẽ hình thành dây treo, có nhiệm vụ dẫn truyền chất dinh dưỡng từ mô mẹ. Một tế bào nhỏ gần tế bào ngọn nhất được gọi là hypophysis, sẽ hình thành nên các phần của phôi như trung tâm mô phân sinh rễ và tế bào gốc của rễ (tế bào sinh rễ) (Jenik and Barton 2005, Weijers and Jürgens 2005).
Từ hợp tử, sự phát triển phôi trong hột được kiểm soát theo thời gian và không gian, qua hai giai đoạn chính: sinh phôi và trưởng thành phôi (Bùi Trang Việt 2000).
Sự sinh phôi ở thực vật gồm hai giai đoạn chính: phân đoạn và tạo cơ quan phôi.
Đặc tính của giai đoạn:Phân đoạn là sự định hướng phân chia tế bào chặt chẽ:
- Lần phân chia đầu tiên của hợp tử thường theo hướng ngang, tạo hai tế bào không bằng nhau: tế bào ngọn nhỏ là nguồn gốc của phôi, tế bào gốc lớn hơn là nguồn gốc của dây treo.
- Các lần phân chia tiếp theo thay đổi tùy loài, nhưng luôn luôn xác định: thông thường, phôi ở giai đoạn bốn tế bào là một chuỗi tế bào bốn tầng hay ba tầng (tầng trên gồm hai tế bào); mỗi tầng tế bào sẽ cho một vùng xác định trong phôi. Sự phân đoạn xem như hoàn thành ở giai đoạn phôi hình cầu với biểu bì sơ khởi.
Tạo cơ quan phôi
Giai đoạn này ở dicot bắt đầu ngay sau giai đoạn phôi hình cầu, với sự xuất hiện của các vùng mô phân sinh chồi và rễ; các biến đổi hình thái sau đó sẽ dẫn tới các giai đoạn phôi hình trái tim, hình cá đuối, và sự xuất hiện rễ mầm và các tử diệp. Phôi trưởng thành bao gồm trục hạ diệp-rễ, các mô phân sinh rễ và chồi ở hai cực đối nhau và một hay hai tử diệp.
Tóm lại, sự phát triển phôi xảy ra theo một trình tự đặc sắc. Sự phân hóa cực chồi và cực rễ cho thấy tính hữu cực của thực vât được thiết lập từ rất sớm. sự phân biệt giữa hai cực ngày càng rõ qua các lần phân chia và kéo dài tế bào, trong các giai đoạn sinh phôi liên tiếp nhau. Theo dõi sự sinh phôi giúp ta hiểu rõ hơn về cấu trúc và sự liên tục giữa các cơ quan trong một cơ thể trưởng thành.