Bệnh rỉ: (Phakopsora pachyrhizi) trên lá, thân đều có thể bị nhiễm nhƣng chủ yếu ở lá già. Trên lá bị bệnh xuất hiện những vết bệnh tròn nhỏ có màu sắc khác nhau nhƣ vàng nhạt, xanh nhạt, nâu vàng hoặc nâu xám, lấm tấm nhƣ đầu kim rải rác đều trên mặt lá. Sau đó, vết bệnh phát triển rộng ra khoảng 1 mm, có dạng tròn hoặc dạng có góc cạnh hoặc bất dạng, có màu nâu vàng hoặc nâu đỏ nhƣ màu gỉ sắt hoặc nâu đen (Võ Thanh Hoàng, 1996). Ở nƣớc ta, bệnh phát triển mạnh khi đậu nành ra hoa, từ những lá tầng thấp rồi lan dần lên những lá tầng trên. Thời tiết ẩm ƣớt là điều kiện cho bệnh phát triển và lan rộng. Bệnh hại làm giảm năng suất đậu nành lên đến 40 - 50% (Phạm Văn Biên và ctv., 1996).
Bệnh đốm tím hạt: do nấm Cercospora kikuchii Gardner gây ra. Bệnh xuất hiện cả trên lá, thân, trái và hạt. Nấm tạo nhiều bào tử ở nhiệt độ 23 – 27o
C trong vòng 3 – 5 ngày trên những mô cây có nhiễm nấm. Bệnh tuy không trực tiếp làm giảm năng suất đậu nành nhƣng có thể làm giảm chất lƣợng hạt giống. Triệu chứng đặc trƣng và dễ nhận thấy nhất là hạt đậu nành bị biến màu từ hồng đến tím. Vùng biến màu có thể nhỏ hoặc nhƣ một đốm lớn bao phủ gần hết bề mặt vỏ hạt. Khi hạt giống bị nhiễm bệnh, tỷ lệ nảy mầm giảm làm ảnh hƣởng đến mật độ gieo nên giảm năng suất. Bệnh khó trị do nấm bệnh có thể sống qua đông nên tàn dƣ có thể còn lại trên ruộng.
Bệnh đốm phấn: (Peronospora manshurica) hay còn gọi là bệnh sƣơng mai, bệnh gây hại phổ biến trong điều kiện mƣa ẩm kéo dài và nhiệt độ hơi thấp. Bệnh chủ yếu xuất hiện trên lá. Ngoài ra, còn thấy có vết bệnh trên thân và quả đậu nành. Trên bề mặt lá có những vết màu xanh vàng lợt, về sau có thể có màu nâu xám hoặc nâu đậm do các mô bị hoại tử, xung quanh vết bệnh thƣờng có đƣờng viền màu xanh. Nét đặt trƣng của bệnh là vào những ngày độ ẩm cao, lúc sáng sớm, ở mặt dƣới lá, nơi vết bệnh có phủ một lớp nấm màu xám hoặc phớt tím. Bệnh nặng sẽ làm cho lá biến vàng, rụng sớm, làm hạt lép, năng suất có thể giảm tới 8%.
Ngoài ra, cần chú ý đề phòng một số bệnh khác nhƣ: bệnh đốm vòng (Alternaria Spp.), bệnh thối rễ (Phytophthora megasperma), bệnh ung thƣ thân (Diaporthe phaseolorum), bệnh thán thƣ (Cletotrichum dematium), bệnh hại thân và quả (Diaporthe sojae).