Thứ nhất, FDI gây ra vấn đề ô nhiễm môi trường.
Tác động tiêu cực rõ nhất của một số dự án FDI ở các địa phương khu vực đồng bằng sông Hồng là gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, nhiều doanh nghiệp FDI do vi phạm về bảo vệ môi trường đã bị chính quyền các địa phương buộc phải đóng cửa, ngừng hoạt động để xử lý. Ngoài ra,việc chuyển giao công nghệ lạc hậu cũng là nguyên nhân gây ô nhiễm, cần được quan tâm. Những tổn hại gây ra cho môi trường như chất thải, ô nhiễm nguồn nước, không khí... trong các doanh nghiệp FDI chưa được quan tâm đúng mức và khắc phục có hiệu quả, một phần do doanh nghiệp nhận thức vấn đề mang tính đối phó, một phần do các cơ quan quản lý nhà nước chưa có biện pháp hay chế tài cụ thể để xử lý nghiêm các doanh nghiệp gây ô nhiễm.
Thứ hai, vấn đề đời sống lao động tại doanh nghiệp FDI.
Mặc dù thu nhập của người lao động được cải thiện, song yếu tố giá cả thị trường, tình hình tăng ca, quyền lợi người lao động chưa được giải quyết thỏa đáng nên đã xảy ra tình trạng tranh chấp lao động tập thể, đình công, lãng công ở một số doanh nghiệp.
biến như không có quy chế lao động phù hợp luật pháp, kéo dài thời gian tập sự, trả lương không đúng ngạch bậc theo quy định của pháp luật. Mặt khác, người sử dụng lao động, nhất là các doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài còn thiếu hiểu biết luật pháp Việt Nam.
Ngoài ra, việc tuyên truyền luật pháp của các cơ quan quản lý nhà nước, các cơ quan thông tấn báo chí, phát thanh truyền hình không được tiến hành thường xuyên, đúng đối tượng nên hiệu quả chưa cao.
Thứ ba, vấn đề cạnh tranh với doanh nghiệp trong nước.
Những doanh nghiệp FDI, đặc biệt là những công ty xuyên quốc gia có ưu thế về vốn, công nghệ, trình độ sản xuất, quản lý với thương hiệu đã có uy tín trên thế giới nên sản phẩm của họ sản xuất ra lấn át, dẫn đến doanh nghiệp trong nước mất dần thị trường, dễ lâm vào tình trạng phá sản.
Thứ tư, vấn đề chuyển giá và hạch toán lỗ của các doanh nghiệp FDI. FDI chưa tạo được động lực phát triển nhanh, bền vững cho kinh tế địa phương. Hiệu quả của các doanh nghiệp FDI còn thấp, giá trị gia tăng chưa cao, còn hiện tượng chuyển giá trong hoạt động đầu tư, đã tạo ra môi trường cạnh tranh không lành mạnh
Tại một số địa phương như Bắc Ninh, Vĩnh Phúc..., một số doanh nghiệp FDI theo hình thức liên doanh, phía đối tác nước ngoài dùng nhiều thủ đoạn nâng cao giá thành sản phẩm thông qua quảng cáo, mua nguyên vật liệu từ nước ngoài dẫn đến tình trạng thua lỗ giả. Thậm chí, ở một vài doanh nghiệp FDI, công ty mẹ chưa góp đủ vốn theo đăng ký nhưng doanh nghiệp FDI lại đi vay với lãi suất cao từ công ty mẹ và vẫn được tính trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp.
Thứ năm, một số vấn đề xã hội phát sinh từ đầu tư nước ngoài.
Thu nhập của người lao động trong các doanh nghiệp FDI có sự chênh lệch lớn giữa người quản lý và người lao động trực tiếp. Thu nhập của người
lao động trong các doanh nghiệp FDI cũng cao hơn so với lao động của doanh nghiệp trong nước cùng ngành nghề. Do đó, tạo ra sự cách biệt về thu nhập, đời sống giữa các tầng lớp trong xã hội. Khu vực FDI có xu hướng thu hút nhân lực giỏi từ khu vực doanh nghiệp trong nước và cơ quan quản lý Nhà nước.
Các doanh nghiệp FDI trong ngành công nghiệp chế biến, chế tạo, đặc biệt là dệt may, giầy da sử dụng nhiều lao động mà chủ yếu từ vùng nông thôn. Do vậy, một bộ phận dân cư từ nông thôn của thành phố và một lượng lớn lao động từ các tỉnh lân cận đổ về Hà Nội hoặc các thành phố lớn gây sức ép về chỗ ở, y tế, an ninh trật tự.
Đời sống người lao động làm việc trong các doanh nghiệp FDI chưa thật đảm bảo. FDI đầu tư vào những ngành sử dụng nhiều lao động, mặc dù thu nhập của người lao động được cải thiện, song yếu tố giá cả thị trường, tình hình tăng ca, quyền lợi người lao động chưa được giải quyết thỏa đáng nên đã xảy ra tình trạng tranh chấp lao động tập thể, đình công, lãng công ở một số doanh nghiệp. Vấn đề này đã ảnh hưởng đến đời sống, thu nhập của người lao động và hoạt động sản xuất của doanh nghiệp.