Bên cạnh những thuận lợi thì công tác bảo hộ công dân hiện nay của các quốc gia trên thế giới cũng như của Việt Nam gặp một số khó khăn nhất định. Hiện nay, việc bảo hộ công dân có một số khó khăn như sau:
Thứ nhất, tình hình chắnh trị bất ổn ở một số nước có thể ảnh hưởng đến địa vị pháp lắ
của dân, đặc biệt là sự thay đổi thái độ chắnh trị giữa các quốc gia có thể làm cho công tác bảo hộ công dân trở nên khó khăn và phức tạp. Vắ dụ, do nguyên nhân nào đó mà cơ quan có thẩm quyền của quốc gia sở tại không hợp tác hoặc gây khó khăn cho cơ quan đại diện của nước khác làm ảnh hưởng đến tiến trình cũng như hiệu quả bảo hộ công dân.
Thứ hai, ở những nơi mà quốc gia không có cơ quan đại diện thì hoạt động bảo hộ
công dân sẽ khó khăn và phức tạp, ảnh hưởng đến quyền và lợi ắch của người dân. Bởi vì khi không có cơ quan đại diện thì quốc gia phải ủy quyền cho cơ quan đại diện của quốc gia khác ở nước sở tại để thực hiện bảo hộ công dân của mình, nhưng không phải mọi trường hợp quốc gia sở tại đều đồng ý cho cơ quan đại diện đó bảo hộ công dân của quốc gia khác, dẫn đến quyền và lợi ắch của công dân ở nước mà không có cơ quan đại diện bảo hộ khó được đảm bảo.
Thứ ba, tình trạng một người có hai hay nhiều quốc tịch cũng ảnh hưởng không nhỏ
đến việc bảo hộ quyền và lợi ắch cho họ. Bởi vì cần phải mất một khoảng thời gian để xác định xem quốc gia nào có thẩm quyền bảo hộ công dân nước mình. Bên cạnh đó các quốc gia mà người đó có quốc tịch có thể tranh chấp với nhau về thẩm quyền bảo hộ. Vắ dụ cả hai quốc gia đều muốn bảo hộ cho công dân mình. Hơn nữa việc quốc gia sở tại không hợp tác với quốc gia bảo hộ sẽ ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng bảo hộ công dân.
Thứ tư, quốc gia có thể lợi dụng việc bảo hộ công dân để can thiệp vào công việc nội
bộ của nước khác. Vắ dụ như trường hợp bảo hộ công dân của Mỹ ở Nam Sudan. Tuy vậy, các nguyên tắc về bình đẳng chủ quyền giữa các quốc gia, cấm can thiệp vào công việc nội bộ của các quốc gia khác vẫn còn nguyên giá trị trong hệ thống luật quốc tế hiện
[36] Bộ ngoại giao: Cơ quan Đại diện Việt Nam ở nước ngoài, http://lanhsuvietnam.gov.vn/Lists/BaiViet/B%C3%A0i%20vi%E1%BA%BFt/DispForm.aspx?List=dc7c 7d75-6a32-4215-afeb-47d4bee70eee&ID=35, [truy cập ngày 2/10/2014]
nay. Do đó, việc viện dẫn bảo hộ công dân làm lắ do để can thiệp vào công việc nội bộ của quốc gia khác là hoàn toàn trái pháp luật, vi phạm chủ quyền của quốc gia khác.