Xuất phát từ mục tiêu để có một hệ thống y tế tốt là hệ thống có thể cung cấp các dịch vụ y tế có chất lượng đến tất cả mọi người dân vào thời gian và địa điểm người dân cần với mức giá có thể chi trả được. Do đó, cần phải đảm bảo quản lý chi ngân ngân sách nhà nước đối với các bệnh viện công, nguyên tắc chọn ưu tiên cho xây dựng kế hoạch, nguyên tắc hiệu quả công bằng; quyết toán dự toán là khâu quan trọng, dự toán tốt và đúng sẽ có kế hoạch chi đúng và mang lại hiệu quả cao, song đây là vấn đề rất khó, nhất là khâu dự báo cung trong thị trường sức khỏe. Tuy nhiên, có thể dựa vào một số căn cứ trên cơ sở “tĩnh” của bệnh viện công về các năm thực hiện trước đó để dự báo theo các chỉ tiêu kế hoạch.
Lập dự toán thực chất là lập kế hoạch về chi hàng năm cho các bệnh viện công. Vì vậy, trong qúa trình lập kế hoạch cần phải nắm vững các yêu cầu và nguyên tắc lựa chọn, ưu tiên cho xây dựng kế hoạch y tế hàng năm của các bệnh viện trong tỉnh. Dựa trên cơ sở giường bệnh, trang thiết bị y tế, đội ngũ bác sĩ điều dưỡng nhân viên, biên chế, hài hòa giữa các lĩnh vực khám, chữa bệnh, phòng bệnh và trong từng lĩnh vực, giữa các đơn vị trực thuộc trên địa bàn tuyến huyện, tuyến tỉnh.
Thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập công tác quản lý tài chính y tế củng như quản lý chi ngân sách của bệnh viện, bệnh viện xây dựng Quy chế chi tiêu nội bộ để làm cơ sở pháp lý cho việc kiểm soát chi và thực hiện quyết toán ngân sách với cơ quan Tài chính
Quản lý chi ngân sách nhà nước cho sự nghiệp y tế cho các bệnh viện công, dựa vào căn cứ quyết định số 151/2006/QĐ-TTg ngày 29/6/2006 của Thủ tướng Chính phủ; căn cứ vào thông tư số 59/2003/TT-BTC, ngày 23/6/2003 của Bộ Tài chính, hướng dẫn thực hiện Nghị định số 60/2003/NĐ-CP Quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Ngân sách nhà nước. Trước hết, để xác định cụ thể nguồn chi, phải dựa vào căn cứ tính chất, nhiệm vụ của từng bệnh viện và phân loại hạng bệnh viện. Tây Ninh hiện nay có 13 bệnh viện; tuyến tỉnh có 4 bệnh viện tuyến tỉnh, trung tâm y tế huyện và thị xã có 9 bệnh viện; trong đó có 8 bệnh viện hạng II và 6 bệnh viện hạng III. Dựa trên những căn cứ khoa học nhất định; nguyên tắc, hướng dẫn thu chi, phân loại bệnh viện, định chế số lượng đội ngũ bác sĩ, nhân viên điều dưỡng, cán bộ quản lý vv. chuyên môn khám chữa bệnh ở các bệnh viện công.
Việc thực hiện chính sách tự chủ tài chính bệnh viện trong những năm qua ở Tây Ninh đã cải thiện kết quả hoạt động của các bệnh viện, giảm bớt gánh nặng đối với ngân sách nhà nước. Nguồn cải cách tiền lương được trích từ số thu viện phí tại các bệnh viện công từ năm 2009 đến 6 tháng đầu năm 2013 được 237,5 tỷ chiếm tỷ lệ 37% tổng chi ngân sách chung cho sự nghiệp y tế. Qua khảo sát được tiến hành tại cả các bệnh viện thực hiện tự chủ theo hình thức đảm bảo một phần hoặc toàn phần chi phí hoạt động thường xuyên, đã có sự thay đổi về kết quả hoạt động sau khi được trao quyền tự chủ cho thấy tổng nguồn thu của bệnh viện các tuyến có tăng; vốn đầu tư vào bệnh viện tăng lên; mở rộng các loại hình dịch vụ khám chữa bệnh và tăng công suất sử dụng; thu nhập của cán bộ y tế bệnh viện công đã tăng lên đáng kể; giảm chi phí và sử dụng hiệu quả hơn các nguồn lực con người. Tuy nhiên, vẫn còn có những hạn chế nhất định như chất lượng khám chữa bệnh chưa tăng lên tương ứng, việc dùng chung giường bệnh…