Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tỉnh Cần Thơ (nay là NHNO&PTNT thành phố Cần Thơ) là chi nhánh của NHNO&PTNT Việt Nam được ban hành theo Quyết định số 30/QĐ-NHNN ngày 29/11/1992 do Thống đốc NHNN Việt Nam ký. NHNO&PTNT tỉnh Cần Thơ lúc đầu thành lập gồm có các chi nhánh đặt tại: Châu Thành, Ô Môn, Phụng Hiệp, Vị Thanh và Long Mỹ.
Do sự phát triển kinh tế mạnh mẽ của cả nước nói chung và của tỉnh Cần Thơ nói riêng, để đáp ứng nhu cầu về vốn ngày càng tăng của khách hàng và để phù hợp với việc quản lý theo địa bàn hành chính của tỉnh Cần Thơ. Kể từ ngày 02/05/1997 chi nhánh NHNo&PTNT thành phố Cần Thơ được tách riêng và hoạt động độc lập theo Quyết định số 57/QĐ-NHNN 02 ngày 03/02/1997 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHNo&PTNT Việt Nam. NHNO&PTNT thành phố Cần Thơ lúc này bao gồm: 1 trụ sở, 1 chi nhánh ở Bình Thủy và 1 Phòng giao dịch An Bình. Tháng 9/2004 NHNO&PTNT Quận Ninh Kiều được tách ra hoạt động độc lập với NHNO&PTNT thành phố Cần Thơ.
Đến tháng 09/2007 NHNO&PTNT Quận Ninh kiều được nâng cấp thành chi nhánh cấp I chịu sự điều hành của NHNO&PTNT Việt Nam và đổi tên là NHNO&PTNT chi nhánh Ninh Kiều theo Quyết định 956/QĐ/HĐQT-TCCB ngày 12/09/2007 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHNO&PTNT Việt Nam. NHNO&PTNT chi nhánh Ninh Kiều có trụ sở đặt tại Số 08 –10 Nam Kỳ Khởi Nghĩa, Quận Ninh Kiều, Thành phố Cần Thơ. Hoạt động chủ yếu của ngân hàng trên lĩnh vực tiền tệ từ việc huy động vốn đến việc cho vay, thực hiện các dự án uỷ thác đầu tư trung ương và địa phương, thực hiện các dịch vụ như: mua bán ngoại tệ, chi trả kiều hối, chuyển tiền…Ngoài ra ngân hàng còn thực hiện các mục tiêu kinh tế xã hội của Nhà nước mang ý nghĩa chính trị xã hội.
Từ khi tách ra hoạt động độc lập với xuất phát điểm còn thấp như cơ sở vật chất, mạng lưới tổ chức, nhưng với sự cố gắng vươn lên của tập thể công nhân viên chi nhánh đã huy động được nhiều nguồn vốn từ các tổ chức và cá nhân, mở rộng hoạt động tín dụng đạt hiệu quả cao trong kinh doanh, đa dạng hóa các loại hình dịch vụ, nâng cao chất lượng sản phẩm dịch vụ truyền thống đi đôi với phát triển sản phẩm dịch vụ mới, hiện đại góp phần vào sự phát triển
ổn định của toàn hệ thống cũng như khẳng định vị trí, uy tín của mình trên địa bàn.