Bệnh viện ĐKTƯCT được khởi công xây dựng từ năm 2000, trên diện tích 61.664 m2, tổng dự toán xây dựng trên 217 tỉ đồng. Bệnh viện bắt đầu xây dựng với ý tưởng 500 giường bệnh, sau đó được nâng lên 700 giường, có nhiệm vụ đào tạo cán bộ cho khu vực Tây Nam Bộ, bổ sung một số chuyên khoa để nâng cấp thành trung tâm y tế lớn nhất của Trung ương tại ĐBSCL. Hiện nay bệnh viện đang hoạt động với 31 khoa phòng (gồm 18 khoa lâm sàng, 5 khoa cận lâm sàng, 8 phòng chức năng). Bệnh viện bình quân mỗi ngày khám ngoại trú cho 1.500 bệnh nhân và điều trị nội trú cho 730 bệnh nhân. Ngày 27/05/2005, bệnh viện Đa khoa Cần Thơ chuyển giao về Bộ Y tế quản lý, trở thành bệnh viện Đa khoa Trung ương. Ngày 28/06/2008, bệnh viện ĐKTƯCT đã tổ chức lễ khánh thành cơ sở mới, tọa lạc tại Quốc lộ 91B, quận Ninh Kiều, phục vụ cho bệnh nhân tại thành phố Cần Thơ và các tỉnh ĐBSCL. Bệnh viện được đưa vào sử dụng sẽ góp phần rất lớn vào việc nâng cao chất lượng chăm sóc và điều trị bệnh cho nhân dân vùng ĐBSCL.
Tổng số cán bộ công nhân viên của Bệnh viện hiện nay là 940 người. Trong đó 245 người có trình độ Đại Học, 80 người sau Đại Học từ chuyên khoa I đến Tiến sĩ. Với những nỗ lực cố gắng của tập thể cán bộ công chức, Bệnh viện đã vinh dự đón nhận Huân chương Lao động hạng II, Bằng khen của Thủ tướng Chính Phủ, Bộ Y Tế, và Ủy ban nhân dân thành Phố Cần Thơ.