Huyện đảo Cô Tô cùng với cả nước đang hoà nhập với nền kinh tế thế giới, với nhiều chắnh sách hỗ trợ và dự án đầu tư phát triển, nền kinh tế Cô Tô đang từng ngày khởi sắc. Bên cạnh đó huyện Cô Tô cũng đang đứng trước khó khăn và thách thức như:
- Sự thay đổi và tăng trưởng kinh tế có thể làm mất cân đối cơ cấu ngành nghề, ngoài ra các hoạt động kinh tế - xã hội còn tạo sức ép đến môi trường sinh thái khu vực.
- Ô nhiễm môi trường bao gồm ô nhiễm dầu luôn là mối đe dọa tiềm tàng nhất đối với đa dạng sinh học của vùng biển ven bờ do tắnh chất phức tạp trong việc khai thác, vận chuyển, chế biến, va chạm tàu thuyền, ngoài ra còn ô nhiễm kim loại nặng có thể xảy ra do công nghiệp xây dựng, khai khoáng ven biển, nguồn nước thải không qua xử lý mà đổ thẳng vào môi trường ảnh hưởng nghiêm trọng đến nguồn nước. Khi ngành du lịch phát triển, lượng khách đến đảo tăng nếu ý thức của người dân không cao làm nguy cơ ô nhiễm chất thải rắn.
- Sử dụng phương tiện khai thác mang tắnh huỷ tự phát không chỉ huỷ diệt nguồn giống mà còn làm biến mất nơi sinh cư các loài hải sản. Bên cạnh đó sự khai thác nguồn lợi tập trung trên các rạn san hô và vùng biển sát bờ đảo là những biểu hiện gây mất cân đối về đa dạng sinh học, hiện nay số lượng san hô chết rất nhiều.
- Với vị trắ nằm trên vùng nhạy cảm, là nơi có thể xảy ra tranh chấp chủ quyền lãnh hải với các vùng của quốc gia liền kề và việc tàu thuyền buôn lậu di chuyển qua đòi hỏi sự bảo vệ và quản lý phải chặt chẽ
82
- Trên đảo Cô Tô và Thanh Lam chủ yếu đại bộ phận dân cư là người kinh, ngoài ra còn một số người Hoa cũng đang sinh sống, vì vậy việc tuyên truyền, giáo dục về ý thức cho người dân trong việc bảo vệ chủ quyền biển đảo và phát triển kinh tế biển là hết sức quan trọng.
- Đối với đảo Trần: từ xa xưa rừng trên đảo đã bị khai thác mạnh bởi dân cư ở các vùng lân cận, độ phủ giảm khiến cho đa dạng sinh học trên đảo cũng bị suy giảm. Khi ngành kinh tế ngư nghiệp phát triển, đánh bắt hải sản gia tăng; đảo Trần nằm trong khu vực có ngư trường lớn, tàu thuyền thường xuyên neo đậu đã phá hủy nhiều rạn san hô ở đây. Ngoài ra một số hình thức khai thác quá mức nguy hiểm như mìn, thuốc nổ làm hủy hoại hệ sinh thái. Hiện nay tỉnh Quảng Ninh đang tiến hành xây dựng cơ sở hạ tầng trên đảo Trần và đưa dân ra đảo ( đã có 30 hộ và 120 người dân cùng với tiểu đoàn Bộ Đội và Đồn biên phòng) nên có thách thức sức ép về dân số, môi trường tiềm ẩn các mối đe dọa như ô nhiễm, cạn kiệt nguồn nước ngầm, ô nhiễm môi trường biển do chất thải sinh hoạt và rò rỉ dầu. Vì vậy cần kiểm tra, kiểm soát các vi phạm về tài nguyên của lực lượng bảo vệ nguồn lợi và quản lý môi trường.