Hội đồng quản trị Công ty: Gồm các thành viên chủ chốt của Ban lãnh đạo Công ty và thanh viên của Tập đoàn Than nên đã thực hiện vai trò chỉ đạo, giám sát chặt chẽ các quyết định mang tính trọng yếu đối với chiến lược và hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty. Hội đồng quản trị có toàn quyền nhân danh Công ty để quyết định thực hiện các quyền và nghĩa vụ của Công ty không thuộc thẩm quyền của Đại cổ đông.
Giám đốc: Là người được HĐQT cử ra để thay mặt điều hành Công ty và chịu trách nhiệm trước Nhà nước và pháp luật về mọi hoạt động của Công ty. Quyết định, tổ chức điều hành hoạt động của Công ty: Giá mua, bán sản phẩm, xây dựng kế hoạch chiến lược dài hạn và phương án sản xuất kinh doanh hàng năm. Báo cáo HĐQT Công ty về việc bổ nhiệm, khen thưởng, kỷ luật Phó Giám đốc, Kế toán trưởng và chịu sự giám sát trực tiếp của Hội đồng Quản trị.
Phó Giám đốc Cơ điện – Vận tải: Là người giúp việc cho Giám đốc về mảng Cơ điện – Vận tải. Phối kết hợp với các Phó Giám đốc khác để chỉ đạo và hoàn thành cỏc cụng việc, nhiệm vụ của Công ty. Chịu trách nhiệm trước Giám đốc, Hội đồng Quản trị và Nhà nước, pháp luật về các việc được Giám đốc phân cấp uỷ quyền, trực tiếp chỉ đạo điều hành hoạt động sản xuất của 9 đơn vị bộ phận: Phòng Cơ điện mỏ, các phân xưởng vận tải số 1, 2, 3, 4, 5, 6, Phân xưởng sửa chữa ụtụ, phân xưởng sửa chữa máy mỏ, phân xưởng trạm mạng – bơm thoát nước.
Phó Giám đốc Kinh tế: Là người giúp việc cho Giám đốc về mọi lĩnh vực hoạt động kinh tế, phối kết hợp với các Phó Giám đốc khác để chỉ đạo và hoàn thành công việc, nhiệm vụ của Công ty. Chịu trách nhiệm trước Giám đốc, Hội đồng Quản trị, Nhà nước và pháp luật về các việc được Giám đốc phân cấp uỷ quyền, trực tiếp điều hành hoạt động của 9 đơn vị bộ phận: Phòng Thanh tra – Kiểm toán, Phòng Bảo vệ – quân sự, phòng Kế hoạch, Văn phòng Giám đốc, Phòng Y tế, phòng KTTC, phòng LĐTL, phòng Kiểm toán, phòng Quản lý Vật tư.
Phó Giám đốc Sản xuất: Là người giúp việc cho Giám đốc về mọi lĩnh vực hoạt động sản xuất ra các sản phẩm chính là than, phối kết hợp với các Phó Giám đốc khác để chỉ đạo và hoàn thành công việc, nhiệm vụ của Công ty. Chịu trách nhiệm trước Giám đốc, Hội đồng Quản trị, Nhà nước và pháp luật về các việc được Giám đốc phân cấp uỷ quyền, trực tiếp điều hành hoạt động sản xuất của 7 đơn vị bộ phận: Công trường khai thác than Vỉa 14, Công trường khai thác than Vỉa 11, Công trường Đông Bắc, Công trường chế biến than, công trường XD-KTT, Phân xưởng Cảng, Phòng Điều hành - Sản xuất.
Phó Giám đốc Kỹ thuật: Là người giúp việc cho Giám đốc về mọi lĩnh vực kỹ thuật, phối kết hợp với các Phó Giám đốc khác để chỉ đạo và hoàn thành công việc, nhiệm vụ của Công ty. Chịu trách nhiệm trước Giám đốc, Hội đồng
Quản trị, Nhà nước và pháp luật về các việc được Giám đốc phân cấp uỷ quyền, trực tiếp điều hành hoạt động của 5 đơn vị bộ phận: Phòng An toàn, phòng ĐT- XDCB, phòng KCS, phòng Kỹ thuật, Công trường Thi công cơ giới.
Nhà máy Cơ khí Hòn Gai: Là Nhà máy mới được sát nhập chuyên về các lĩnh vực sản xuất, sửa chữa, gia công cơ khí cung cấp các sản phẩm cho Công ty và các mỏ.
Các đơn vị, phòng ban nghiệp vụ: Cỏc phòng ban này có chức năng tham mưu và là bộ máy giúp việc cho Giám đốc, trực tiếp thực hiện quản lý chuyên môn theo chức năng và sự chỉ đạo của Giám đốc.