- Năm 1991, Trường được thành lập với tên gọi Trường Nghiệp vụ Tin học và Quản lý Hoa Sen, theo Quyết định số 257/QĐ-UB ngày 12/08/1991 của Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh. Hiệp hội Lotus France ra đời tại Pháp để hỗ trợ Trường. Trường được phép thể nghiệm mô hình đào tạo mới với bậc học Kỹ thuật viên và Kỹ thuật viên cao cấp; thực hiện xen kẽ giữa học tại trường và thực tập tại doanh nghiệp; tiếp cận tiêu chuẩn quốc tế về chất lượng và hiệu quả đào tạo. Trường hoàn toàn tự chủ về tài chính.
- Ngày 11/10/1994, trường Hoa Sen trở thành trường bán công, được Ủy ban Nhân dân Thành phố cấp cơ sở tại số 8 Nguyễn Văn Tráng, Q.1 để phát triển hoạt động đào tạo trên cơ sở thành tựu bước đầu đã được khẳng định.
- Ngày 27/04/1999, Thủ tướng Chính phủ ra quyết định công nhận thành lập Trường Cao đẳng Bán công Hoa Sen, trực thuộc Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh và nằm trong hệ thống các trường Đại học, Cao đẳng cả nước; tự chủ tài chính.
- Năm học 2004-2005, Trường triển khai dự án phát triển Trường Cao đẳng BC Hoa Sen thành Trường Đại học Hoa Sen, hoạt động theo cơ chế tư thục.
- Ngày 30/11/2006, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký quyết định số 274/2006/QĐ -TTg đồng ý thành lập Trường Đại học Hoa Sen. Vào ngày 16/12/2006, trường tổ chức lễ ra mắt Đại học Hoa Sen tại Nhà hát thành phố HCM, chính thức đi vào hoạt động giáo dục đại học theo cơ chế tư thục. - 10/2008 Trường Đại học Hoa Sen khai giảng khóa thứ hai bậc đại học; tuyển
sinh bậc thạc sỹ đầu tiên thông qua chương trình hợp tác quốc tế với The institute for financial science and insurance – ISFA (Pháp).