(Luận văn thạc sĩ) phân loại và quan hệ di truyền các loài thuộc giống ếch cây gracixalus (amphibia rhacophoridae) ở việt nam​

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM PHẠM LAN ANH PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN CÁC LOÀI THUỘC GIỐNG ẾCH CÂY Gracixalus (AMPHIBIA: RHACOPHORIDAE) Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC THÁI NGUYÊN - 2020 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM PHẠM LAN ANH PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN CÁC LOÀI THUỘC GIỐNG ẾCH CÂY Gracixalus (AMPHIBIA: RHACOPHORIDAE) Ở VIỆT NAM Ngành: Sinh thái học Mã số: 8.42.01.20 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS.TS NGUYỄN THIÊN TẠO PGS.TS HOÀNG VĂN NGỌC THÁI NGUYÊN - 2020 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan luận văn kết nghiên cứu cá nhân hướng dẫn khoa học PGS TS Nguyễn Thiên Tạo (Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam) PGS TS Hoàng Văn Ngọc (Trường Đại học Sư phạm, Đại học Thái Nguyên) Các số liệu tài liệu trích dẫn luận văn hồn tồn trung thực Kết nghiên cứu khơng trùng với cơng trình cơng bố trước Tơi xin chịu trách nhiệm với lời cam đoan Thái Nguyên, ngày tháng năm 2020 Tác giả luận văn Phạm Thị Lan Anh i LỜI CẢM ƠN Em xin gửi lời cảm n chân thành tri ân sâu sắc tới PGS.TS Nguyễn Thiên Tạo (Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Viện Hàn lâm Khoa học cơng nghệ Việt Nam) PGS.TS Hồng Văn Ngọc (Trường Đại học sư phạm, Đại học Thái Nguyên) tận tình hướng dẫn, dìu dắt tạo điều kiện thuận lợi cho em suốt thời gian thực đề tài nghiên cứu hoàn thành luận văn Em xin chân thành cảm n thầy khoa Sinh học, Phịng Đào tạo Trường Đại học Sư phạm Thái Nguyên tạo điều kiện cho em học tập, nghiên cứu hồn thành khóa học Đặc biệt, em xin cảm n Phòng Bảo t n Thiên nhiên (Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam) gi p đ , cung cấp tài liệu trang thiết bị thời gian nghiên cứu Tôi xin cảm n Ban Lãnh đạo, cán b ki m lâm khu bảo t n thiên nhiên Na Hang, Tuyên Quang cung cấp thông tin tạo điều kiện thuận lợi cho tơi q trình khảo sát thực địa Xin t lòng biết n sâu sắc tới gia đình, người thân bạn bè đ ng viên ủng h trình thực nghiên cứu Nghiên cứu tài trợ Quỹ Phát tri n khoa học công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) đề tài mã số 106.05-2019.334 Thái Nguyên, tháng 12 năm 2020 Học viên Phạm Lan Anh ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii MỞ ĐẦU 1 Lí chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu Ý nghĩa khoa học thực tiến đề tài N i dung nghiên cứu Chƣơng 1: TỔNG QUAN VỀ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU 1.1 Tổng quan nghiên cứu lư ng cư Việt Nam 1.1.1 Lược sử nghiên cứu lư ng cư Việt Nam 1.1.2 Lược sử nghiên cứu loài lư ng cư thu c giống Gracixalus Chƣơng 2: MỤC TIÊU, ĐỐI TƢỢNG, ĐỊA ĐIỂM, THỜI GIAN, THIẾT BỊ VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Mục đích nghiên cứu 2.2 Đối tượng nghiên cứu 2.3 Phư ng pháp nghiên cứu 2.3.1 Khảo sát thực địa 2.3.2 Trong phịng thí nghiệm 11 Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 15 3.1 Phân loại loài thu c giống Gracixalus Việt Nam 15 3.1.1 Đặc m hình thái lồi giống Gracixalus Việt Nam 16 3.2 Phân tích mối quan hệ di truy n loài giống Gracixalus 30 iii 3.2.1 Sự sai khác di truyền loài giống Gracixalus Việt Nam dựa đoạn gen 16S-rARN 30 KẾT LUẬN VÀ KHUYẾN NGHỊ 36 TÀI LIỆU THAM KHẢO 37 iv DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT 16S-rRNA : 16S ribosomal RNA 12S-rRNA : 12S ribosomal RNA cs : C ng DNA : Axit đê ôxi ribônuclêic ĐDSH : Đa dạng sinh học et al : Và tác giả khác IEBR : Viện sinh thái tài nguyên sinh vật IUCN : Tổ chức Bảo t n Thiên nhiên Quốc tế KBTTN : Khu Bảo t n thiên nhiên LC : Lư ng cư LCBS : Lư ng cư Bò sát PCR : Phản ứng chuỗi polymerase PL : Phụ lục TS : Tiến sĩ VNMN : Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam VQG : Vườn quốc gia ♂ : Con đực ♀ : Con v DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Các m i sử dụng nghiên cứu quan hệ di truyền giống Gracixalus 14 Bảng 3.1 Thơng tin trình tự gen sử dụng nghiên cứu 30 Bảng 3.2 Khoảng cách di truyền 16S-rARN loài giống Gracixalus Việt Nam 35 vi DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 S đ đo mẫu ếch nhái không đuôi 12 Hình 3.1 Cây phát sinh chủng loại BI phân tích từ trình tự gen ti th 16S rRNA với đ dài 542 nucleotid loài thu c giống Gracixalus loài nhóm Các số nhánh nhánh xác suất sau Bayes (BPP) ML bootstrap (chỉ giá trị 70% hi n thị) 34 vii MỞ ĐẦU Lí chọn đề tài Số lượng lồi lư ng cư (LC) ghi nhận phân bố Việt Nam tăng nhanh thập kỷ qua từ 82 loài vào năm 1996 [9] lên đến 186 loài vào năm 2009 có khoảng 290 lồi ghi nhận Kết hợp phư ng pháp so sánh hình thái, phân tích âm sinh học liệu sinh học phân tử phát nhiều loài cho khoa học, đặc biệt nhóm lồi có đặc m hình thái tư ng đ ng nhóm lồi phức hợp ẩn cịn chưa nghiên cứu nhiều Chỉ riêng họ Ếch (Rhacophoridae), khoảng 10 năm trở lại có h n 30 loài phát ghi nhận phân bố Việt Nam Giống Gracixalus trước coi m t phân giống giống Aquixalus (Delorme c ng sự, 2005) Tuy nhiên, Li c ng sự, 2008 2009 dựa chứng di truyền phân tử khẳng định Gracixalus m t giống riêng biệt Hiện nay, có 17 lồi ghi nhận phân bố My-an-ma, Lào, Thái Lan, Trung Quốc Việt Nam, Việt nam ghi nhận 11 lồi Đáng ch ý, có 10 lồi phát từ năm 2010 (Rowley c ng sự, 2011, 2014; 2020 Mo c ng sự, 2013; Nguyễn c ng sự, 2013; Matsui c ng sự, 2015, 2017; Zeng c ng sự, 2017; Chen c ng sự, 2018; Wang c ng sự, 2018; Yu c ng sự, 2019) Điều cho thấy mức đ đa dạng cao thành phần loài thu c giống Gracixalus Việt Nam Thêm vào đó, kết phân tích mối quan hệ di truyền phát sinh loài thu c nhóm G jinxiuensis cho thấy vấn đề phân loại học chưa giải cần thiết có nghiên cứu cụ th h n (Matsui c ng sự, 2017, Chen c ng sự, 2018) Mặt khác, loài thu c giống Ếch Gracixalus đa số có kích thước nh , màu sắc trầm tối phù hợp với lối sống gần mặt đất ch ng, lưng màu nâu, xám hay xám nâu có m t vệt hình chữ X màu nâu nhạt lưng; có m t sọc đen chạy từ mũi đến mắt từ sau ổ mắt qua màng nhĩ phía vai, bụng Tỉ lệ ngón chân I