Tối ƣu hóa quy trình real time pcr phát hiện alen hla b 15 02 trong điều trị bệnh động kinh với thuốc carbamazepine

BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT (TỒN VĂN) ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP TRƢỜNG TỐI ƢU HĨA QUY TRÌNH REAL-TIME PCR PHÁT HIỆN ALEN HLA-B*15:02 TRONG ĐIỀU TRỊ BỆNH ĐỘNG KINH VỚI THUỐC CARBAMAZEPINE Mã số: Chủ nhiệm đề tài: PGS.TS Đỗ Thị Thanh Thủy Tp Hồ Chí Minh, Năm 2018 BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP TRƢỜNG TỐI ƢU HĨA QUY TRÌNH REAL-TIME PCR PHÁT HIỆN ALEN HLA-B*15:02 TRONG ĐIỀU TRỊ BỆNH ĐỘNG KINH VỚI THUỐC CARBAMAZEPINE Mã số: Chủ nhiệm đề tài (ký, họ tên) DANH SÁCH NHỮNG THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI VÀ ĐƠN VỊ PHỐI HỢP CHÍNH Danh sách thành viên tham gia nghiên cứu: STT Họ tên Chuyên ngành Cơ quan công tác Nguyễn Thành Phát Sinh học phân tử Đại học Khoa học Tự nhiên Lê Thái Khương Sinh học phân tử Đại Học Y Dược TPHCM Đỗ Thị Thanh Thủy Sinh học phân tử Đại Học Y Dược TPHCM Trần Hữu Tâm Sinh học phân tử Trung tâm Kiểm chuẩn xét nghiệm TP HCM Đơn vị phối hợp chính: -Nơi thực đề tài: Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh -Nơi cung cấp bệnh phẩm: Bệnh viện Đại học Y Dược, Bệnh viện Chuyên khoa ngoại thần kinh quốc tế MỤC LỤC CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Động kinh 1.1.1 Đặc điểm bệnh lý 1.1.2 Dịch tễ học 1.1.3 Cơ chế động kinh 1.3 Carbamazepine 10 Cơ chế tác dụng carbamazepine 11 1.4 Hội chứng Stevens-Johnson hoại tử biểu bì nhiễm độc 11 1.5 Gen HLA-B 12 1.5.1 Cấu trúc chức phân tử HLA 12 1.5.2 Biểu đồng trội HLA 15 1.5.3 Alen HLA-B*15:02 15 1.5.3 Mối liên quan CBZ gây hội chứng SJS/TEN gen 15 1.6 Một số phương pháp phát alen HLA-B*15:02 17 1.6.1 Phương pháp multiplex PCR 17 1.6.2 Phương pháp real-time PCR 17 1.6.4 Một số cơng trình nghiên cứu thực 18 CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 2.1 Đối tượng nghiên cứu 20 2.2 Vật liệu 20 2.3 Phương pháp nghiên cứu 22 2.3.1 Kiểm tra hệ mồi - mẫu dò - amplicon 22 2.3.2 Kiểm tra mồi thực tế 22 2.3.3 Tối ưu hóa quy trình monoplex real-time PCR với mẫu dị Taqman® 24 2.4 Xây dựng quy trình multiplex real-time PCR với mẫu dị Taqman® 25 2.5 Tối ưu hóa quy trình monoplex real-time PCR với SYBR® Green 25 2.5.1 Khảo sát nhiệt độ lai tối ưu 26 2.5.2 Khảo sát nồng độ mồi tối ưu 26 2.6 Xây dựng quy trình multiplex real-time PCR với SYBR® Green 27 2.7 Kiểm tra kết phương pháp giải trình tự 28 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 29 3.1 Tối ưu hóa quy trình real-time PCR 29 3.1.2 Kết kiểm tra in silico đặc tính mồi 29 3.1.3 Tối ưu hóa quy trình monoplex với mẫu dị Taqman® 30 3.1.4 Xây dựng quy trình multiplex với mẫu dị Taqman® 38 3.1.5 Tối ưu hóa quy trình monoplex với SYBR® Green 40 3.1.6 Xây dựng quy trình multiplex real-time PCR với SYBR® Green 52 3.2 Áp dụng quy trình multiplex real-time PCR mẫu bệnh nhân 56 3.2.1 Đặc điểm chọn mẫu, tách chiết thu nhận genomic DNA 56 3.2.2 Ứng dụng quy trình multiplex real-time PCR phát alen HLA-B*15:02 mẫu bệnh nhân 57 3.2.3 Kiểm tra kết kỹ thuật giải trình tự 60 3.2.4 So sánh tương đồng hai phương pháp 65 CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 66 4.1 Kết luận 66 4.2 Đề nghị 66 TÀI LIỆU THAM KHẢO i DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ Viết Tiếng Anh Tiếng Việt Tắt gDNA Genomic DNA HLA Human Leukocyte Antigen IDT Integrated DNA Technologies IHS International Headache Society ILAE MHC NCBI PCR qPCR SCARs International League Against Epilepsy Major Histocompatibility Complex Kháng nguyên bạch cầu người Hiệp hội Quốc tế đau đầu học Hiệp hội chống động kinh Quốc tế Phức hợp phù hợp mơ National Center for Biotechnology Information Nested PCR PCR lồng Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp Quantitative Polymerase Chain Reaction Severe Cutaneous Adverse Phản ứng bất lợi da Reactions Stevens-Johnson Syndrome and Hội chứng Stevens-Johnson Hoại tử Toxic Epidermal Necrolysis biểu bì nhiễm độc SYBR® SYBR® Green I Chất phát huỳnh quang SYBR® Green Ta Annealing Temperature Nhiệt độ bắt cặp Taqman® Taqman® probe Mẫu dị Taqman® Tm Melting Temperature Nhiệt độ nóng chảy SJS/TEN DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Trình tự mồi, mẫu dò amplicon sử dụng cho phản ứng real-time PCR 20 Bảng 2.2 Trình tự mồi sử dụng cho PCR giải trình tự 22 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR kiểm mồi B*15:02-F/R-Primer 23 Bảng 2.4 Thành phần phản ứng PCR kiểm tra mồi B*15:02-F/R-SYBR 23 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng PCR kiểm tra nhân cặp mồi ACTB 24 Bảng 2.6 Khảo sát nhiệt độ lai phản ứng monoplex với SYBR® Green 26 Bảng 2.7 Khảo sát nồng độ mồi phản ứng monoplex với SYBR® Green 26 Bảng 3.1 Kết kiểm tra đặc tính mồi 29 Bảng 3.2 Kết khảo sát nhiệt độ lai hệ mồi - mẫu dò - amplicon 15:02 33 Bảng 3.3 Kết khảo sát nhiệt độ lai hệ mồi - mẫu dò - amplicon ACTB 34 Bảng 3.4 Kết giá trị Ct khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi B*15:02 F/R-SYBR với amplicon 15:02 42 Bảng 3.5 Kết giá trị Tm khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi B*15:02 F/R-SYBR với amplicon 15:02 43 Bảng 3.6 Kết giá trị Ct khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi B*15:02 F/R-SYBR với amplicon ACTB 45 Bảng 3.7 Kết giá trị Ct khảo sát độ nhạy mẫu chuẩn 15:02 với SYBR® Green 49 Bảng 3.8 Kết giá trị Tm khảo sát độ nhạy mẫu chuẩn 15:02 với SYBR® Green 49 Bảng 3.9 Kết giá trị Ct khảo sát độ nhạy mẫu chuẩn 15:02 với SYBR® Green 50 Bảng 3.10 Kết giá trị Tm khảo sát độ nhạy mẫu chuẩn ACTB với SYBR® Green 50 Bảng 3.11 Kết khảo sát nồng độ mồi 15:02 ACTB phản ứng multiplex realtime PCR với SYBR® Green 53 Bảng 3.12 So sánh giá trị Tm amplicon 15:02 monoplex multiplex 55 Bảng 3.13 So sánh nhiệt độ Tm amplicon ACTB monoplex multiplex 56 Bảng 3.14 Thành phần phản ứng multiplex real-time PCR với mẫu dị Taqman® 57 Bảng 3.15 Thành phần phản ứng multiplex real-time PCR với SYBR® Green 57 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Sơ đồ vị trí gen HLA-B nhiễm sắc thể số [83] 14 Hình 3.1 Kết PCR đánh giá khả nhân cặp mồi B*15:02-F/R ACTB-F/R 31 Hình 3.2 Kết đánh giá hiệu hoạt động hệ mồi-mẫu dò-amplicon 15:02 hệ mồimẫu dò-amplicon ACTB 32 Hình 3.3 Kết khảo sát nhiệt độ lai hệ mồi - mẫu dò - amplicon 15:02 33 Hình 3.4 Kết khảo sát nhiệt độ lai hệ mồi - mẫu dò - amplicon ACTB 34 Hình 3.5 Kết khảo sát nồng độ mồi 15:02 35 Hình 3.6 Kết khảo sát nồng độ mồi ACTB 36 Hình 3.7 Kết khảo sát độ nhạy phản ứng xây dựng đường chuẩn cho amplicon 15:02 37 Hình 3.8 Kết khảo sát độ nhạy phản ứng xây dựng đường chuẩn cho amplicon 15:02 37 Hình 3.9 Kết khảo sát độ nhạy phản ứng xây dựng đường chuẩn cho amplicon 15:02 ACTB 39 Hình 3.10 Kết xây dựng đường chuẩn phản ứng multiplex realt-ime PCR cho amplicon 15:02 39 Hình 3.11 Kết xây dựng đường chuẩn phản ứng multiplex realt-ime PCR cho amplicon ACTB 39 Hình 3.12 Kết PCR đánh giá khả nhân cặp mồi B*15:02 F/R-SYBR ACTB-F/R 41 Hình 3.13 Kết khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi B*15:02 F/R-SYBR với amplicon 15:02 SYBR Green 42 Hình 3.14 Kết khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi ACTB-F/R với amplicon ACTB SYBR Green 44 Hình 3.15 Kết khảo sát nồng độ mồi 15:02 46 Hình 3.16 Kết khảo sát độ nhạy xây dựng đường chuẩn cho amplicon 15:02 phản ứng monoplex real-time PCR với SYBR® Green 47 Hình 3.16 Kết khảo sát độ nhạy xây dựng đường chuẩn cho amplicon ACTB phản ứng monoplex real-time PCR với SYBR® Green 48 Hình 3.17 Kết khảo sát nồng độ mồi 15:02 ACTB với SYBR® Green 53 Hình 3.18 Kết khảo sát độ nhạy phản ứng dựa giá trị Tm amplicon 15:02 ACTB 54 Hình 3.19 Kết multiplex real-time PCR với mẫu dị Taqman® áp dụng mẫu bệnh nhân để phát alen HLA-B*15:02 với alen HLA-B khác 59 Hình 3.20 Biểu đồ huỳnh quang mơ tả kết ứng dụng quy trình multiplex real-time PCR với mẫu dị Taqman® áp dụng mẫu bệnh nhân để phát alen HLA-B*15:02 với alen HLA-B khác 59 Hình 3.21 Kết multiplex real-time PCR với SYBR® Green áp dụng mẫu bệnh nhân để phát alen HLA-B*15:02 HLA-B*18 60 Hình 3.22 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30 371) vị trí Taqman® probe 61 Hình 3.23 Kết multiplex real-time PCR với SYBR® green mẫu 61 Hình 3.24 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30) với mồi xi 62 Hình 3.25 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30) với mồi ngược 62 Hình 3.26 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (371) với mồi xuôi 63 Hình 3.27 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (371) với mồi ngược 63 Hình 3.28 Kết multiplex real-time PCR mẫu B*15:02 (352) 64 Hình 3.29 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (352) vị trí Taqman® probe 64 THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP TRƢỜNG Thơng tin chung: - Tên đề tài: TỐI ƢU HĨA QUY TRÌNH REAL-TIME PCR PHÁT HIỆN ALEN HLA-B*15:02 TRONG ĐIỀU TRỊ BỆNH ĐỘNG KINH VỚI THUỐC CARBAMAZEPINE - Mã số: - Chủ nhiệm đề tài: PGS.TS Đỗ Thị Thanh Thủy Điện thoại: 0908487425 Email: thuyprenatal@gmail.com - Đơn vị quản lý chuyên môn (Khoa, Tổ môn): Trung tâm Y Sinh học Phân tử - Thời gian thực hiện: Tháng 7-2017 đến tháng 7-2018 Mục tiêu: tối ưu hóa quy trình real-time PCR phát alen HLA-B*15:02 điều trị bệnh động kinh với thuốc carbamazepine Nội dung chính: - Tối ưu hoá điều kiện phản ứng multiplex realtime PCR sử dụng Taqman probe Kết đạt đƣợc (khoa học, đào tạo, kinh tế-xã hội, ứng dụng, ):  Cơng bố tạp chí nước quốc tế (tên báo, tên tạp chí, năm xuất bản): Hiệu kinh tế - xã hội đề tài mang lại: Hình 3.21 Kết multiplex real-time PCR với SYBR® Green áp dụng mẫu bệnh nhân để phát alen HLA-B*15:02 HLA-B*18 Sau thực phản ứng multiplex real-time PCR với mẫu dò Taqman®, mẫu cho kết lên tín hiệu huỳnh quang kênh FAM HEX chọn thực nghiệm tiếp tục với quy trình multiplex real-time PCR với SYBR® nhằm phát alen HLA-B*15:02 Những mẫu không ghi nhận giá trị nhiệt độ Tm = 89,59  0,15oC có khả mang alen HLA-B*18 3.2.3 Kiểm tra kết kỹ thuật giải trình tự Kiểm tra kết phương pháp giải trình tự Sanger số mẫu đại diện cho kết dương/âm tính với mẫu dị Taqman® dương/âm tính với SYBR® green phản ứng real-time PCR Để đọc toàn vùng gen khảo sát, sử dụng cặp mồi [19] cho kích thước 1073 bp, chứa tồn vùng gen mục tiêu để giải trình tự Kết hai phương pháp so sánh với thể bảng (Phụ lục 1) Kết real-time PCR xử lý phần mềm realplex v2.2, kết giải trình tự xem phần mềm CLC Main Workbench v5.5 Kết real-time PCR với mẫu dị Taqman® cho thấy mẫu chứng dương amplicon lên tốt kênh FAM HEX, mẫu B*15:02 (30 371) cho tín hiệu tốt kênh FAM HEX, mẫu chứng âm không lên tín hiệu chứng tỏ khơng có DNA ngoại nhiễm Như vậy, mẫu B*15:02 (30 371) mang alen B*15:02 alen B*18 Hình 3.22 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30 371) vị trí Taqman® probe Kết giải trình tự mẫu HLA-B*15:02 (30 371) vị trí mẫu dị Taqman® cặp mồi xuôi mồi ngược HLA-B F/R-Primer sequencing cho thấy kết tương đồng với trình tự tham khảo HLA-B*15:02 (HLA00165) Tuy nhiên, để phát alen HLA-B*15:02 alen HLA-B*18, tất mẫu cho kết dương tính real-time PCR với mẫu dị Taqman® cần tiếp tục thực phản ứng real-time PCR với SYBR® để phát đặc hiệu cho alen HLA-B*15:02 Mẫu B*15:02 (371) Chứng dương Mẫu B*15:02 (30) Chú thích ACTB (Tm) 15:02 (Tm) Chứng âm nước Chứng dương Chứng âm Mẫu B*15:02 (371) Mẫu B*15:02 (30) Hình 3.23 Kết multiplex real-time PCR với SYBR® green mẫu B*15:02 (30) B*15:02 (371) Kết real-time PCR với SYBR® green cho thấy mẫu amplicon làm chứng dương cho kết tốt với hai đỉnh đường cong “nóng chảy” cho ACTB 15:02 82,5oC 89oC Tương tự, mẫu B*15:02 (30) cho kết tốt với hai đỉnh đường cong “nóng chảy” với ACTB 15:02 82,5oC 89,2oC Tuy nhiên, mẫu B*15:02 (371) lên đỉnh nhiệt độ đường cong “chảy” ACTB với nhiệt độ 82,4oC, không ghi nhận kết đường cong “chảy” 15:02 Mẫu âm tính khơng lên đường cong “chảy” chứng tỏ khơng có DNA ngoại nhiễm Như vậy, mẫu B*15:02 (30) mang alen HLA-B*15:02 mẫu B*15:02 (371) mang alen HLA-B*18 Hình 3.24 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30) với mồi xi Hình 3.25 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30) với mồi ngƣợc Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (30) mồi xuôi mồi ngược cho kết tương đồng với trình tự alen HLA-B*15:02 tham khảo, khác biệt vị trí đa hình so với alen HLA-B*18 Như vậy, bệnh nhân B*15:02 (30) mang alen HLAB*15:02 Hình 3.26 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (371) với mồi xi Hình 3.27 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (371) với mồi ngƣợc Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (371) mồi xuôi mồi ngược cho kết khác biệt số vị trí đa hình so với trình tự alen HLA-B*15:02 tham khảo, tương đồng với trình tự alen HLA-B*18 Như vậy, bệnh nhân B*15:02 (371) mang alen HLA-B*18 3.2.3.2 Kết âm tính với alen HLA-B*15:02 Chứng dương (FAM) Chứng dương (HEX) Mẫu B*15:02 (352) (FAM) Mẫu B*15:02 (352) (HEX) Chứng âm nước Hình 3.28 Kết multiplex real-time PCR mẫu B*15:02 (352) Kết real-time PCR với mẫu dị Taqman® cho thấy mẫu B*15:02 (352) cho tín hiệu tốt kênh HEX (chứng nội), nhiên không ghi nhận tín hiệu kênh FAM (alen HLA-B*15:02) Như vậy, mẫu B*15:02 (352) khơng mang alen B*15:02 Hình 3.29 Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (352) vị trí Taqman® probe Kết giải trình tự mẫu B*15:02 (352) cho kết khác biệt hai vị trí đa hình mẫu dị Taqman® so với trình tự alen HLA-B*15:02 tham khảo Như vậy, bệnh nhân B*15:02 (352) âm tính với alen HLA-B*15:02 3.2.4 So sánh tƣơng đồng hai phƣơng pháp Áp dụng quy trình multiplex real-time PCR tối ưu lên 124 mẫu bệnh nhân, ghi nhận 73 trường hợp dương tính với alen HLA-B*15:02, 50 trường hợp âm tính với alen HLA-B*15:02 trường hợp mang alen HLA-B*18 Kết từ kit PG1502 Detection, Pharmigene với phản ứng monoplex real-time PCR sử dụng chất phát huỳnh quang SYBR® green, ghi nhận 74 trường hợp dương tính với alen HLA-B*15:02 50 mẫu âm tính với HLA-B*15:02 So sánh với kết PG1502 Detection Kit, Pharmigen cho thấy tương đồng hai phương pháp 99,2% Tuy nhiên, bước real-time PCR thứ hai với SYBR® green bỏ qua xảy khả dương tính giả tần suất alen HLA-B*18 cực thấp người Việt Nam, chiếm khoảng 1% dân số theo thống kê Dinh Van Nguyen cộng (2016) [61], nhằm giảm giá thành thời gian thực thử nghiệm CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận Qua kết có được, chúng tơi đưa kết luận sau: Đã tối ưu hóa thành cơng quy trình multiplex real-time PCR với mẫu dị Taqnan® SYBR® green phát đồng thời alen HLA-B*15:02 gen chứng nội Beta-actin nhằm kiểm tra khả ngoại nhiễm, gồm giá trị nhiệt độ, nồng độ cặp mồi, mẫu dị amplicon Quy trình có độ nhạy cao, ngưỡng phát tối thiểu hai quy trình multiplex real-time PCR lần lượt:  Với mẫu dị Taqman® 101 sao/l B*15:02 ACTB  Với SYBR® green 102 sao/l B*15:02 ACTB Áp dụng thành cơng quy trình tối ưu 124 mẫu bệnh nhân, ghi nhận 73 trường hợp dương tính với alen HLA-B*15:02, 50 trường hợp âm tính với alen HLA-B*15:02 trường hợp mang alen HLA-B*18 So sánh với kết PG1502 Detection Kit, Pharmigen ghi nhận 74 trường hợp dương tính với alen HLA-B*15:02, 50 trường hợp âm tính với alen HLAB*15:02 cho thấy tương đồng hai phương pháp 99,2% Đồng thời, quy trình tối ưu hóa phát trường hợp mang alen HLA-B*18 (chiếm 0,8%) so với PG1502 Detection Kit, Pharmigene dương tính, qua loại trừ khả dương tính giả 4.2 Đề nghị Bước đầu, quy trình hồn thành tốt tất mục tiêu đề Tuy nhiên, để có giá trị cao hơn, chúng tơi có đề nghị sau: Mở rộng nghiên cứu với số lượng cỡ mẫu lớn để bổ sung thêm thông tin tần suất xuất alen HLA-B*15:02 quần thể nghiên cứu TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt [1] Lương Bắc An, Bùi Nguyễn Nhật Minh, Nguyễn Thị Hà Giang, Đỗ Thị Thanh Thủy (2016), Xác định kiểu gen HLA-B*1502 bệnh nhân chẩn đoán mắc bệnh động kinh, Tạp chí Y học Tp Hồ Chí Minh, 20(1), tr 100-104 [2] Phạm Thị Thu Anh (2005), Miễn dịch học - Tế bào lympho T đáp ứng miễn dịch qua trung gian tế bào, NXB Y học Hà Nội, Hà Nội, tr 32-41 [3] Trần Đình Bình (2005), HLA - Nghiên cứu ứng dụng, Kỹ thuật PCR, Nhà xuất Y học, Hà Nội [4] Phạm Cơng Chính (2010), Nghiên cứu tổn thương da, test phát thuốc gây dị ứng số xét nghiệm trước, sau điều trị bệnh nhân dị ứng thuốc, Luận án Tiến sỹ khoa học Y Dược, chuyên ngành Da liễu, Trường Đại học Y Hà Nội, Hà Nội, tr 1-126 [5] Nguyễn Văn Chương (2006), Thực hành lâm sàng thần kinh học, Tập (Bệnh học thần kinh), NXB Y học, Hà Nội [6] Lương Đức Dũng (2013), Tổn thương quan nội tạng bệnh nhân dị ứng thuốc có hội chứng Lyell, Tạp chí Y học thực hành, số (879), tr 23 - 25 [7] Nguyễn Văn Đồn (1996), Góp phần nghiên cứu dị ứng thuốc khoa Dị ứng MDLS Bệnh viện Bạch mai (1991-1995), Luận án Tiến sỹ khoa học y dược, Trường Đại học Y Hà Nội, Hà Nội [8] Nguyễn Văn Đoàn (2010), Tình hình dị ứng thuốc Dị ứng thuốc lâm sàng, Trường Đại học Y Hà Nội, NXB Y học, Hà nội, tr 26-27 [9] Trần Văn Hiếu (2016), Miễn dịch học - chức bất thường hệ miễn dịch, NXB Đại học Quốc Gia Tp Hồ Chí Minh [10] Lê Minh (2002), Ý nghĩa phân loại quốc tế động kinh thực hành thần kinh học lâm sàng, Y học Tp Hồ Chí Minh, chuyên đề Động kinh, 6(3) [11] Vũ Anh Nhị (2013), Sổ tay lâm sàng thần kinh sau đại học, NXB Đại học Quốc Gia Tp Hồ Chí Minh [12] Vũ Anh Nhị (2013), Thần kinh học, NXB Đại học Quốc Gia Tp Hồ Chí Minh [13] Yasunobu Sakai (2017), MIMS Drug Reference full prescribing information - Ấn Phẩm Khoa Học Định Kỳ Chuyên Đề Thông Tin Dược Phẩm (2017), NXB MIMS Annual Vietnam [14] Lê Văn Thành (2002), Cơ chế bệnh sinh sinh lý bệnh học động kinh, Y Học TP Hồ Chí Minh, Chuyên đề Động kinh, 6(3) [15] Lê Xuân Trường (2014), Hóa Sinh Y học, NXB Y học, Tp Hồ Chí Minh [16] Ninh Thị Ứng (2005), Động kinh trẻ em, NXB Y học, Hà Nội [17] Tạ Thành Văn (2010), PCR số kỹ thuật y sinh học phân tử, NXB Y học, Hà Nội [18] Phạm Hùng Vân (2009), PCR real-time PCR - vấn đề áp dụng thường gặp, NXB Y học Tp Hồ Chí Minh [19] Hồng Anh Vũ, Phan Thị Xinh (2016), Xác định HLA-B*1502 kỹ thuật giải trình tự chuỗi DNA, Tạp chí Y học Tp Hồ Chí Minh, 20(1) Tài liệu tiếng Anh [20] Abdelmoneim, E.M.K Ibrahim, A.A.H Eldawla-Ibrahim, G (2012), Stevens Johnson syndrome secondary to Phenobarbitone, Khartoum Medical Juornal, 5(1), pp 703 - 706 [21] Alfirevic, A et al (2006), HLA-B locus in Caucasian patients with carbamazepine hypersensitivity, Pharmacogenomics, 7(6), pp 813-828 [22] Andrew, J George, T (1995), Disease usceptibility, transplantation and the MHC, Immunology Today, 5(16), pp 209-211 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn [23] Aversano, M et al (2014), Levofloxacin induced Stevens-Johnson syndrome/toxic epidermal necrolysis overlap syndrome: case reports Clinical and Translational Allergy, 4(Suppl 3), pp 91 [24] Bean, B.P (2007), The action potential in mammalian central neurons, Nature Reviews Neuroscience, 8, pp 451-465 [25] Berg, A.T et al (2010), Revised terminology and concepts for organization of seizures and epilepsies: report of the ILAE Commission on Classification and Terminology, 2005-2009, Epilepsia, 51(4), pp 676-685 [26] Breathnach, S.M Erythema Multiforme (2010), Stevens–Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis, Rook’s Textbook of Dermatology, Volume 1, Eighth Edition, 1, pp 1-22 [27] Bromfield, E et al (2006), An Introduction to Epilepsy, American Epilepsy Society, USA [28] Byrom, L Zappala, T and Muir, J (2013), Toxic epidermal necrolysis caused by over the counter eyedrops, Australas J Dermatol, 54(2), pp 144-146 [29] Campbell, F.G Graham, J.G Zilkha, K.J (1966), Clinical trial of carbamazepine (tegretol) in trigeminal neuralgia, J Neurol Neurosurg Psychiatry, 29(3), pp 265 [30] Caproni, M et al (2006), The CD40/CD40 ligand system is expressed in the cutaneous lesions of erythema multiforme and Stevens-Johnson syndrome/toxic epidermal necrolysis spectrum, Br J Dermatol, 154(2), pp 319-324 [31] Chang, C.C et al (2011), Association of HLA-B*1502 allele with carbamazepine-induced toxic epidermal necrolysis and Stevens-Johnson syndrome in the multi-ethnic Malaysian population, Int J Dermatol, 50(2), pp 221-224 [32] Cheng, S.H et al (2009), New testing approach in HLA genotyping helps overcome barriers in effective clinical practice, Clin Chem, 55(8), pp 1568-1572 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn [33] Chiu, M.L et al (2012), Association between HLA-B*58:01 allele and severe cutaneous adverse reactions with allopurinol in Han Chinese in Hong Kong Br J Dermatol, 167(1), pp 44-9 [34] Choong-Chor, C.M Chun-Lai, T Shahnaz, M (2011), Association of HLAB*1502 allele with carbamazepineinduced toxic epidermal necrolysis and Stevens–Johnson syndrome in the multi-ethnic Malaysian population, International Journal of Dermatology, 50, pp 221-224 [35] Chung, W.H et al (2004), Medical genetic: a marker for Stevens-Johnson syndrome, Nature, 428(6982), pp 486 [36] Fania, L et al (2012), Ocular mucous membrane pemphigoid after Lyell syndrome: occasional finding or predisposing event?, Ophthalmology, 119(4), pp 688-693 [37] Fernando, S.L (2012), The management of toxic epidermal necrolysis, Australas J Dermatol, 53(3), pp 165-171 [38] Ferrell, F.B Jr, McLeod, H.L (2008), Carbamazepine, HLA-B*1502 and risk of Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis: US FDA recommendations, Pharmacogenomics 9(10), pp 1543–1546 [39] Ferrer, A et al (2007), HLA class I polymorphism in the Cuban population, Hum Immunol, 68(11), pp 918-927 [40] Fisher, R.S van Emde Boas, W Blume, W Elger, C Genton, P et al (2005), Epileptic seizures and epilepsy: definitions proposed by the International League Against Epilepsy (ILAE) and the International Bureau for Epilepsy (IBE), Epilepsia, 46, pp.470-472 [41] Hague, J.S et al (2011), Two cases of pustular toxic epidermal necrolysis, Clin Exp Dermatol, 36(1), pp 42-45 [42] Harr, T and French, L.E (2010), Toxic epidermal necrolysis and Stevens-Johnson syndrome, Orphanet J Rare Dis, 5, pp 39 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn [43] Hoa, B.K et al (2008), HLA-A, -B, -C, -DRB1 and -DQB1 alleles and haplotypes in the Kinh population in Vietnam, Tissue Antigens, 71(2), 127-134 [44] Hsiao, Y.H et al (2014), Genotype-phenotype association between HLA and carbamazepine-induced hypersensitivity reactions: strength and clinical correlations, J Dermatol Sci, 73(2), pp 101-109 [45] Hsieh, L.P Huang, C.Y (2011), Trends in the use of antiepileptic drugs in Taiwan from 2003 to 2007: a population-based national health insurance study, Epilepsy Res, 96 (1-2), pp 81-88 [46] Hugo Pan-Asian SNP Consortium (2009), Mapping human genetic diversity in Asia, Science, 326(5959), pp 1541-1545 [47] Ikeda, H Takahashi, Y Yamazaki, E Fujiwara, T Kaniwa, N Saito, Y et al (2010), HLA class I markers in Japanese patients with carbamazepine-induced cutaneous adverse reactions, Epilepsia, 51(2), 297-300 [48] Jantararoungtong, T et al (2014), HLA-B*58:01 allele is strongly associated with allopurinol-induced severe cutaneous adverse reactions in a Thai population, Clinical and Translational Allergy, 4(Suppl 3), pp 120 [49] Jaruthamsophon, K et al (2016), Comparison of a new in-house and three published HLA-B*15:02 screening methods for prevention of carbamazepineinduced severe drug reactions, PLoS One, 11(5) [50] Landmark, C.J et al (2011), Prescription patterns of antiepileptic drugs in patients with epilepsy in a nation-wide population, Epilepsy Res, 95 (1-2), pp 51-59 [51] Lee, H.Y et al (2013), The role of intravenous immunoglobulin in toxic epidermal necrolysis: a retrospective analysis of 64 patients managed in a specialized centre Br J Dermatol, 169(6), pp 1304-1309 [52] Lissia, M et al (2010), Toxic epidermal necrolysis (Lyell's disease), Burns, 36(2), pp 152-163 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn [53] Kim, S.H Lee, K.W Song, W.J Kim, S.H Jee, Y.K Lee, S.M et al (2011), Carbamazepine-induced severe cutaneous adverse reactions and HLA genotypes in Koreans, Epilepsy Res, 97(1-2), pp 190-197 [54] Locharernkul, C et al (2008), Carbamazepine and phenytoin induced StevensJohnson syndrome is associated with HLA-B*1502 allele in Thai population, Epilepsia, 49(12), pp 2087-2091 [55] Man, C.B et al (2007), Association between HLA-B*1502 allele and antiepileptic drug-induced cutaneous reactions in Han Chinese, Epilepsia, 48(5), pp 1015-1018 [56] Manzoni, G.C Torelli, P (2005), Epidemiology of typical and atypical craniofacial neuralgias, Neurol Sci, 26(Suppl 2), pp 65-67 [57] McCormick, D.A Contreras, D (2001), On the cellular and network bases of epileptic seizures, Annu Rev Physiol, 63, pp 815-846 [58] Meyer Sauteur, P.M Goetschel, p and Lautenschlager, S (2012), Mycoplasma pneumoniaeand mucositis - part of the Stevens-Johnson syndrome spectrum, JDDG: Journal der Deutschen Dermatologischen Gesellschaft, 10(10), pp 740745 [59] Murrell, L.R.A.I.D (2011), Erythema Multiforme, Stevens-Johnson Syndrome and Toxic Epidermal Necrolysis, Harper’s Textbook of Pediatric Dermatology, (3)3, pp 1-8 [60] Nguyen D.V et al (2015), HLA-B*1502 and carbamazepine-induced severe cutaneous adverse drug reactions in Vietnamese, Asia Pac Allergy, 5(2), pp 6877 [61] Nguyen , D.V Vidal, C Chu, H.C et al (2016), Validation of a novel real-time PCR assay for detection of HLA-B*15:02 allele for prevention of carbamazepine - Induced Stevens-Johnson syndrome/Toxic Epidermal Necrolysis in individuals of Asian ancestry, Hum Immunol, 77(12), pp 1140-1146 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn [62] Norman, P.J et al (2007), Unusual selection on the KIR3DL1/S1 natural killer cell receptor in Africans, Nat Genet, 39(9), pp 1092-1099 [63] Olerup, O Aldener, A Fogdell, A (1993), HLA-DQB1 and HLA-DQA1 typing by PCR amplification with sequence specific primers (PCR-SSP) in hours, Tissue Antigens, 41(3), pp 119-134 [64] Olerup, O (1994), HLA-B27 typing by a group specific PCR amplification, Tissue Antigens, 43(4), pp 253-256 [65] Paul, C.W Wolkenstein, P Adle, H et al (1996), Apoptos is as amechanism of keratinocyte death in toxic epidermal necroiysis, British Journal of Dermatology, 134, pp 710-714 [66] Pei Chen Juei-Jueng, L Chin-Song, L et al (2011), Carbamazepine-Induced Toxic Effects and HLA-B*1502 Screening in Taiwan, The New England Journal of Medicine, 364(12) [67] Prugnolle, F et al (2005), pathogen-driven selection and worldwide hla class I diversity, Curr Biol, 15(11), pp 1022-1027 [68] Quinn, A.M Brown, K Bonish, B.K (2005), Uncovering histologic criteria with prognostic significance in toxic epidermal necrolysis, Arch Dermatol, 141(6), pp 683-697 [69] Rothman, K.J Monson, R.R (1973), Epidemiology of trigeminal neuralgia, Journal of Chronic Diseases, 26 [70] Roujeau, J.C Stern, R.S (1994), Severe adverse cutaneous reactions to drugs, N Engl J Med, 331(19), pp 1272-1285 [71] Somkrua, R et al (2011), Association of HLA-B*5801 allele and allopurinolinduced Stevens Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis: a systematic review and meta-analysis, BMC Med Genet, 12, p 118 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn [72] Steven G E Marsh, Peter Parham, Linda D Barber (2000), 2-Human Leukocyte Antigens (HLA) Determine Histocpmpatibility in Transplantation In Baber, S.G.E.M.P.D (Ed.), The HLA FactsBook, Academic Press London, pp 5-6 [73] Stewart, C.A et al (2004), Complete MHC haplotype sequencing for common disease gene mapping, Genome Res, 14(6), 1176-1187 [74] Tangamornsuksan, W Chaiyakunapruk, N Somkrua, R Lohitnavy, M Tassaneeyakul, W (2013), Relationship between the HLA-B*1502 allele and carbamazepine-induced Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis: a systematic review and meta-analysis, JAMA Dermatol, 149(9), pp 1025-1032 [75] Valeyrie-Allanore, L et al (2014), Mechanisms that limit proliferative potential of drug-specific LTT in drug-induced severe cutaneous adverse reaction patients, Clinical and Translational Allergy, 4(Suppl 3), pp O1 [76] Virakul, S Kupatawintu, P Nakkuntod, J et al (2012), A nested sequencespecific primer-polymerase chain reaction for the detection of HLA-B*15:02, Tissue Antigens, 79(4), pp 295-301 [77] Wang, Q et al (2011), Association between HLA-B*1502 allele and carbamazepine-induced severe cuataneous adverse reactions in Han people of southern China mainland, Seizure, 20(6), pp 446-448 [78] Yu, N et al (1998), Typing of HLA-B*15 alleles using sequence-specific primers, Tissue Antigens, 52(3), pp 260-269 [79] Ziemer, M.K Liss, S.H Mockenhaupt, Y M (2012), Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis in patients with lupus erythematosus: a descriptive study of 17 cases from a national registry and review of the literature, Br J Dermatol, 166(3), pp 575-600 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn ... carbamazepine (CBZ) b? ??nh nhân động kinh cần thiết Chính vậy, chúng tơi thực đề tài: ? ?Tối ưu hóa quy trình real- time PCR phát alen HLA- B* 15: 02 điều trị b? ??nh động kinh với thuốc carbamazepine? ?? 19... thực hiện: Tháng 7-2017 đến tháng 7-2018 Mục tiêu: tối ưu hóa quy trình real- time PCR phát alen HLA- B* 15: 02 điều trị b? ??nh động kinh với thuốc carbamazepine Nội dung chính: - Tối ưu hoá điều kiện... NGHỆ CẤP TRƢỜNG Thơng tin chung: - Tên đề tài: TỐI ƢU HĨA QUY TRÌNH REAL- TIME PCR PHÁT HIỆN ALEN HLA- B* 15: 02 TRONG ĐIỀU TRỊ B? ??NH ĐỘNG KINH VỚI THUỐC CARBAMAZEPINE - Mã số: - Chủ nhiệm đề tài: PGS.TS