Phân tích các biến đổi ở 3 protein vỏ fiber penton và hexon của HAdV 3 gây bệnh đau mắt đỏ phân lập ở việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  Lê Tuấn Anh PHÂN TÍCH CÁC BIẾN ĐỔI Ở PROTEIN VỎ FIBER, PENTON VÀ HEXON CỦA HADV-3 GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2019 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  Lê Tuấn Anh PHÂN TÍCH CÁC BIẾN ĐỔI Ở PROTEIN VỎ FIBER, PENTON VÀ HEXON CỦA HADV-3 GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 8420101.21 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Nguyễn Văn Sáng Hà Nội - 2019 LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Văn Sáng – giảng viên Bộ môn Di truyền học, Khoa Sinh học, Trường đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN - người thầy ln tận tình hướng dẫn, giúp tiếp thu nhiều kiến thức kỹ thuật chuyên môn tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ tơi suốt q trình thực luận văn Những dẫn thầy định hướng quan trọng giúp tơi hồn thành tốt luận văn cao học bước tự tin đường khoa học Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới thầy cô Bộ môn Di truyền học: PGS TS Nguyễn Thị Hồng Vân, TS Đỗ Thị Phúc, TS Trần Đức Long, ThS Trần Thùy Anh, thầy cô công tác Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Cảm ơn thầy cô hết lòng giảng dạy kiến thức quý báu giúp đỡ suốt hai năm học vừa qua Chúng tơi xin chân thành cảm ơn Phịng thí nghiệm Nghiên cứu Sinh học Phân tử Tế bào, Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Sự sống, Khoa Sinh học tạo điều kiện cho suốt trình thực đề tài Nghiên cứu tài trợ Đại học Quốc gia Hà Nội đề tài mã số QG.17.19 Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn gia đình, bạn bè người thân – người bên cạnh, tạo điều kiện động viên, cho động lực để phấn đấu trình học tập trình thực luận văn Hà Nội, ngày 24 tháng 11 năm 2019 Học viên Lê Tuấn Anh BẢNG KÝ HIỆU CHỮ VIẾT TẮT µL Microliter µM Micromol ADN Acid Deoxyribonucleic bp Base pairs CAR Coxsackie and Adenovirus Receptor DF Dodecahedron-fiber GON Group of nine GOS Group of six HAdV Human Adenovirus HVR Hypervariable region IgA Immunoglobulin A IgG Immunoglobulin G NGS Next Generation Sequencing PCR Polymerase Chain Reaction SCR Short Consensus Repeats SNP Single nucleotide polymorphism UV Ultra violet DANH MỤC BẢNG Bảng 1: Các chủng HAdV bệnh gây [22] Bảng 2: Giá trị pI số pH axit amin 14 Bảng 3: Thành phẩn phản ứng PCR 20 Bảng 4: Chu trình nhiệt phản ứng PCR 20 Bảng 5: Mồi khuếch đại gen fiber HAdV-3 Việt Nam 23 Bảng 6: Các biến đổi gen fiber HAdV-3 Việt Nam so với trình tự tham chiếu 25 Bảng 7: Các biến đổi axit amin đầu tương tác fiber 29 Bảng 8: Mồi khuếch đại gen penton HAdV-3 Việt Nam 30 Bảng 9: Các biến đổi gen penton HAdV-3 Việt Nam so với trình tự tham chiếu 33 Bảng 10: Các biến đổi axit amin protein penton .36 Bảng 11: Mồi khuếch đại gen hexon HAdV-3 Việt Nam .37 Bảng 12: Các biến đổi gen hexon HAdV-3 Việt Nam so với trình tự tham chiếu 40 Bảng 13: Các biến đổi axit amin protein hexon .44 DANH MỤC HÌNH Hình 1: Mơ tả cấu trúc HAdV [63] Hình 2: Cấu trúc fiber liên kết với penton Hình 3: Sự liên kết fiber domain SCR1-2 thụ thể CD46 [40] .10 Hình 4: Sự liên kết GON GOS tạo nên vỏ capsid HAdV [8] 11 Hình 5: Cấu trúc axit amin [59] 13 Hình 6: Cấu trúc chuỗi xoắn α nếp gấp β [3] .15 Hình 7: Liên kết kỵ nước cầu disulfua cấu trúc bậc protein [59] 16 Hình 8: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen fiber 24 Hình 9: Hình ảnh tín hiệu giải trình tự gen fiber HAdV-3 Việt Nam 24 Hình 10: Hình ảnh kết so sánh trình tự ADN axit amin gen fiber 26 Hình 11: Hình ảnh xếp chồng đầu tương tác protein fiber HAdV .27 Hình 12: Đầu tương tác fiber HAdV-3 Việt Nam domain SCR1-2 thụ thể CD46 28 Hình 13: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen penton 31 Hình 14: Hình ảnh tín hiệu giải trình tự gen penton HAdV-3 Việt Nam 31 Hình 15: Hình ảnh kết so sánh trình tự ADN axit amin gen penton .32 Hình 16: Protein penton HAdV-3 Việt Nam axit amin biến đổi 35 Hình 17: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen hexon 38 Hình 18: Hình ảnh tín hiệu giải trình tự gen hexon HAdV-3 Việt Nam 38 Hình 19: Hình ảnh kết so sánh trình tự ADN axit amin gen hexon 39 Hình 20: Protein hexon HAdV-3 Việt Nam dạng monomer axit amin biến đổi 43 Hình 21: Biến đổi G42A M884L cấu trúc trimer hexon .43 MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chương TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan bệnh đau mắt đỏ .3 1.2 Tổng quan Human adenovirus 1.3 Phản ứng hệ miễn dịch với HAdV 1.4 Cơ chế xâm nhiễm HAdV 1.5 Các protein vỏ HAdV 1.6 Ưu điểm hạn chế phương pháp giải trình tự Sanger 12 1.7 Tổng quan axit amin 12 1.8 Cấu trúc protein .15 1.9 Phương pháp phân tích mơ cấu trúc protein .17 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 Đối tượng nghiên cứu 19 2.2 Phương pháp nghiên cứu .19 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 3.1 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein fiber HAdV-3 Việt Nam .23 3.2 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein penton HAdV-3 Việt Nam .30 3.3 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein hexon HAdV-3 Việt Nam .37 Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 46 4.1 Kết luận 46 4.2 Kiến nghị 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO 47 ĐẶT VẤN ĐỀ Đau mắt đỏ (tên tiếng Anh: pink-eye conjunctivitis) bệnh mắt phổ biến giới Bệnh thường khơng nguy hiểm đến tính mạng có mức độ lây truyền nhanh người dân, gây hệ lụy sức khỏe cho cộng đồng [16, 32, 36, 49] Nguyên nhân chủ yếu gây đau mắt đỏ vi-rút Human Adenovirus (HAdV) Các thành phố lớn Việt Nam có mật độ dân cư dày đặc môi trường lý tưởng cho chủng vi-rút lan truyền Cho đến nay, nghiên cứu HAdV Việt Nam dừng lại việc xác định phân loại [24, 27] Các nghiên cứu trước HAdV-3 chủng phổ biến gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam Nếu khơng có nghiên cứu sâu vào phân tích protein cấu trúc vỏ HAdV-3 khó để Việt Nam ứng phó kịp thời xuất chủng biến đổi có độc lực cao Vì vậy, chúng tơi thực đề tài nghiên cứu “Phân tích biến đổi protein vỏ Fiber, Penton Hexon HAdV-3 gây bệnh đau mắt đỏ phân lập Việt Nam” với mục tiêu cụ thể: Giải mã trình tự đoạn ADN mã hóa protein Fiber, Penton Hexon chủng HAdV-3 - chủng gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam Phát biến đổi trình tự dẫn đến thay đổi cấu trúc protein nêu Phân tích hậu biến đổi cấu trúc tới khả xâm nhiễm gây bệnh HAdV-3 Việt Nam Nghiên cứu cung cấp nhiều thông tin ADN cấu trúc protein vỏ HAdV-3 Việt Nam giới Kết từ nghiên cứu so sánh với công bố giới để đánh giá mức độ biến đổi làm mốc nghiên cứu tốc độ biến đổi trình tự ADN HAdV-3 Việt Nam tương lai Đây tiền đề cho nghiên cứu chuyên sâu hệ protein chủng virút này, góp phần định hướng nghiên cứu cách phòng tránh lây lan HAdV-3 Việt Nam giới Các kết nghiên cứu chấp nhận đăng tạp chí khoa học Bộ Khoa học Cơng nghệ Bảng 13: Các biến đổi axit amin protein hexon Vị trí biến đổi Axit amin ban đầu Giá trị pI Chỉ số H Axit amin thay Giá trị pI Chỉ số H G42A G (Glycine) 6,06 -0,4 A (Alanine) 6,11 1,8 G141R G (Glycine) 6,06 -0,4 R (Arginine) 10,76 -4,5 E299G E (Glutamate) 3,08 -3,5 G (Glycine) 6,06 -0,4 N302D N (Asparagine) 5,41 -3,5 D (Aspartate) 2,87 -3,5 N411D N (Asparagine) 5,41 -3,5 D (Aspartate) 2,87 -3,5 T418R T (Threonine) 5,60 -0,7 R (Arginine) 10,76 -4,5 T429A T (Threonine) 5,60 -0,7 A (Alanine) 6,11 1,8 A439D A (Alanine) 6,11 1,8 D (Aspartate) 2,87 -3,5 P440T P (Proline) 6,30 -1,6 T (Threonine) 5,60 -0,7 T445A T (Threonine) 5,60 -0,7 A (Alanine) 6,11 1,8 M884L M (Methionine) 5,74 1,9 L (Leucine) 6,04 3,8 Trong hai biến đổi nằm mặt phía hexon, biến đổi M884L nằm vị trí tiếp xúc trimer hexon (Hình 21B) Tại vị trí này, axit amin L có số H 3,8 (rất kị nước) thay cho M có số H 1,9 (ít kị nước), cho thấy vị trí biến đổi làm tăng độ liên kết trimer hexon, giúp lớp vỏ bảo vệ vi-rút có cấu trúc bền vững ổn định Biến đổi cuối - G42A nằm phần lõi, mặt hexon (Hình 21A), vị trí bám protein VI [30, 64], có chức quan trọng việc phân tách protein tiền thân cần thiết cho hoàn thiện cấu trúc xâm nhiễm vi-rút Axit amin G trung tính (chỉ số H -0,4) bị biến đổi thành A kị nước (chỉ số H 1,8), giúp protein VI bám vào hexon ổn định hơn, từ tăng cường độc lực vi-rút Ngồi ra, kết vùng trình tự axit amin tạo cuộn xoắn α nếp gấp β hình thành nên cấu trúc khung hexon HAdV-3 Việt Nam bảo thủ, điều thống với kết khác cấu trúc hexon HAdV-26, HAdV-5 HAdV2 gần trùng khớp với nhau, ngoại trừ số vùng HVRs [48, 71] 44 Nhìn chung, đa số biến đổi axit amin protein hexon nằm rải rác vùng siêu biến (mặt vỏ capsid) Điều có khả cao giúp HAdV-3 tiến hóa để trốn tránh hệ miễn dịch bệnh nhân Chỉ có hai biến đổi G42A M884L dự đoán có khả tăng cường sức sống độc lực HAdV-3 Việt Nam 45 Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Từ kết nêu trên, rút kết luận sau: 1- Chúng giải mã thành công trình tự ADN gen fiber, penton hexon chủng HAdV-3 gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam Tổng chiều dài gen nêu 960 bp, 1635 bp, 2835 bp 2- Chúng tơi phát biển đổi trình tự ADN gen nêu so với trình tự tham chiếu giới Các biển đổi dự đoán dẫn tới biến đổi axit amin protein tương ứng Cụ thể, gen fiber, penton, hexon có 15, 24, 42 biển đổi trình tự ADN Ba protein tương ứng có 10, 5, 11 biến đổi axit amin Những tính tốn tỉ lệ cho thấy, gen protein fiber dường có tỉ lệ biển đổi ADN cao tỉ lệ biến đổi axit amin cao Trong đó, penton ln gen/protein có tỉ lệ thấp tiêu chí 3- Cả protein fiber, penton, hexon dự đốn có biến đổi tiềm ẩn nguy cao gây hại cho người Cụ thể, biến đổi axit amin protein fiber có nguy làm thay đổi tương tác protein với thụ thể CD46 bệnh nhân Ở protein penton, biến đổi có khả cao làm tăng khả xâm nhiễm độc lực vi-rút Còn hexon, biến đổi lại mang đến nguy giúp vi-rút lẩn trốn khỏi hệ miễn dịch tăng cường sức sống 4.2 Kiến nghị Chúng xin kiến nghị hàng năm thực phân tích biến đổi gen fiber, penton, hexon HAdV-3 nói riêng chủng HAdV gây bệnh đau mắt đỏ Việt Nam nói chung Việc làm cần thiết để theo dõi q trình tiến hóa loại vi-rút này, từ giúp tìm cách phịng tránh điều trị bệnh hiệu 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO Al-Haggar, M., et al (2012), "A novel homozygous p.Arg527Leu LMNA mutation in two unrelated Egyptian families causes overlapping mandibuloacral dysplasia and progeria syndrome", Eur J Hum Genet, 20(11): pp 1134-40 Allawi, H.T and J SantaLucia, Jr (1997), "Thermodynamics and NMR of internal G.T mismatches in DNA", Biochemistry, 36(34): pp 10581-94 Avissar, Y., et al.(2018), "Biology: OpenStax".pp 91 Azari, A.A and N.P Barney (2013), "Conjunctivitis: a systematic review of diagnosis and treatment", JAMA, 310(16): pp 1721-9 Bergelson, J.M., et al (1997), "Isolation of a common receptor for Coxsackie B viruses and adenoviruses and 5", Science, 275(5304): pp 1320-3 Berk, A.J.(2007), "Fields virology", 5th ed Vol 2, Philadelphia: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins.pp Buckwalter, S.P., et al (2012), "Real-time qualitative PCR for 57 human adenovirus types from multiple specimen sources", J Clin Microbiol, 50(3): pp 766-71 Burnett, R.M (1985), "The structure of the adenovirus capsid II The packing symmetry of hexon and its implications for viral architecture", J Mol Biol, 185(1): pp 125-43 Burnett, R.M., M.G Grutter, and J.L White (1985), "The structure of the adenovirus capsid I An envelope model of hexon at A resolution", J Mol Biol, 185(1): pp 105-23 10 Chothia, C and A.M Lesk (1986), "The relation between the divergence of sequence and structure in proteins", EMBO J, 5(4): pp 823-6 11 Clancy, S (2008), "Genetic Mutation", Nature Education, 1(1): pp 187 12 Collins, F.S., M.S Guyer, and A Charkravarti (1997), "Variations on a theme: cataloging human DNA sequence variation", Science, 278(5343): pp 1580-1 47 13 Cupelli, K., et al (2010), "Structure of adenovirus type 21 knob in complex with CD46 reveals key differences in receptor contacts among species B adenoviruses", J Virol, 84(7): pp 3189-200 14 DeLano, W.L (2002), "The PyMOL Molecular Graphics System, Educationnal Version Schrödinger, LLC", 15 Durmort, C., et al (2001), "Structure of the fiber head of Ad3, a non-CARbinding serotype of adenovirus", Virology, 285(2): pp 302-12 16 Erdman, D.D., et al (2002), "Molecular epidemiology of adenovirus type in the United States, 1966-2000", Emerg Infect Dis, 8(3): pp 269-77 17 Fender, P., et al (2012), "Impact of human adenovirus type dodecahedron on host cells and its potential role in viral infection", J Virol, 86(9): pp 53805 18 Fender, P., et al (1997), "Adenovirus dodecahedron, a new vector for human gene transfer", Nat Biotechnol, 15(1): pp 52-6 19 Filleul, L., et al (2018), "Costs of Conjunctivitis Outbreak, Reunion Island, France", Emerg Infect Dis, 24(1): pp 168-170 20 Flomenberg, P., et al (1995), "Characterization of human proliferative T cell responses to adenovirus", J Infect Dis, 171(5): pp 1090-6 21 Gaggar, A., D.M Shayakhmetov, and A Lieber (2003), "CD46 is a cellular receptor for group B adenoviruses", Nat Med, 9(11): pp 1408-12 22 Ghebremedhin, B (2014), "Human adenovirus: Viral pathogen with increasing importance", Eur J Microbiol Immunol (Bp), 4(1): pp 26-33 23 Gooding, L.R and W.S Wold (1990), "Molecular mechanisms by which adenoviruses counteract antiviral immune defenses", Crit Rev Immunol, 10(1): pp 53-71 24 Ha, N.V., et al (2016), "Method Development for Detection and Classification of Conjunctivitis-Causing Adenoviruses in Human", VNU Journal of Science: Natural Sciences and Technology, 32(1S) 48 25 Hall, T.A (1999), "BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT", Nucleic Acids Symposium Series, 41(pp 95-98 26 Huang, G.H and W.B Xu (2013), "[Recent advance in new types of human adenovirus]", Bing Du Xue Bao, 29(3): pp 342-8 27 Jin, X.H., et al (2006), "Molecular epidemiology of adenoviral conjunctivitis in Hanoi, Vietnam", Am J Ophthalmol, 142(6): pp 1064-6 28 Kyte, J and R.F Doolittle (1982), "A simple method for displaying the hydropathic character of a protein", J Mol Biol, 157(1): pp 105-32 29 Lewis, P.F., et al (2009), "A community-based outbreak of severe respiratory illness caused by human adenovirus serotype 14", J Infect Dis, 199(10): pp 1427-34 30 Liu, H., et al (2010), "Atomic structure of human adenovirus by cryo-EM reveals interactions among protein networks", Science, 329(5995): pp 103843 31 Lu, Z.Z., et al (2013), "Penton-dodecahedral particles trigger opening of intercellular junctions and facilitate viral spread during adenovirus serotype infection of epithelial cells", PLoS Pathog, 9(10): pp e1003718 32 Lynch, J.P., 3rd and A.E Kajon (2016), "Adenovirus: Epidemiology, Global Spread of Novel Serotypes, and Advances in Treatment and Prevention", Semin Respir Crit Care Med, 37(4): pp 586-602 33 Madisch, I., et al (2007), "Phylogenetic analysis and structural predictions of human adenovirus penton proteins as a basis for tissue-specific adenovirus vector design", J Virol, 81(15): pp 8270-81 34 Mahr, J.A and L.R Gooding (1999), "Immune evasion by adenoviruses", Immunol Rev, 168(pp 121-30 35 Matsui, K., et al (2008), "Monitoring of adenovirus from conjunctival scrapings in Japan during 2005 2006", J Med Virol, 80(6): pp 997-1003 49 36 Meyer-Rusenberg, B., et al (2011), "Epidemic keratoconjunctivitis: the current situation and recommendations for prevention and treatment", Dtsch Arztebl Int, 108(27): pp 475-80 37 Nemerow, G.R., P.L Stewart, and V.S Reddy (2012), "Structure of human adenovirus", Curr Opin Virol, 2(2): pp 115-21 38 O'Brien, T.P., et al (2009), "Acute conjunctivitis: truth and misconceptions", Curr Med Res Opin, 25(8): pp 1953-61 39 Onion, D., et al (2007), "The CD4+ T-cell response to adenovirus is focused against conserved residues within the hexon protein", J Gen Virol, 88(Pt 9): pp 2417-25 40 Persson, B.D., et al (2010), "Structure of the extracellular portion of CD46 provides insights into its interactions with complement proteins and pathogens", PLoS Pathog, 6(9): pp e1001122 41 Pichla-Gollon, S.L., et al (2007), "Structure-based identification of a major neutralizing site in an adenovirus hexon", J Virol, 81(4): pp 1680-9 42 Pommie, C., et al (2004), "IMGT standardized criteria for statistical analysis of immunoglobulin V-REGION amino acid properties", J Mol Recognit, 17(1): pp 17-32 43 Richards, A and J.A Guzman-Cottrill (2010), "Conjunctivitis", Pediatr Rev, 31(5): pp 196-208 44 Risch, N and K Merikangas (1996), "The future of genetic studies of complex human diseases", Science, 273(5281): pp 1516-7 45 Roelvink, P.W., et al (1998), "The coxsackievirus-adenovirus receptor protein can function as a cellular attachment protein for adenovirus serotypes from subgroups A, C, D, E, and F", J Virol, 72(10): pp 7909-15 46 Rose, P.W., et al (2005), "Chloramphenicol treatment for acute infective conjunctivitis in children in primary care: a randomised double-blind placebocontrolled trial", Lancet, 366(9479): pp 37-43 50 47 Roy, S., et al (1998), "Circumvention of immunity to the adenovirus major coat protein hexon", J Virol, 72(8): pp 6875-9 48 Rux, J.J., P.R Kuser, and R.M Burnett (2003), "Structural and phylogenetic analysis of adenovirus hexons by use of high-resolution x-ray crystallographic, molecular modeling, and sequence-based methods", J Virol, 77(17): pp 9553-66 49 Sambursky, R., et al (2006), "The RPS adeno detector for diagnosing adenoviral conjunctivitis", Ophthalmology, 113(10): pp 1758-64 50 Sarantis, H., et al (2004), "Comprehensive detection and serotyping of human adenoviruses by PCR and sequencing", J Clin Microbiol, 42(9): pp 3963-9 51 Segerman, A., et al (2003), "Adenovirus type 11 uses CD46 as a cellular receptor", J Virol, 77(17): pp 9183-91 52 Sheikh, A and B Hurwitz (2005), "Topical antibiotics for acute bacterial conjunctivitis: Cochrane systematic review and meta-analysis update", Br J Gen Pract, 55(521): pp 962-4 53 Singh-Naz, N and W Rodriguez (1996), "Adenoviral infections in children", Adv Pediatr Infect Dis, 11(pp 365-88 54 Sirena, D., et al (2004), "The human membrane cofactor CD46 is a receptor for species B adenovirus serotype 3", J Virol, 78(9): pp 4454-62 55 Smith, A.F and C Waycaster (2009), "Estimate of the direct and indirect annual cost of bacterial conjunctivitis in the United States", BMC Ophthalmol, 9(pp 13 56 Szolajska, E., et al (2012), "The structural basis for the integrity of adenovirus Ad3 dodecahedron", PLoS One, 7(9): pp e46075 57 Tischer, S., et al (2016), "Discovery of immunodominant T-cell epitopes reveals penton protein as a second immunodominant target in human adenovirus infection", J Transl Med, 14(1): pp 286 51 58 Tomko, R.P., R Xu, and L Philipson (1997), "HCAR and MCAR: the human and mouse cellular receptors for subgroup C adenoviruses and group B coxsackieviruses", Proc Natl Acad Sci U S A, 94(7): pp 3352-6 59 Urry, L.A., et al.(2017), "Campbell biology", Eleventh edition ed New York, NY: Pearson Education, Inc.pp 60 Walls, T., A.G Shankar, and D Shingadia (2003), "Adenovirus: an increasingly important pathogen in paediatric bone marrow transplant patients", Lancet Infect Dis, 3(2): pp 79-86 61 Walsh, M.P., et al (2009), "Evidence of molecular evolution driven by recombination events influencing tropism in a novel human adenovirus that causes epidemic keratoconjunctivitis", PLoS One, 4(6): pp e5635 62 Waterhouse, A., et al (2018), "SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes", Nucleic Acids Res, 46(W1): pp W296W303 63 Waye, M.M.Y and C.W Sing (2010), "Anti-viral drugs for human adenoviruses", Pharmaceuticals, 3(10): pp 3343-3354 64 Wiethoff, C.M., et al (2005), "Adenovirus protein VI mediates membrane disruption following capsid disassembly", J Virol, 79(4): pp 1992-2000 65 Wohlfart, C (1988), "Neutralization of adenoviruses: kinetics, stoichiometry, and mechanisms", J Virol, 62(7): pp 2321-8 66 Wold, W.S., T.W Hermiston, and A.E Tollefson (1994), "Adenovirus proteins that subvert host defenses", Trends Microbiol, 2(11): pp 437-43 67 Wood, S.R., et al (1997), "Rapid detection and serotyping of adenovirus by direct immunofluorescence", J Med Virol, 51(3): pp 198-201 68 Woodland, R.M., et al (1992), "Causes of conjunctivitis and keratoconjunctivitis in Karachi, Pakistan", Trans R Soc Trop Med Hyg, 86(3): pp 317-20 69 Yabe, Y., et al (1964), "Oncogenic Effect of Human Adenovirus Type 12, in Mice", Science, 143(3601): pp 46-7 52 70 Yabe, Y., J.J Trentin, and G Taylor (1962), "Cancer induction in hamsters by human type 12 adenovirus Effect of age and of virus dose", Proc Soc Exp Biol Med, 111(pp 343-4 71 Yu, X., et al (2017), "Cryo-EM structure of human adenovirus D26 reveals the conservation of structural organization among human adenoviruses", Sci Adv, 3(5): pp e1602670 72 Zubieta, C., et al (2005), "The structure of the human adenovirus penton", Mol Cell, 17(1): pp 121-35 73 Ryder, E.C and S Benson, Conjunctivitis, in StatPearls 2019: Treasure Island (FL) 74 American-Optometric-Association Conjunctivitis, www.aoa.org/patientsand-public/eye-and-vision-problems/glossary-of-eye-and-visionconditions/conjunctivitis, [cited 12 November, 2019] 75 Gompf, S.G Adenovirus, https://emedicine.medscape.com/article/211738overview, [cited 12 November, 2019] 76 Heiting, G Pink eye: Symptoms and treatments, www.allaboutvision.com/conditions/conjunctivitis.htm, [cited 12 November, 2019] 77 Human-Adenovirus-Working-Group Human Adenovirus Genotype Classification, hadvwg.gmu.edu/, [cited 12 November, 2019] 78 Kozarsky, A Conjunctivitis (Pinkeye), www.webmd.com/eye-health/eyehealth-conjunctivitis#2, [cited 12 November, 2019] 79 SIB-Bioinformatics-Resource-Portal Mastadenovirus, viralzone.expasy.org/183?outline=all_by_species, [cited 12 November, 2019] 80 Soult, A Amino acids, https://chem.libretexts.org/Courses/University_of_Kentucky/UK%3A_CHE_ 103_- 53 _Chemistry_for_Allied_Health_(Soult)/Chapters/Chapter_13%3A_Amino_ Acids_and_Proteins/13.1%3A_Amino_Acids, [cited 19 November, 2019] 81 ThermoFisher When Do I Use Sanger Sequencing vs NGS, https://www.thermofisher.com/blog/behindthebench/when-do-i-use-sangersequencing-vs-ngs-seq-it-out-7/, [cited January, 2019] 54 PHỤ LỤC - Trình tự gen fiber HAdV-3 Việt Nam ATGGCCAAGCGAGCTCGGCTAAGCACTTCCTTCAACCCGGTGTACCCTTATGA AGATGAAAGCAACTTACAACACCCATTTATAAATCCTGGTTTCATTTCCCCTGA CGGGTTCACACAAAGTCCAAACGGGGTTTTAAGTCTTAAATGTGTTAATCCACT TACCACTGCAAGCGGCTCCCTCCAACTTAAAGTGGGAAGTGGTCTTACAGTAG ACACTACTGATGGATCCTTAGAAGAAAACATCAAAGTTAACACCCCCCTAACA AAGTCAAACCATTCTATAAATTTACCAATAGGAAACGGTTTGCAAATAGAACA AAACAAACTTTGCAGTAAGCTCGGAAATGGTCTTACATTTGACTCTTCCAATTC TATTGCACTCAAAAATAACACTTTATGGACAGGTCCAAAACCAGAAGCCAACT GCATAATTGAATACGGGAAAGAAAACCCAGATAGCAAACTAACTTTAATCCTT GTAAAAAATGGAGGAATTGTTAATGGATATGTAACGCTAATGGGAGCCTCAGA CTATGTTAACACCTTATTTAAAAACAAAAATGTCTCCATTAATGTAGAATTATA CTTTGATGCCACTGGTCATATATTACCAGACTTATCTTCTCTTAAAACAGATCT ACAACTAAAATACAAGCAAACCACTCACTTTAGTGCAAGAGGTTTTATGCCAA GTACTACAGCGTATCCATTTGTCCTTCCTAATGCGGGAACAGATAATGAAAATT ATATTTTTGGTCAATGCTACTACAAAGCAAGCGATGGCGCCCTTTTTCCGTTGG AAGTTACTGTTACGCTTAATAAACGCCTGCCAGATAGTCGCACATCCTATGTTA TGACTTTTTTATGGTCCTTGAATGCTGGTCTAGCTCCAGAAACTACTCAGGCAA CCCTCATAACCTCCCCATTTACCTTTTCCTATATTACAGAAGATGACTGA - Trình tự protein fiber HAdV-3 Việt Nam MAKRARLSTSFNPVYPYEDESNLQHPFINPGFISPDGFTQSPNGVLSLKCVNPLTTA SGSLQLKVGSGLTVDTTDGSLEENIKVNTPLTKSNHSINLPIGNGLQIEQNKLCSKL GNGLTFDSSNSIALKNNTLWTGPKPEANCIIEYGKENPDSKLTLILVKNGGIVNGYV TLMGASDYVNTLFKNKNVSINVELYFDATGHILPDLSSLKTDLQLKYKQTTHFSAR GFMPSTTAYPFVLPNAGTDNENYIFGQCYYKASDGALFPLEVTVTLNKRLPDSRTS YVMTFLWSLNAGLAPETTQATLITSPFTFSYITEDD - Trình tự gen penton HAdV-3 Việt Nam ATGAGGAGACGAGCCGTGCTAGGCGGAGCGGTGGTGTATCCGGAGGGTCCTCC TCCTTCTTACGAGAGCGTGATGCAGCAACAGGCGGCGATGCTACAGCCCCCAC TGGAGGCTCCCTTCGTACCCCCGCGGTACCTGGCGCCTACGGAAGGGAGAAAC AGCATTCGTTACTCGGAGCTGTCGCCCCTGTACGATACCACCAAGTTGTATCTG GTGGACAACAAGTCGGCGGACATTGCCTCCCTGAACTATCAGAACGACCACAG CAACTTCCTGACCACGGTGGTGCAGAACAATGACTTTACCCCCACGGAGGCTA GCACCCAGACCATCAACTTTGACGAGCGGTCGCGATGGGGCGGTCAGCTGAAG ACCATCATGCACACCAACATGCCCAACGTGAACGAGTACATGTTCAGCAACAA GTTCAAGGCGAGGGTGATGGTGTCCAGAAAGGCTCCTGAAGGTGTTATAGTAA ATGACACCTATGATCATAAAGAGGATATCTTAAAGTATGAGTGGTTTGAGTTC ACTTTACCAGAAGGCAACTTCTCAGCCACCATGACCATTGACCTGATGAACAA TGCCATCATTGACAACTACCTGGAAATTGGCAGACAAAATGGAGTGCTGGAAA GTGACATTGGTGTTAAGTTTGACACTAGAAACTTTAGGCTCGGGTGGGACCCC GAAACTAAGTTGATTATGCCAGGAGTCTACACTTATGAGGCATTCCATCCTGA CATTGTTTTGCTGCCTGGTTGCGGGGTAGACTTTACTGAAAGCCGACTTAGCAA CTTGCTTGGCATCAGGAAAAGACATCCATTCCAGGAGGGTTTCAAAATTATGT ATGAAGATCTTGAAGGGGGTAATATTCCTGCCCTTTTGGATGTCACTGCCTATG AGGAAAGCAAAAAGGATACCACTACTGAAACAACCACACTGGCTGTTGCAGA GGAAACTAGTGAAGATGATAATATAACTAGAGGAGATACTTATATAACTGAAA AACAAAAACGTGAAGCTGCAGCTGCTGAAGTTAAAAAAGAGTTAAAGATCCA ACCTCTAGAAAAAGACAGCAAGAGTAGAAGCTACAATGTCTTGGAAGACAAA ATCAACACGGCCTACCGCAGCTGGTACCTGTCCTACAATTACGGTAACCCCGA GAAAGGAATAAGGTCTTGGACACTGCTTACCACTTCAGATGTCACCTGTGGGG CAGAGCAGGTCTACTGGTCGCTCCCTGACATGATGCAAGACCCAGTCACCTTC CGCTCCACAAGACAAGTCAACAACTACCCAGTGGTGGGTGCAGAGCTTATGCC CGTCTTCTCAAAGAGTTTCTACAATGAGCAAGCCGTGTACTCTCAGCAGCTCCG ACAGACCACTTCGCTCACGCACGTCTTCAACCGCTTCCCTGAGAACCAGATCCT CATCCGCCCGCCGGCGCCCACAATTACCACCGTCAGTGAAAACGTTCCTGCTC TCACAGATCACGGGACCCTGCCGTTACGCAGCAGTATCCGGGGAGTCCAGCGC GTGACCGTTACTGACGCCAGACGCCGCACCTGTCCCTACGTTTACAAGGCCCT GGGCATAGTCGCGCCGCGCGTTCTTTCAAGCCGCACTTTCTAA - Trình tự protein penton HAdV-3 Việt Nam MRRRAVLGGAVVYPEGPPPSYESVMQQQAAMLQPPLEAPFVPPRYLAPTEGRNSI RYSELSPLYDTTKLYLVDNKSADIASLNYQNDHSNFLTTVVQNNDFTPTEASTQTI NFDERSRWGGQLKTIMHTNMPNVNEYMFSNKFKARVMVSRKAPEGVIVNDTYD HKEDILKYEWFEFTLPEGNFSATMTIDLMNNAIIDNYLEIGRQNGVLESDIGVKFDT RNFRLGWDPETKLIMPGVYTYEAFHPDIVLLPGCGVDFTESRLSNLLGIRKRHPFQ EGFKIMYEDLEGGNIPALLDVTAYEESKKDTTTETTTLAVAEETSEDDNITRGDTYI TEKQKREAAAAEVKKELKIQPLEKDSKSRSYNVLEDKINTAYRSWYLSYNYGNPE KGIRSWTLLTTSDVTCGAEQVYWSLPDMMQDPVTFRSTRQVNNYPVVGAELMPV FSKSFYNEQAVYSQQLRQTTSLTHVFNRFPENQILIRPPAPTITTVSENVPALTDHGT LPLRSSIRGVQRVTVTDARRRTCPYVYKALGIVAPRVLSSRTF - Trình tự gen hexon HAdV-3 Việt Nam ATGGCCACCCCATCGATGATGCCCCAATGGGCATACATGCACATCGCCGGACA GGATGCTTCGGAGTACCTGAGTCCGGGTCTGGTGCAGTTCGCCCGTGCAACAG ACACCTACTTCAGTATGGCGAACAAATTTAGAAACCCCACAGTGGCGCCCACC CACGATGTGACCACCGATCGTAGCCAGCGCCTGATGCTGCGCTTCGTGCCCGT TGACCGGGAAGACAATACCTACTCTTACAAAGTTCGCTACACGCTGGCTGTAG GCGACAACAGAGTGCTTGACATGGCCAGCACATTCTTTGACATTCGGGGGGTG CTTGATAGAGGTCCTAGCTTCAAGCCATATTCCGGCACAGCTTACAATTCACTC GCTCCTAAGGGCGCGCCCAATACATCTCAGTGGATAGTTACAACGAATCGAGA CAATGCAGTAACTACCACCACAAACACATTTGGCATTGCTTCCATGAAGGGAG ACAATATTACTAAAGAAGGTTTGCAAATTGGGAAAGACATTACCACTACTGAA GGAGAAGAAAAGCCCATTTATGCCGATAAAACATATCAGCCAGAGCCTCAAGT TGGAGAAGAATCATGGACTGATACTGATGGAACAAATGAAAAGTTTGGTGGA AGAGCCCTTAAACCAGCTACCAACATGAAGCCATGCTACGGGTCTTTTGCAAG ACCTACAAACATAAAAGGGGGCCAAGCTAAAAACAGAAAAGTAAAACCAACA ACCGAAGGAGGGGTTGAAACTGAGGAACCAGATATTGATATGGAATTTTTCGA TGGTAGAGATGCTGTTGCAGGAGCTTTAGCGCCTGAAATTGTGCTTTATACGG AAAATGTAAATTTGGAAACTCCAGACAGTCATGTGGTATATAAACCAGGAACG TCTGATAACTCTCATGCAAATTTGGGTCAACAAGCCATGCCTAACAGACCCAA TTACATTGGATTCAGGGATAACTTTGTAGGCCTAATGTACTACAACAGTACTGG AAATATGGGAGTTTTGGCTGGCCAAGCATCACAACTGAATGCAGTGGTTGACT TGCAGGACAGAAATACTGAACTGTCATATCAGCTTTTGCTTGATTCTCTGGGAG ACAGAACCAGATACTTCAGCATGTGGAATCAGGCTGTGGACAGTTACGATCCC GATGTTCGCATTATTGAAAATCATGGCATCGAGGATGAACTGCCTAATTACTGT TTTCCTCTGGATGGCATAGGACCAGGGCACAGGTATCAAGGCATTAAAGTTAA AACCGATGACGCTAATGGATGGGAAAAAGATGCTAATGTTGATACAGCTAATG AAATAGCCATAGGAAACAACCTGGCTATGGAAATTAATATCCAAGCTAACCTT TGGAGAAGTTTTCTGTACTCCAATGTGGCTTTGTACCTTCCAGATGTTTACAAG TACACGCCACCTAACATTACTTTGCCCACTAACACCAACACCTATGAGTACAT GAACGGGCGAGTGGTATCCCCATCTCTGGTTGATTCATACATCAACATCGGCG CCAGGTGGTCTCTTGACCCAATGGACAATGTGAATCCATTCAACCACCACCGC AATGCTGGTCTGCGCTACAGGTCCATGCTTCTGGGAAATGGTCGTTATGTGCCT TTCCACATACAAGTGCCTCAAAAATTCTTTGCTGTCAAAAACCTACTTCTTCTA CCTGGCTCCTACACCTACGAGTGGAACTTCAGAAAGGATGTGAACATGGTCCT GCAAAGTTCCCTTGGAAATGACCTCAGAACAGATGGTGCTACCATAAGTTTCA CCAGCATCAATCTCTATGCCACCTTCTTCCCCATGGCTCACAACACAGCTTCCA CCCTTGAAGCCATGCTGCGCAACGATACCAATGATCAGTCATTTAACGACTAC CTCTCTGCAGCTAACATGCTTTACCCCATTCCTGCCAATGCAACCAACATTCCA ATTTCCATCCCATCTCGCAACTGGGCAGCCTTCAGGGGCTGGTCCTTCACCAGG CTCAAAACCAAGGAGACTCCATCTCTTGGATCAGGGTTCGATCCCTACTTCGTA TATTCTGGATCTATTCCCTACCTGGATGGCACCTTCTACCTTAACCACACTTTCA AGAAGGTCTCCATCATGTTTGACTCCTCAGTCAGCTGGCCTGGCAATGACAGG CTGTTGAGCCCAAATGAGTTTGAAATCAAGCGCACTGTGGACGGGGAAGGATA CAACGTGGCACAATGCAACATGACCAAAGACTGGTTCCTAGTTCAGATGCTTG CCAACTACAACATTGGCTACCAGGGCTTTTACATCCCTGAGGGATACAAGGAT CGCATGTACTCCTTTTTCAGAAACTTCCAGCCTATGAGCAGGCAGGTGGTTGAT GAGGTTAATTACACTGACTACAAAGCCGTCACCTTACCATATCAACACAACAA CTCTGGCTTTGTAGGATACCTTGCGCCTACTATGAGACAAGGGGAACCTTACCC AGCCAATTATCCATACCCGCTCATCGGAACTACTGCCGTTAAAAGTGTTACCCA AAAAAAGTTCCTGTGCGACAGGACCATGTGGCGCATACCGTTCTCCAGCAACT TCATGTCCATGGGAGCCCTTACGGACCTGGGACAGAACCTGCTCTATGCCAAC TCGGCCCATGCGCTGGACATGACTTTTGAGGTGGATCCCATGGATGAGCCCAC CCTGCTTTATCTTCTTTTCGAAGTCTTCGACGTGGTCAGAGTGCACCAGCCACA CCGCGGCGTCATCGAGGCCGTCTACCTGCGCACACCGTTCTCGGCCGGCAACG CCACCACATAA - Trình tự protein hexon HAdV-3 Việt Nam MATPSMMPQWAYMHIAGQDASEYLSPGLVQFARATDTYFSMANKFRNPTVAPT HDVTTDRSQRLMLRFVPVDREDNTYSYKVRYTLAVGDNRVLDMASTFFDIRGVL DRGPSFKPYSGTAYNSLAPKGAPNTSQWIVTTNRDNAVTTTTNTFGIASMKGDNIT KEGLQIGKDITTTEGEEKPIYADKTYQPEPQVGEESWTDTDGTNEKFGGRALKPAT NMKPCYGSFARPTNIKGGQAKNRKVKPTTEGGVETEEPDIDMEFFDGRDAVAGA LAPEIVLYTENVNLETPDSHVVYKPGTSDNSHANLGQQAMPNRPNYIGFRDNFVG LMYYNSTGNMGVLAGQASQLNAVVDLQDRNTELSYQLLLDSLGDRTRYFSMWN QAVDSYDPDVRIIENHGIEDELPNYCFPLDGIGPGHRYQGIKVKTDDANGWEKDA NVDTANEIAIGNNLAMEINIQANLWRSFLYSNVALYLPDVYKYTPPNITLPTNTNT YEYMNGRVVSPSLVDSYINIGARWSLDPMDNVNPFNHHRNAGLRYRSMLLGNGR YVPFHIQVPQKFFAVKNLLLLPGSYTYEWNFRKDVNMVLQSSLGNDLRTDGATIS FTSINLYATFFPMAHNTASTLEAMLRNDTNDQSFNDYLSAANMLYPIPANATNIPIS IPSRNWAAFRGWSFTRLKTKETPSLGSGFDPYFVYSGSIPYLDGTFYLNHTFKKVSI MFDSSVSWPGNDRLLSPNEFEIKRTVDGEGYNVAQCNMTKDWFLVQMLANYNIG YQGFYIPEGYKDRMYSFFRNFQPMSRQVVDEVNYTDYKAVTLPYQHNNSGFVGY LAPTMRQGEPYPANYPYPLIGTTAVKSVTQKKFLCDRTMWRIPFSSNFMSMGALT DLGQNLLYANSAHALDMTFEVDPMDEPTLLYLLFEVFDVVRVHQPHRGVIEAVY LRTPFSAGNATT ... ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  Lê Tuấn Anh PHÂN TÍCH CÁC BIẾN ĐỔI Ở PROTEIN VỎ FIBER, PENTON VÀ HEXON CỦA HADV -3 GÂY BỆNH ĐAU MẮT ĐỎ PHÂN LẬP Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 8420101.21... 23 3.1 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein fiber HAdV -3 Việt Nam . 23 3.2 Kết giải trình tự phân tích cấu trúc protein penton HAdV -3 Việt Nam .30 3. 3 Kết... Bảng 6: Các biến đổi gen fiber HAdV -3 Việt Nam so với trình tự tham chiếu Nucleotide NC_0112 03. 1 HAdV -3 Việt Nam Axit amin biến đổi 31 432 G A S22N 31 435 C T S23L 31 706 A G - 31 751 G C - 31 815 C