TÁCH DÒNG GENE KERATINASE có KHẢ NĂNG PHÂN GIẢI KERATIN ở BACILLUS PUMILUS

TÁCH DỊNG GENE KERATINASE CĨ KHẢ NĂNG PHÂN GIẢI KERATIN Ở BACILLUS PUMILUS XÂY DỰNG PHƯƠNG ÁN TÁCH DÒNG GEN Muốn tách dịng gene ta cần có template loài sinh vật ống eppendorf Chúng ta cần phải khuếch đại lên đến nồng độ đủ lớn Muốn cần phải có primer thực để thực phản ứng PCR Để có mồi thực phù hợp trước tiên ta phải thiết kế mồi ảo nhờ phần mềm liệu ngân hàng liệu database Sau xác định cặp mồi ảo thích hợp tổng hợp mồi thật bắt đầu thực phản ứng PCR với template thực thực thao tác kĩ thuật gen để tách dòng gen theo dõi gen với mong muốn biểu tính trạng mong đợi TRÌNH TỰ THỰC HIỆN THIẾT KẾ MỒI ẢO NCBI Primer blast Chọn trình tự nucleotide Thiết kế đoạn mồi loài mà quan tâm NCBI CLUSTAL PRIMER OMEGA BLAST PCR TEST CHẠY BLAST Clustal omega PCR Test So sánh trình tự nu, xác định đoạn bảo thủ Chạy blast lấy kết PCR ảo, lấy kết Kiểm tra kết PCR ảo với đoạn mồi mà ta chọn protein có tỉ lệ giống cao 01 Bacillus licheniformis strain MKU3 02 Bacillus sp.MKR1 03 Bacillus sp.LCB12 04 Bacillus licheniformis strain BBE11-1 Khai thác liệu trang NCBI để tìm kiếm trình tự nucleotit vi sinh vật mà quan tâm Truy cập trang web Clustal Omega để so sánh tương đồng gen, xác định vùng bảo thủ gen KẾT QUẢ CHẠY CLUSTAL OMEGA VÀO PRIMER BLAST ĐỂ THIẾT KẾ CẶP MỒI -Nhập đoạn gene gần gũi với lồi quan tâm (BACILLUS PUMILUS) cụ thể Bacillus licheniformis strain BBE11-1 vào ô enter accession -Đoạn bảo thủ đoạn tương đồng Mồi xuôi: from 210 to 240 Mồi ngược: from 981 to 1011 PCR production size: thay đổi giá trị max 1500 Chương trình primer-blast xây dựng đoạn mồi phù hợp theo tiêu chí xếp theo thứ tự, mồi phù hợp xếp theo thứ tự 1,2,… *Kiểm tra tính đặc hiệu mồi +Yêu cầu cặp mồi dung phản ứng PCR +Độ dài từ 18-24bp o +Nhiệt độ bắt mồi mồi không chênh lệch C +Tỷ lệ GC%: 40-60%, tối ưu 50-55% +5 nucleotit cuối đầu 3’ cần có 2G C +Những nucleotit đầu 3’ phải bắt cặp xác với đoạn gene cần khuếch đại +Hạn chế khả tự liên kết mồi liên kết mồi với nhau: hạn chế đoạn lặp đoạn từ nucleotit trùng trở lên +Tránh vùng có cấu trúc bậc +Đặc hiệu gene cần khuyếch đại, không đặc hiệu vùng khác genome sinh vật khác Với 10 kết primer mà máy tìm được, cho chạy kết PCR với đoạn mồi vừa tìm Chọn đoạn gene lồi Bacillus licheniformis strain BBE11-1, paste đoạn mồi để chạy kết PCR Kết sản phẩm PCR với mồi Vào giao diện blast để chạy thử kết PCR vừa thu Trong giao diện này, phân tích liệu NCBI để xem có báo khoa học cơng bố có trình tự gene giống kết phân tích Đây kết phân tích Chúng ta nên chọn có trình tự có tỉ lệ tương đồng cao, vào đọc để nghiên cứu xem kết đoạn mồi Làm tương tự với đoạn mồi lại so sánh kết đoạn mồi KẾT LUẬN - Phân tích thơng tin cấu trúc gen : Truy cập sở liệu để thu thông tin cấu trúc chuỗi gen cần tách ( tạm gọi chuỗi khuôn ảo) Thông tin sử dụng làm sở để nghiên cứu thiết kế (hay lựa chọn ) đoạn mồi ảo tương ứng - Nhân khuếc đại thu nhận gen : ni hoạt hóa chủng mang gen để thu sinh khối -> xử lý để tách thu DNA tế bào -> sử dụng đoạn mồi thật thiết kế tiến hành phản ứng PCR với template loài sinh vật quan tâm ống eppendorf -> điện di tác tinh chế thu sản phẩm gen sau khuếch đại - Xác định cấu trúc gen tách dòng : gắn đoạn gen tách dịng vào vector mang thích hợp -> chèn vào tế bào chủ lựa chọn -> tiến hành lên men tách thu vector mang gen biểu -> áp dụng kĩ thuật thích hợp để xác định phân tích cấu trúc sản phẩm gen tách dịng  ... vừa thu Trong giao diện này, phân tích liệu NCBI để xem có báo khoa học cơng bố có trình tự gene giống kết phân tích Đây kết phân tích Chúng ta nên chọn có trình tự có tỉ lệ tương đồng cao, vào... ÁN TÁCH DỊNG GEN Muốn tách dịng gene ta cần có template lồi sinh vật ống eppendorf Chúng ta cần phải khuếch đại lên đến nồng độ đủ lớn Muốn cần phải có primer thực để thực phản ứng PCR Để có. .. gen tách dòng : gắn đoạn gen tách dòng vào vector mang thích hợp -> chèn vào tế bào chủ lựa chọn -> tiến hành lên men tách thu vector mang gen biểu -> áp dụng kĩ thuật thích hợp để xác định phân