Nghiên cứu tách dòng gen cry1ac kháng sâu từ các chủng baccillus thuringiensis(bt)

Họ tên: Tạ Thu Thủy MSSV: 20175242 Lớp: KTSH.02-K62 Nghiên cứu tách dòng gen Cry1Ac kháng sâu từ chủng Baccillus thuringiensis(Bt) - Gen Cry mã hóa cho độc tố Cry khác Đây gen độc tố quan trọng vi khuẩn Bt, tính đặc hiệu diệt trùng protein độc mà tạo - Gen Cry1Ac protein tinh thể sản xuất vi khuẩn gram dương , Bacillus thuringiensis (Bt) trình sinh bào tử Tìm hiểu gen Cry1Ac qua cơng cụ tìm kiếm liệu qua trang sở liệu NCBI: - Truy cập trang web: ncbi.nlm.nih.gov - Chọn sở liệu nucleotide nhập từ khóa “Cry1Ac”, bấm tìm kiếm Kết trả sau: - Trên sở liệu có 1231 tìm kiếm liên quan đến Cry1Ac - Tìm hiểu báo sau ta tìm trình tự gần giống với điều kiện sinh sống, chủng mà ta lựa chọn Lấy trình dạng FASTA sở - Lựa chọn: >AY225453.1 Bacillus thuringiensis Cry1Ac (cry1Ac) gene, complete cds ATGGATAACAATCCGAACATCAATGAATGCATTCCTTATAATTGTTTAAGTAA CCCTGAAGTAGAAGTATTAGGTGGAGAAAGAATAGAAACTGGTTACACCCCA ATCGATATTTCCTTGTCGCTAACGCAATTTCTTTTGAGTGAATTTGTTCCCGGT GCTGGATTTGTGTTAGGACTAGTTGATATAATATGGGGAATTTTTGGTCCC TCTCAATGGGACGCATTTCTTGTACAAATTGAACAGTTAATTAACCAAAGAAT AGAAGAATTCGCTAGGAACCAAGCCATTTCTAGATTAGAAGGACTAAGCAAT CTTTATCAAATTTACGCAGAATCTTTTAGAGAGTGGGAAGCAGATCCTACTAA TCCAGCATTAAGAGAAGAGATGCGTATTCAATTCAATGACATGAACAGTGCC CTTACAACCGCTATTCCTCTTTTTGCAGTTCAAAATTATCAAGTTCCTCTTTTA TCAGTATATGTTCAAGCTGCAAATTTACATTTATCAGTTTTGAGAGATGTTTC AGTGTTTGGACAAAGGTGGGGATTTGATGCCGCGACTATCAATAGTCGTTAT AATGATTTAACTAGGCTTATTGGCAACTATACAGATTATGCTGTACGCTGG TACAATACGGGATTAGAACGTGTATGGGGACCGGATTCTAGAGATTGGGTAA GGTATAATCAATTTAGAAGAGAATTAACACTAACTGTATTAGATATCGTTGCT CTGTTCCCGAATTATGATAGTAGAAGATATCCAATTCGAACAGTTTCCCAATT AACAAGAGAAATTTATACAAACCCAGTATTAGAAAATTTTGATGGTAGTTTT CGAGGCTCGGCTCAGGGCATAGAAAGAAGTATTAGGAGTCCACATTTGATGG ATATACTTAACAGTATAACCATCTATACGGATGCTCATAGGGGTTATTATTAT TGGTCAGGGCATCAAATAATGGCTTCTCCTGTCGGTTTTTCGGGGCCAGAATT CACGTTTCCGCTATATGGAACCATGGGAAATGCAGCTCCACAACAACGTATT GTTGCTCAACTAGGTCAGGGCGTGTATAGAACATTATCGTCCACTTTATATAG AAGACCTTTTAATATAGGGATAAATAATCAACAACTATCTGTTCTTGACGGG ACAGAATTTGCTTATGGAACCTCCTCAAATTTGCCATCCGCTGTATACAGAAA AAGCGGAACGGTAGATTCGCTGGATGAAATACCGCCACAGAATAACAACGT GCCACCTAGGCAAGGATTTAGTCATCGATTAAGCCATGTTTCAATGTTTCGTT CAGGCTTTAGTAATAGTAGTGTAAGTATAATAAGAGCTCCTATGTTCTCTTGG ATACATCGTAGTGCTGAATTTAATAATATAATTGCATCGGATAGTATTACTCA AATCCCTGCAGTGAAGGGAAACTTTCTTTTTAATGGTTCTGTAATTTCAGGA CCAGGATTTACTGGTGGGGACTTAGTTAGATTAAATAGTAGTGGAAATAACA TTCAGAATAGAGGGTATATTGAAGTTCCAATTCACTTCCCATCGACATCTACC AGATATCGAGTTCGTGTACGGTATGCTTCTGTAAC CCCGATTCACCTCAACGTTAATTGGGGTAATTCATCCATTTTTTCCAATACAG TACCAGCTACAGCTACGTCATTAGATAATCTACAATCAAGTGATTTTGGTTAT TTTGAAAGTGCCAATGCTTTTACATCTTCATTAG GTAATATAGTAGGTGTTAGAAATTTTAGTGGGACTGCAGGAGTGATAATAGA CAGATTTGAATTTATTCCAGTTACTGCAACACTCGAGGCTGAATATAATCTGG AAAGAGCGCAGAAGGCGGTGAATGCGCTGTTTACGTCTACAAACCAACTAGG GCTAAAAACAAATGTAACGGATTATCATATTGATCAAGTGTCCAATTTAGTTA CGTATTTATCGGATGAATTTTGTCTGGATGAAAAGCGAGAATTGTCCGAGAA AGTCAAACATGCGAAGCGACTCAGTGATGAACGCAATTTACTCCAAGATTCA AATTTCAAAGACATTAATAGGCAACCAGAACGTGGGTGGGGCGGAAGTACA GGGATTACCATCCAAGGAGGGGATGACGTATTTAAAGAAAATTACGTCACAT ATCAGGTACCTTTGATGAGTGCTATCCAACATATTTGTATCAAAAAATCGATG AATCAAAATTAAAAGCCTTTACCCGTTATCAATTAAGAGGGTATATCGAAGA TAGTCAAGACTTAGAAATCTATTTAATTCGCTACAATGCAAAACATGAAACA GTAAATGTGCCAGGTACGGGTTCCTTATGGCCGCTTTCAGCCCAAAGTCCAAT CGGAAAGTGTGGAGAGCCGAATCGATGCGCGCCACACCTTGAATGGAATCCT GACTTAGATTGTTCGTGTAGGGATGGAGAAAAGTGTGCCCATCATTCGCATC ATTTCTCCTTAGACATTGATGTAGGATGTACAGACTTAAATGAGGACCTAGGT GTATGGGTGATCTTTAAGATTAAGACGCAAGATGGGCACGCAAGACTAGGGA ATCTAGAGTTTCTCGAAGAGAAACCATTAGTAGGAGAAGCGCTAGCTCGTGT GAAAAGAGCGGAGAAAAAATGGAGAGACAAACGTGAAAAATTGGAATGGG AAACAAATATCGTTTATAAAGAGGCAAAAGAATCTGTAGATGCTTTATTTGT AAACTCTCAATATGATCAATTACAAGCGGATACGAATATTGCCATGATTCAT GCGGCAGATAAACGTGTTCATAGCATTCGAGAAGCTTATCTGCCTGAGCTGT CTGTGATTCCGGGTGTCAATGCGGCTATTTTTGAAGAATTAGAAGGGCGTATT TTCACTGCATTCTCCCTATATGATGCGAGAAATGTCATTAAAAATGGTGATTT TAATAATGGCTTATCCTGCTGGAACGTGAAAGGGCATGTAGATGTAGAAGAA CAAAACAACCAACGTTCGGTCCTTGTTGTTCCGGAATGGGAAGCAGAAGTGT CACAAGAAGTTCGTGTCTGTCCGGGTCGTGGCTATATCCTTCGTGTCACAGCG TACAAGGAGGGATATGGAGAAGGTTGCGTAACCATTCATGAGATCGAGAAC AATACAGACGAACTGAAGTTTAGCAACTGCGTAGAAGAGGAAATCTATCCAA ATAACACGGTAACGTGTAATGATTATACTGTAAATCAAGAAGAATACGGAGG TGCGTACACTTCTCGTAATCGAGGATATAACGAAGCTCCTTCCGTACCAGCTG ATTATGCGTCAGTCTATGAAGAAAAATCGTATACAGATGGACGAAGAGAGAA TCCTTGTGAATTTAACAGAGGGTATAGGGATTACACGCCACTACCAGTTGGTT ATGTGACAAAAGAATTAGAATACTTCCCAGAAACCGATAAGGTATGGATTGA GATTGGAGAAACGGAAGGAACATTTATCGTGGACAGCGTGGAATTACTCCTT ATGGAGGAATAG >EU583385.1 Bacillus thuringiensis strain DOR3 Cry1Ac (cry1Ac) gene, partial cds TGGAACTTTCTTTTTAATGGTTCTGTAATTTCAGGACCAGGATTTACTGGTGG GGACTTAGTTAGATTAAATAGTAGTGGAAATAACATTCAGAATAGAGGGTAT ATTGAAGTTCCAATTCACTTCCCATCGACATCTACCAGATATCGAGTTCGTGT ACGGTATGCTTCTGTAACCCCGATTCACCTCAACGTTAATTGGGGTAATTCA TCCATTTTTTCCAATACAGTACCAGCTACAGCTACGTCATTAGATAATCTACA ATCAAGTGATTTTGGTTATTTTGAAAGTGCCAATGCTTTTACATCTTCATTAG GTAATATAGTAGGTGTTAGAAATTTTAGTGGGACTGCAGGAGTGATAATAGA CAGATTTGAATTTATTCCAGTTACTGCAACACTCGAGGCTGAATATAATCTG GAAAGAGCGCAGAAGGCGGTGAATGCGCTGTTTACGTCTACAAACCAACTAG GGCTAAAAACAAATGTAACGGATTATCATATTGATCAAGTGTCCAATTTAGTT ACGTATTTATCGGATGAATTTTGTCTGGATGAAAAGCGAGAATTGTCCGAGA AAGTCAAACATGCGAAGCGACTCAGTGATGAACGCAATTTACTCCAAGATTC AAATTTCAAAGACATTAATAGGCAACCAGAACGTGGGTGGGGCGGAAGTAC AGGGATTACCATCCAAGGAGGGGATGACGTATTTAAAGAAAATTACGTCACA CTATCAGGTACCTTTGATGAGTGCTATCCAACATATTTGTATCAAAAAATCGA TGAATCAAAATTAAAAGCCTTTACCCGTTATCAATTAAGAGGGTATATCGAG ATAGTCAAGATCTAGAAATC >EU583384.1 Bacillus thuringiensis strain DOR2 Cry1Ac (cry1Ac) gene, partial cds GGAAACTTTCTTTTTAATGGTTCTGTAATTTCAGGACCAGGATTTACTGGTGG AGACGTAGTTAGATTGAATAGGAATAATGGTAATATTCAAAATAGAGGGTAT ATTGAAGTTCCAATTCAATTCACGTCGACATCTACCAGACATCGAGTTCGAGT ACGTTATGCTTCTGTAACCTCGATTGAGCTCAATGTTAATTTGGGCAATTCAT CAATTTTTACGAACACATTACCAGCAACAGCTGCATCATTAGATAATCTACAA TCAGGGGATTTTGGTTATGTTGAAATCAACAATGCTTTTACATCCGCAACAGG TAATATAGTAGGTGCTAGAAATTTTAGTGCAAATGCAGAAGTAATAATAGAC AGATTTGAATTTATCCCAGTTACTGCAACCTTCGAGGCAGAATATGATTTA GAAAGAGCACAAAAGGCGGTGAATGCTCTGTTTACTTCTACAAATCCAAGAA GATTGAAAACAGATGTGACAGATTATCATATTGACCAAGTGTCCAATATGGT GGCATGTTTATCAGATGAATTTTGCTTGGATGAGAAGCGAGAATTATTTGAG AAAGTGAAATATGCGAAGCGACTCAGTGATGAAAGAAACTTACTCCAAGATC CAAACTTCACATTCATCAGTGGGCAATTAAGTTTCGCATCCATCGATGGACAA TCAAACTTCACCTCTATTAATGAGCTATCTGAACATGGATGGTGGGGAAGTG AGAATGTTACCATTCAGGAAGGGAATGACGTATTTAAAGAGAATTACGTCAC ACTACCGGGTACTTTTAATGAGTGTTATCCAAATTATTTATATCAAAAAATAG GAGAGTCAGAATTAAAAGCTTATACGCGCTATCAATTAAGAGGGTATATTGA AGATAGTCAAGACCTAGAGATA Phân tích cấu trúc chuỗi Clustalw tìm đoạn bảo thủ: - Giao diện trang web so sánh cấu trúc chuỗi Clustal omega sau: - Copy paste trình tự mà ta lựa chọn vào “ sequences in any supported format” sau submit ta kết so sánh cấu trúc - Kết quả: https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=clustaloI20200623-173421-0467-2977869-p1m - Dựa vào kết so sánh, ta chọn đoạn bảo thủ để dùng thiết kế mồi xuôi hình ảnh bên - Đoạn bảo thủ chọn dùng thiết kế làm mồi ngược: Chọn đoạn bảo thủ chương trình primer3 với thơng số, ta kết quả: Dùng phần mềm SMS PCR để chạy PCR ảo kiểm tra đoạn mồi: Kết trả về: >210 bp product from linear template EU583384.1 Bacillus thuringiensis strain DOR2 Cry1Ac (cry1Ac) gene, partial cds, base 590 to base 799 (T7 - T3) CGAAGCGACTCAGTGATGAAAGAAACTTACTCCAAGATCCAAACTTCACATT CATCAGTGGGCAATTAAGTTTCGCATCCATCGATGGACAATCAAACTTCACCT CTATTAATGAGCTATCTGAACATGGATGGTGGGGAAGTGAGAATGTTACCAT TCAGGAAGGGAATGACGTATTTAAAGAGAATTACGTCACACTACCGGGTACT T Dự đốn tính chất sản phẩm tách dịng BLAST - Truy cập trang web https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi - Chọn blast nucleotide: - Nhập đoạn sản phẩm vào chạy chương trình: - Lựa chọn trình tự khớp 100% , dựa vào cấu trúc ta dự đốn cấu trúc ta quan tâm  Sản phẩm PCR có khả biểu tính trạng Phương án tách dịng gen - B1: chuẩn bị gen cần tách dòng ( gen cần thiết, gen đích) chọn vecto tách dịng - B2: tạo vecto tái tổ hợp - B3: Biến nạp vecto tái tổ hợp vào tế bào chủ - B4: Sàng lọc dịng tái tổ hợp - B5: ni cấy dòng tái tổ hợp thu sinh khối protein tái tổ hợp ... án tách dòng gen - B1: chuẩn bị gen cần tách dịng ( gen cần thiết, gen đích) chọn vecto tách dòng - B2: tạo vecto tái tổ hợp - B3: Biến nạp vecto tái tổ hợp vào tế bào chủ - B4: Sàng lọc dòng. .. đến Cry1Ac - Tìm hiểu báo sau ta tìm trình tự gần giống với điều kiện sinh sống, chủng mà ta lựa chọn Lấy trình dạng FASTA sở - Lựa chọn: >AY225453.1 Bacillus thuringiensis Cry1Ac (cry1Ac) gene,... TGAATCAAAATTAAAAGCCTTTACCCGTTATCAATTAAGAGGGTATATCGAG ATAGTCAAGATCTAGAAATC >EU583384.1 Bacillus thuringiensis strain DOR2 Cry1Ac (cry1Ac) gene, partial cds GGAAACTTTCTTTTTAATGGTTCTGTAATTTCAGGACCAGGATTTACTGGTGG AGACGTAGTTAGATTGAATAGGAATAATGGTAATATTCAAAATAGAGGGTAT